#!/bin/bash

for arxiu in /home/u49707.est12.alu.upf/genewisebons/* ; do {

x=`basename $arxiu`

genoma=${x##*_}
genoma=${genoma%_*}
genoma=${genoma%.fa}

query=${x#*_}
query=${query%_*}
query=${query#*_}
query=${query#*_}

echo x $x
echo query $query
echo genoma $genoma


perl canvi_U.pl < ./transcritsbons/$x > ./transcritsx/x_$x

t_coffee /home/u49707.est12.alu.upf/genewisebons/$x /home/u49707.est12.alu.upf/querysU/u_$query.fa > /home/u49707.est12.alu.upf/teafinalii_genewise/teac_$x

} done