T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=97
*
 BAD AVG GOOD
*
S.parasitica   :  97
M.musculus     :  97
X.tropicalis   :  97
cons           :  97

S.parasitica   ------------VDAAYIRQGSDALKSHEKKLTALLAQRKLPEDGWDD
M.musculus     MNPESFAAGERRVSPAYVRQGCEARRAHEHLIRLLLEQGKCPEDGWDE
X.tropicalis   MEHESFKASERLVTPAYIRQGREARRMHEQLVRQLVEQGKCPKEPWDE

cons                       * .**:*** :* : **: :  *: * * *:: **:


S.parasitica   LSIQVLLNDLAQMDSNNFAHNAGAGEREARVASSLVRNRCFHLAHGVG
M.musculus     STLELFLHELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYRFIHGIG
X.tropicalis   STIEIFLNELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASGMVSRRHYRLIHGIG

cons            :::::*::** ******  *.*.****.****.:* .* ::: **:*


S.parasitica   RSGDICAVQPKAAGSSLLVQLTNCLVLDMLHLAGIKNAKSAIVLPVAT
M.musculus     RSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLNVIKLAGVHSVASCFVVPMAT
X.tropicalis   RSGDISAIQPKAAGSSVLNKLTNSMVLDIIRLAGVRTASSCFVVPMAT

cons           *****.*:********:* ::**.:**::::***::.. *.:*:*:**


S.parasitica   GMALLFAMLTLQAQARVPGRPHTKRYVLWPRIXQKSCFKSMVTAGLEP
M.musculus     GMSLTLCFLTLRHK-----RPKA-KYIIWPRIDQKSCFKSMVTAGFEP
X.tropicalis   GMSLTLCFLTLRHK-----RPKA-KYIIWPRIDQKSCFKSMITAGFEP

cons           **:* :.:***: :     **:: :*::**** ********:***:**


S.parasitica   VVIENVLDGDELRTDLAALEAKMRELGPENILCVLSTTSCFAPRGYDR
M.musculus     VVIENVLEGDELRTDLKAVEAKIQELGPEHILCLHSTTACFAPRVPDR
X.tropicalis   VVIENVLEGDELRTDLDAVEAKITELGAENILCVHSTTSCFAPRVPDR

cons           *******:******** *:***: ***.*:***: ***:*****  **


S.parasitica   VDEIAQLCRQYDIGHVINNAYGLQSSKCTHLVNQAFRLGRVDACIQST
M.musculus     LEELAVICANYDIPHVVNNAYGLQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQSL
X.tropicalis   VEELAVICKKYEIPHVVNNAYGVQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQSL

cons           ::*:* :* :*:* **:*****:***** **::*. *:**:** :** 


S.parasitica   DKNFLVPVGGAVISXSPQAFVQAIGKMYPGRASNAPALDLFITMLHLG
M.musculus     DKNFMVPVGGAIIAGFNEPFIQDISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLG
X.tropicalis   DKNFMVPVGGAVIAGFSDSFVQEISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLG

cons           ****:******:*:   :.*:* *.******** :*:**::**:* **


S.parasitica   RRGYKALLDERKRLVPYFSAALTSVATAHGERVLVTRHNDISFCLTLS
M.musculus     CSGYRKLLKERKEMFVYLSTQLKKLAEAHNERLLQTPHNPISLAMTLK
X.tropicalis   ASGYNKLLKERKEMFVYLSSELKKLAKELNERLLETPHNPISLALSLT

cons             **. **.***.:. *:*: *..:*   .**:* * ** **:.::*.


S.parasitica   HVG---GNDATFLGSMLFSRGVSGTRVVTGTSRATIVGHAFEGFGAHS
M.musculus     TIDGHHDKAVTQLGSMLFTRQVSGARAVPLGNVQTVSGHTFRGFMSHA
X.tropicalis   SLSEQSGSAVTQLGSMLFTRQVSGARVVPLGTSQTINGYVFKGFMSHS

cons            :.   .. .* ******:* ***:*.*.  .  *: *:.*.** :*:


S.parasitica   ATYPTAYLSAACAIGMT-QD----------------------------
M.musculus     DNYPCAYLNAAAAIGMKMQDVDLFIKRLDKCLNIVRKEQTRASVVSGA
X.tropicalis   NNYPCAYLNAASAICIKKQDVDMFIKRLDKCLRLCKKEKHLAKDEPRC

cons            .** ***.**.** :. **                            


S.parasitica   --------------------------------V
M.musculus     DRNKAEDADIEEMALKLDDVLG-DVGQG--PAL
X.tropicalis   AQQTTED-DVAELAQGLGDVLQGETASELLLSG

cons