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for hit in hit1_anophelessps1_N.gruberi hit1_anophelessps2_N.gruberi hit1_drosophilasps1_N.gruberi hit1_drosophilasps2_N.gruberi hit1_sel1tn_N.gruberi  hit2_anophelessps1_N.gruberi hit2_anophelessps2_N.gruberi hit2_drosophilasps1_N.gruberi hit2_drosophilasps2_N.gruberi hit2_sel1tn_P.pallidum  hit3_sel1tn_P.ultimum hit_anophelessps1_B.hominis hit_anophelessps1_C.merolae hit_anophelessps1_C.owczarzaki hit_anophelessps1_H.arabidopsidis  hit_anophelessps1_P.pallidum hit_anophelessps1_P.tricornutum  hit_anophelessps1_P.ultimum hit_anophelessps1_S.parasitica hit_anophelessps1_T.trahens hit_anophelessps2_C.merolae hit_anophelessps2_C.owczarzaki hit_anophelessps2_H.arabidopsidis hit_anophelessps2_P.pallidum hit_anophelessps2_P.tricornutum hit_anophelessps2_P.ultimum hit_anophelessps2_S.parasitica hit_drosophilasps1_B.hominis hit_drosophilasps1_C.merolae hit_drosophilasps1_C.owczarzaki  hit_drosophilasps1_H.arabidopsidis hit_drosophilasps1_P.pallidum hit_drosophilasps1_P.tricornutum hit_drosophilasps1_P.ultimum  hit_drosophilasps1_S.parasitica hit_drosophilasps1_T.trahens hit_drosophilasps2_B.hominis hit_drosophilasps2_C.merolae hit_drosophilasps2_C.owczarzaki hit_drosophilasps2_H.arabidopsidis hit_drosophilasps2_P.pallidum hit_drosophilasps2_P.ultimum hit_drosophilasps2_S.parasitica hit_humansps1_B.hominis hit_humansps1_C.merolae hit_humansps1_C.owczarzaki hit_humansps1_H.arabidopsidis hit_humansps1_N.gruberi hit_humansps1_P.pallidum  hit_humansps1_P.tricornutum hit_humansps1_P.ultimum hit_humansps1_S.parasitica hit_humansps1_T.trahens hit_humansps2_C.merolae hit_humansps2_C.owczarzaki hit_humansps2_H.arabidopsidis hit_humansps2_N.gruberi hit_humansps2_P.ultimum hit_humansps2_S.parasitica hit_humansps2_T.trahens hit_sel1mus_N.gruberi; do {

       genoma=${hit##*_}
       genoma=${genoma%.txt}


       query=${hit#*_}
       query=${query%_*}
       echo ${query}_$genoma

	regio=`egrep SPP $hit.txt| cut -f 2`
	regio=`echo $regio | cut -f 1 -d " "`
	fastafetch /cursos/BI/genomes/protists/2011/$genoma/genome.fa /cursos/BI/genomes/protists/2011/$genoma/genome.index $regio > fastafetch_${hit}.fa
       echo ${query}_$genome fet
       
#echo Es tracta de el genoma $genoma i la query $query

	x=`egrep SPP $hit.txt | cut -f 9`
       y=`egrep SPP $hit.txt | cut -f 10`


x=`echo $x | cut -f 1 -d " "`
echo x $x 

y=`echo $y | cut -f 1 -d " "`
echo  y $y

       if [ $x \< $y ]; then
               cut -f 9 $hit.txt > temp
               petit=`./petit.pl < temp`
               inici=$(($petit-20000))
                       if [ "$inici" -le "0" ]; then 
			inici="0" 
			fi

               cut -f 10 $hit.txt > temp
               gran=`./gran.pl < temp`
               final=$(($gran+10000)) 
	
			                 

       fi

        if [ $x \> $y ]; then
               cut -f 9 $hit.txt > temp
               gran=`./gran.pl < temp`
               final=$(($gran+10000)) 
               
		                    
                       
               cut -f 10 $hit.txt > temp
               petit=`./petit.pl < temp`
               inici=$(($petit-20000))
                    if [ "$inici" -le "0" ]; then 
			inici="0"
			fi
                       
       fi
        echo  inici $inici
	echo  final $final
       longitud=$(($final-$inici))
	echo  longitud $longitud
       fastasubseq fastafetch_${hit}.fa $inici $longitud > fastasubseq_${hit}.fa 2> error_msg.txt
 
	error=`cat error_msg.txt`	          
       if [ "$error" != "" ]; then
            error_llarg=`cat error_msg.txt | egrep "before end"`
           
                      
        ### Si es passa de llarg, establim la llargada perquè arribi al final
        if [ "$error_llarg" != "" ]; then       
           finalbo=$error_llarg 
	                    
            finalbo=${finalbo##*(}
            finalbo=${finalbo%)}
	echo finalbo $finalbo
            longitud=$(( $finalbo - $inici ))
	echo longitudbona $longitud		
	fastasubseq fastafetch_${hit}.fa $inici $longitud > fastasubseq_${hit}.fa 2> error_noio.txt
            

        fi
        
	fi          
 

} done