SelTryp
SelTryp es tracta d'una nova selenoproteïna multidomini descoberta en Trypanosoma brucei. Presenta una selenocisteïna prop de l'extrem C-terminal i es prediuen motius redox, la seqüència dels quals és CXXU.
Per tal de determinar si la nostra espècie conté SelTryp, s'ha realitzat un tBLASTn per veure si hi ha algun hit prou significatiu entre les SelTryp presents en la SelenoDB i GeneDB, i el nostre genoma. A continuació es mostren els resultats.
Analitzant els resultats, veiem que hi ha varis hits significatius dels quals escollim aquell que té un E-value més petit, que es correspon a l'alineament del contig "gi|154340161|ref|NC_009319.1|" amb un E-value de 2e-24; i un score de 109.
Tanmateix, en l'alineament del tBLASTn, podem observar que s'alinea el residu selenocisteïna de la selenoproteïna SelTryp amb una selenocisteïna del genoma de L. braziliensis, fet que ens permet concloure que, possiblement, la proteïna de L. braziliensis sigui una selenoproteïna.
Tot seguit, s'ha procedit a extreure la seqüència genòmica d'interès localitzada al contig "gi|154340161|ref|NC_009319.1|", on s'ha produït l'alineament.
Realitzant un tBLASTn amb les opcions -m 9, s'ha obtingut més informació del nostre alineament, així com l'inici i final de la regió genòmica de L.braziliensis on es produeix l'alineament, i que la seqüència a extreure és en la strand +.
A partir d'aquesta regió, es determina la seva estructura gènica, és a dir, els exons i els introns presents en aquesta subseqüència. Això ho obtenim gràcies al programa Genewise, el qual ens alinea aquesta subseqüència amb la SelTryp, i ens localitza els exons i els introns. Els resultats es mostren a continuació.
A partir d'aquí, s'ha agafat el cDNA predit pel programa Genewise i s'ha realitzat un fastatranslate per tal d'obtenir els 6 possibles ORF. Per tal de poder determinar quin dels 6 correspon a la possible seqüència codificant de la selenoproteïna, s'ha descartat aquells ORFs que presenten un excés de teòrics codons stops (marcats com *), donant com a resultat una sola possible selenoproteïna predita. A continuació, es mostra la seqüència proteica predita corresponent a la SelTryp de L. braziliensis:
>subseq(119362,6434).[2469:3434].sp [translate(1)] IVVSLALLFVFAACRANSAHEVQPTQEGNKDPYAYLGMLDEVDLQQILHEKTHGQVQVSAFRSKEELVAA VRKIEEREDAEVSAKKTLSGRPLSVVHKLEILYCTGU GYAKYFEDMKQQLQRVLPNAGDVQIVGGTYPTP PARALAAKVCSTAFLASLGMALAGGQLAFLPPAALNFIVQQRGMLVGTGFLLNMIGSSLTQTGAFEVTLD GELIFSKLQAGAVPTVEVMRRIILQKTL
Analitzant la seqüència, veiem que presenta una U en posició 107 indicatiu de que possiblement la nostra predicció es tracti d´una selenoproteïna.
Per acabar de confirmar les nostres sospites, s'ha realitzat un SECISearch (paràmetres: pattern: loose (canonical and non-canonical; core structure energy: -5; overall structure energy: -11), amb el qual no s'ha obtingut cap predicció d'estructura SECIS malgrat que, en l'alineament de L. braziliensis amb la SelTryp de Trypanosoma, s'alinen dues selenocisteïnes. El raonament d'aquests resultats estan explicats en la discussió.
També s'ha realitzat per mitjà del programa Interpro, una cerca de dominis proteics, amb la qual s'ha localitzat el domini característic de les proteïnes SelT/SelW/SelH que presenten una seqüència típica de dominis redox: UXXC.
Finalment, s'ha realitzat un T-COFFEE per observar si l'alineament entre la SelTryp de T. brucei i la SelTryp predita en L. braziliensis coincideix.
S'observa com l'alineament és correcte i les dues selenocisteïnes es conserven en els dos genomes, fet que ens suggereix que, segurament, SelTryp es troba com a selenoproteïna en L. braziliensis.
Tanmateix, s'ha executat el programa T-COFFEE amb Seltryp de L.major i T.cruci, i s'ha determinat que les dues seqüències no estaven ben conservades perquè no s'ha produït un bon alineament. Això pot haver succeït degut a que les proteïnes extretes del GeneDB eren proteïnes hipotètiques.
