#!/usr/bin/perl use strict; my $x=$ARGV[0]; my @v; my $z=$ARGV[3]; my $y=$ARGV[2]; my $a=$ARGV[1]; my $b=$ARGV[4]; while () { @v=split(//,$_); my $i=0; while (<@v>) { if ($v[$i] eq "S" && $v[$i+1] eq "C" && $v[$i+2] eq "O" && $v[$i+3] eq "R" && $v[$i+4] eq "E" && $v[$i+5] eq "=") { my $output = "../t_coffee/SCORES/$b/$x/$a/$y/$z"; open(OUT, ">$output"); print OUT $v[$i+6]; print OUT $v[$i+7]; } $i=$i+1; } }