T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=97
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 BAD AVG GOOD
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P.pallidum     :  97
M.musculus     :  97
X.tropicalis   :  97
cons           :  97

P.pallidum     ---------------SYVDQATQAISQYNSLINNLLSHRKLPDVGWDD
M.musculus     MNPESFAAGERRVSPAYVRQGCEARRAHEHLIRLLLEQGKCPEDGWDE
X.tropicalis   MEHESFKASERLVTPAYIRQGREARRMHEQLVRQLVEQGKCPKEPWDE

cons                          :*: *. :*   :: *:. *:.: * *.  **:


P.pallidum     NVIEWFINEISMMDSNNFIENIGVGEREGRLYSQIVARRHFGLAHGIG
M.musculus     STLELFLHELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYRFIHGIG
X.tropicalis   STIEIFLNELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASGMVSRRHYRLIHGIG

cons           ..:* *::*:::******: * ********: * :*:***: : ****


P.pallidum     RSGDINEQQPKAAGSSLIQKLTNYLVLDALRIAGLEKSIDACLVLPMA
M.musculus     RSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLNVIKLAGVH-SVASCFVVPMA
X.tropicalis   RSGDISAIQPKAAGSSVLNKLTNSMVLDIIRLAGVR-TASSCFVVPMA

cons           *****.  ********:::*:** :**: :::**:. :  :*:*:***


P.pallidum     TGMTIALTLMTMRQTKPKATYVLWPRIDQKSCLKSIVTASLTPIVIEN
M.musculus     TGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMVTAGFEPVVIEN
X.tropicalis   TGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMITAGFEPVVIEN

cons           ***:::* ::*:*:.:***.*::*********:**::**.: *:****


P.pallidum     QLIDDVITTNLQTIEETIKSLGAENILCVMSTTSCFAPRIPDKIIEIS
M.musculus     VLEGDELRTDLKAVEAKIQELGPEHILCLHSTTACFAPRVPDRLEELA
X.tropicalis   VLEGDELRTDLDAVEAKITELGAENILCVHSTTSCFAPRVPDRVEELA

cons            * .* : *:*.::* .* .**.*:***: ***:*****:**:: *::


P.pallidum     ELCKKYDVGHVINNAYGLQCTKITHQISQSVRLGRVDYVVQSTDKNFM
M.musculus     VICANYDIPHVVNNAYGLQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQSLDKNFM
X.tropicalis   VICKKYEIPHVVNNAYGVQSSKCMHLIQQGARVGRIDAFVQSLDKNFM

cons            :* :*:: **:*****:*.:*  * *.*..*:**:* .*** *****


P.pallidum     VPVGGAIVASPLAENIDRLAKNYPGRASGAPILDLFITLLSMGRAGYR
M.musculus     VPVGGAIIAGFNEPFIQDISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLGCSGYR
X.tropicalis   VPVGGAVIAGFSDSFVQEISKMYPGRASASPSLDVLITLLSLGASGYN

cons           ******::*.     :: ::* ******.:* **::*****:* :**.


P.pallidum     RLLDERKQLLPYFIDEMSKVVKEVGVGRILNTQANTISFGIAIDSNDV
M.musculus     KLLKERKEMFVYLSTQLKKLAEAH-NERLLQTPHNPISLAMTLKTIDG
X.tropicalis   KLLKERKEMFVYLSSELKKLAKEL-NERLLETPHNPISLALSLTSLSE

cons           :**.***::: *:  ::.*:.:     *:*:*  *.**:.::: : . 


P.pallidum     SKSVLAKDNISMIGSKLFMRSCSGARVIDVQSGQKKSVGNIDFKNYGS
M.musculus     H----HDKAVTQLGSMLFTRQVSGARAVPL--GNVQTVSGHTFRGFMS
X.tropicalis   Q----SGSAVTQLGSMLFTRQVSGARVVPL--GTSQTINGYVFKGFMS

cons                  . :: :** ** *. ****.: :  *  :::..  *:.: *


P.pallidum     HIDNYPTSYLTVACAIGITKEDIDLFSKRLKKV---------------
M.musculus     HADNYPCAYLNAAAAIGMKMQDVDLFIKRLDKCLNIVRKEQTRASVVS
X.tropicalis   HSNNYPCAYLNAASAICIKKQDVDMFIKRLDKCLRLCKKEKHLAKDEP

cons           * :*** :**..*.** :. :*:*:* ***.*                


P.pallidum     ----------------------------------L
M.musculus     GADRNKAEDADIEEMALKLDDVLG-DVGQG--PAL
X.tropicalis   RCAQQTTED-DVAELAQGLGDVLQGETASELLLSG

cons