Discussió
Després d´haver realitzat tot el procés descrit a materials i mètodes, hem obtingut les següents conclusions:
L.mexicana té:
● Selenoproteïnes:
-SelT
-SelTryp
S´observa que tant L.major com L. mexicana tenen la selenoproteïna SelT al seu genoma. En canvi, la selenoproteïna SelTryp està únicament al genoma de L.mexicana. Ambdues espècies tenen un genoma molt similar, tot i així produeixen patologies diferents. Una possible explicació d´aquesta diferència podria ser a causa de la presència de diferents selenoproteïnes al seu genoma. Tot i així, seria necessària una investigació més exhaustiva.
● Homòlegs en cisteïna:
- SPS1
- SPS2
- Família Gpx
- EhSep2
- SPP02
S´observa que MsrA només es troba en L.mexicana quan es compara amb el genoma de L.major, però no quan es fa amb altres espècies. Com s´ha comentat anteriorment, el genoma de L.mexicana no està ensamblat, i comparar amb una espècie propera possibilita trobar selenoproteïnes que estan repartides en diferents contigs.
A més, s´observa que la família de les Gpx només es troba en el genoma de L.mexicana com a homòleg en cisteïna, i no en el de L.major.
El fet que en el genoma de L.mexicana hi hagi homòlegs en cisteïna de selenoproteïnes d´altres espècies pot indicar que existien prèviament aquestes selenoproteïnes en L.mexicana però que s´han perdut al llarg de l´evolució.
● Maquinària de síntesi de selenoproteïnes:
- SPS1
- SPS2
- eFSEc
Les proteïnes SPS, a part de ser maquinària, en algunes espècies són també una selenoproteïna. En canvi, en el cas de L.mexicana són homòlogues en cisteïna.
Les proteïnes de maquinària SPS de L.major no ha estat trobades en L.mexicana. El primer que es pensa és que SPS és maquinària que està a L.major però no a L.mexicana. Per confirmar que realment no hi és, es busca si SPS d´altres espècies estan a L.mexicana. Es troba que les SPS de la resta d´espècies que tenen aquesta proteïna sí que estan a L.mexicana, ja sigui com a homòlogues en cisteïna o com a maquinària. Per aquest motiu es considera que si L.mexicana té proteïnes SPS, i no han sortit comparant amb L.major, és segurament perquè la seqüència de les proteïnes obtingudes en L.major eren molt curtes i es sospita que estaven incompletes.
● Haver automatitzat part del procés ha facilitat la cerca de selenoproteïnes, ja que ha permès gestionar un volum molt més gran d´informació i comparar el genoma de L.mexicana amb el de moltes espècies. A més, ha fet possible la reproducció de tot el procés les vegades que han estat necessàries, obtenint els mateixos resultats. Malgrat tot, l´obtenció de resultats definitius amb el procés automàtic ha estat incompleta, tal i com es descriu a l´apartat “millora del programa”.
● De la cerca de noves selenoproteïnes mitjançant la cerca d´elements SECIS s´han trobat dues noves selenoproteïnes.
En el cas de Sec23 es tracta d´una selenoproteïna present en altres espècies. I en el cas de XM_001686704.1, és selenocisteïna en L. mexicana i en altres espècies és homòloga en cisteïna.
Crida l´atenció que això també succeeixi en una espècie tan propera com L. major, ja que és indicatiu que l´evolució ha estat ràpida.
● Millora del programa:
El programa podria fer també el tblastn i la taula parseblast. Per a que ho pugui fer, cal incloure al principi del programa: (exemple per L.mexicana)
system “blastall -p tblastn -i $MF -d /disc8/genomes/L.mexicana/genome.fa -o
./tblastnmexicana.fa -F F “;
$blast = $ARGV[3] # tblastnmexicana.fa
system “parseblast.pl -W ./tblastnmexicana_major.fa |awk '{print \$12,
\$18, \$19, \$20, \$21, \$22, \$6, \$8,(\$9\>0.0001)\?\"REMOVE\":\$9, \$26,
\$12}'| grep -v \"REMOVE\"> parseblastmexicana1.fa”;
system “ uniq -f 10 parseblastmajor1.fa > parseblastmexicana.fa”;
Cal també refinar la cerca de selenoproteïnes fent que el programa llegeixi l´alineament del segon Genewise comprovant si la selenocisteïna del multifasta ( X ) coincideix amb una serina (ja que, com hem comentat anteriorment, hem substituït els codons STOP pel codó de serina). Amb el mateix sistema també es podrien buscar homòlegs amb cisteïna comprovant si la selenocisteïna coincideix amb una serina.
● Finalment explicar que no s´ha trobat el tRNA específic per a la selenocisteïna. Que ara per ara no s´hagi
trobat el tRNA no vol dir necessàriament que aquest no existeixi. Per tant no podem descartar la presència de selenoproteïnes en aquests dos genomes. (L.major, L.mexicana)
