#!/bin/bash

         export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH             # pel NCBI Blast
         cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/                     # pel NCBI Blast
	 export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH	    # per lexonerate
	 export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH			    # pel genewise, fastaseqfromGFF.pl i t_coffee
	 export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg    # pel genewise	

		for carpetes in ./Semillas/*; do {
		semilla_fa=`basename $carpetes`
		semilla=${semilla_fa%.fa}
		semillas=$semillas" $semilla"
		} done
                   
# preparacio pel multiTCOFFEE. Creem arxius fastatranslate en carpeta DATA.

for semillas in ./Evalues/* ; do {
 for genome in $semillas/* ; do {
  for Evalue in $genome/* ; do {

  semillas=`basename $semillas`
  genome=`basename $genome`
  Evalue=`basename $Evalue`
  Evalue=${Evalue%.txt}
  echo ${semillas}_${genome}_${Evalue}:
			
  mkdir multiTCOFFEE
  mkdir multiTCOFFEE/DATA
  mkdir multiTCOFFEE/DATA/$semillas

  fastatranslate -F 1 cDNA/cDNA_${semillas}_${genome}_${Evalue}.fa > multiTCOFFEE/DATA/$semillas/proteina_${semillas}_${genome}_${Evalue}.fa
  		      
  } done
 } done
} done


# multiTCOFFEE. Realitzarem un alineament multiple per cada proteina que estigui relacionada amb la query determinada i sigui significativa. Reposicionarem els archius .dnd, .aln i .html a carpetes RESULTADOS/$semillas/

for semillas in ./Evalues/* ; do {
semillas=`basename $semillas`

mkdir multiTCOFFEE/RESULTADOS
mkdir multiTCOFFEE/RESULTADOS/$semillas

t_coffee Semillas/$semillas.fa multiTCOFFEE/DATA/$semillas/* > multiTCOFFEE/RESULTADOS/$semillas/tcoffee_multiple_${semillas}.txt


mv   ${semillas}.dnd multiTCOFFEE/RESULTADOS/$semillas/
mv   ${semillas}.aln multiTCOFFEE/RESULTADOS/$semillas/
mv   ${semillas}.html multiTCOFFEE/RESULTADOS/$semillas/

} done