Som 4 estudiants de Biologia de la Universitat Pompeu Fabra de Barcelona. Aquesta pàgina web ha estat dissenyada per tal d'elaborar un treball de Bioinformàtica, assignatura cursada durant el 4t curs de la carrera.

El principal objectiu del nostre treball és investigar si els nous Protists seqüenciats (marcats en blau) durant aquest any 2011 contenen Selenoproteïnes.

S'anomena selenoproteïna a tota proteïna que contingui, com a mínim, una selenocisteïna, l'aminoàcid 21. Aquest aminoàcid és semblant a la cisteïna, però conté un àtom de Seleni en comptes d'un de Sofre.

El seleni és un element traça vital per als éssers vius. Principalment es troba formant part de selenoproteïnes, les quals tenen, principalment, funcions antioxidants. Una falta de seleni està relacionada amb processos cancerígens i d'envelliment cel·lular. Degut a la seva important funció es sospita que molts organismes tenen selenoproteïnes que encara no s'han identificat.

L'estudi de les selenoproteïnes és complicat degut a que el codó per a la selenocisteïna, UGA, també codifica per un STOP. Això fa que molts dels genomes seqüenciats estiguin incorrectament anotats, ja que consideren algunes selenocisteïnes com a STOPs.

L'objectiu del nostre estudi és la recerca de tres selenoproteïnes (Sel2, SelM i SelO) als genomes de 13 protists seqüenciats al 2011. Per dur a terme aquest treball vam utilitzar diferents programes informàtics com Blast, Exonerate, Genewise i T-coffee.

Després del nostre estudi vam concloure que els protists estudiats no tenen proteïna Sel2, a més a més, E.siliculosus és l'únic protist dels estudiats que conté la selenoproteïna SelM. La selenoproteïna SelO es troba a T.trahens i P. tricornutum. Per altra banda, H.arabidopsidis, P.ultimum, S.parasitica, E.siliculosus, C.owczarzaki, C.merolae i N.gruberi tenen proteïnes homòlogues en cisteïna a SelO.

A Selenoprotein is any protein that contains, at least, one selenocistein, the 21th aminoacid. This aminoacid is similar to a cistein, but contains a Selenium atom instead of a Sulfur.

Selenium is a trace element, vital for life. In general, this atom is found in selenoproteins and it has antioxidant function. A lack of selenium is associated with carcinogenic and cell aging. Due to its important function it is suspected that many organisms have selenoproteins but they haven't been identified yet.

The study of selenoproteins is complicated because the codon for the selenocistein, UGA, also codificates for a STOP. This fact makes that many genomes were annotated incorrectly during their secuentiation.

Our objective is to find 3 selenoproteins (Sel2, SelM and SelO) into the genome of 13 protists sequenced in 2011. In order to do this work, we have used different computer programs like Blast, Exonerate, Genewise and T-coffee.

After our study we conclude that the studied protists don't have the selenoprotein Sel2. Moreover, E.siliculosis is the only protist that have SeM. SelO is find in T.trahens and P.tricornutum. Furthermore, H.arabidopsidis, P.ultimum, S.parasitica, E.siliculosus, C.owczarzaki, C.merolae and N.gruberi are homologs in cistein of SelO.