Resultados del exonerate de las proteínas compuestas
Command line: [exonerate -m p2g -q SelIcompuesta.fa -t contig4096.fa]
Hostname: [am75242]
C4 Alignment:
------------
Query: SelI_compuesta
Target: Contig4096
Model: protein2genome
Raw score: 448
Query range: 99 -> 183
Target range: 46101 -> 46353
100 : AlaGlnThrPheAspGlyIleAspGlyLysGlnAlaArgLysLeuGlyMetSerSerPro : 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaGlnThrPheAspGlyIleAspGlyLysGlnAlaArgLysLeuGlyMetSerSerPro
46102 : GCGCAGACGTTCGACGGAATCGACGGGAAGCAGGCCAGAAAGCTGGGCATGAGCTCGCCC : 46159
120 : LeuGlyGlnLeuLeuAspHisGlyLeuAspAlaValValThrValPheTyrProTyrIle : 139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuGlyGlnLeuLeuAspHisGlyLeuAspAlaValValThrValPheTyrProTyrIle
46160 : CTGGGGCAGCTGCTGGACCACGGCCTCGACGCCGTAGTGACGGTCTTCTACCCGTACATC : 46219
140 : CysCysThrLeuTyrProGlyGlyPheThrPheIleThrLeuLeuLeuValAlaIleAla : 159
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CysCysThrLeuTyrProGlyGlyPheThrPheIleThrLeuLeuLeuValAlaIleAla
46220 : TGCTGCACGCTCTACCCCGGCGGCTTCACGTTCATCACCCTCCTCCTGGTGGCGATAGCG : 46279
160 : ProIleHisValLeuCysThrValTrpArgGluSerGluPheGluThrPheGluTyrThr : 179
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ProIleHisValLeuCysThrValTrpArgGluSerGluPheGluThrPheGluTyrThr
46280 : CCGATCCACGTCTTGTGCACCGTCTGGCGTGAGAGCGAGTTCGAGACCTTCGAGTACACC : 46339
180 : AsnGlyValLeu : 183
||||||||||||
AsnGlyValLeu
46340 : AACGGCGTGCTG : 46353
vulgar: SelI_compuesta 99 183 . Contig4096 46101 46353 + 448 M 84 252
-- completed exonerate analysis
Command line: [exonerate -m p2g -q compTR1.fa -t contig4075.fa]
Hostname: [am75268]
C4 Alignment:
------------
Query: TR1
Target: Contig4075
Model: protein2genome
Raw score: 2443
Query range: 12 -> 493
Target range: 18971 -> 20489
13 : TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla : 32
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TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla
18972 : TACGACTTCGCCGTCATTGGCGGAGGTTGCGGTGGATTGGCCGCCGCTAAGGAGGCTGCC : 19029
33 : SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr : 52
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SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr
19030 : AGCTTGGGAGCGAAGACGATTCTATTTGATTATGTGCGCCCTTCTCCGCGTGGCACAACT : 19089
53 : TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr : 72
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TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr
19090 : TGGGGTCTCGGCGGTACCTGTGTGAATGTCGGCTGTATCCCGAAGAAGTTGATGCACTAT : 19149
73 : AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu : 92
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AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu
19150 : GCTGGCATTTTGGGCCACTCGTCGCATGATCGTGAGGCGCTTGGTTGGGGCAACCATGAG : 19209
93 : GlyProHisAspTrpGlyArgLeuValGln >>>> Target Intron 1 >>>> T : 103
|||||||||||||||||||||||||||.!. 38 bp |
GlyProHisAspTrpGlyArgLeuValAsn++ ++T
19210 : GGTCCGCACGATTGGGGCCGTCTTGTTAACgt.........................agA : 19280
104 : hrValGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerLysA : 123
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrValGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerLysA
19281 : CCGTGCAGAACTACATCAAGATGCTCAACTTTTCCTACCGCTCGGGTCTCATGTCGAAAA : 19340
124 : snValGluTyrValAsnAlaMetAlaSerLeuAlaAspLysAsnThrValThrTyrThrA : 143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
snValGluTyrValAsnAlaMetAlaSerLeuAlaAspLysAsnThrValThrTyrThrA
19341 : ACGTCGAATACGTCAACGCCATGGCGAGCCTTGCCGATAAAAACACGGTGACATACACCG : 19400
144 : spLysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyAlaA : 163
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spLysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyAlaA
19401 : ACAAGAAGGGGGAGAAGCATCAGATCAAGGCCAAGAATGTGCTGATCGCTATCGGAGCGC : 19460
164 : rgProThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspAspL : 183
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgProThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspAspL
19461 : GTCCCACCATCCCCAGCGATGTGAAGGGTGCATGGGACTACTCAATCACCTCTGACGATT : 19520
184 : euMetSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValAlaL : 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euMetSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValAlaL
19521 : TAATGAGCAGGAAGGAGCCCGTCGGCAAGACTCTTATCGTGGGCGGTTCGTTCGTTGCTC : 19580
204 : euGluCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgSerL : 223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euGluCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgSerL
19581 : TGGAGTGCGCCGGCTTCCTCACCTCGATGGGTTACGACGTCACCGTCGCCGTCCGTTCTC : 19640
224 : euIleLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuAlaT : 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euIleLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuAlaT
19641 : TTATACTTAGAGGCTTCGACCGCCAGTGTGCGGACAAGGTCCAGGAGCTTATGTTGGCGA : 19700
244 : hrGlyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnGlyA : 263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrGlyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnGlyA
19701 : CTGGCACCAAGTTCAAGAACGGAGTTGTGCCGCAAGCCATCACCAAACTCGAGAATGGGA : 19760
264 : rgLeuTyrIleGluPheThrAspGlySerSerAspGluPheAspThrLeuMetTyrAlaT : 283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
rgLeuTyrIleGluPheThrAspGlySerSerAspGluPheAspThrLeuMetTyrAlaT
19761 : GACTATACATCGAATTCACCGATGGCAGCTCTGACGAATTTGACACGCTGATGTACGCTA : 19820
284 : hrGlyArgSerValSerSerArgMetGlnLysGluLeuSerAspValGlyIleLysPheS : 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrGlyArgSerValSerSerArgMetGlnLysGluLeuSerAspValGlyIleLysPheS
19821 : CCGGCCGTTCTGTGTCCTCAAGGATGCAAAAGGAGCTCAGCGACGTGGGCATCAAATTCA : 19880
304 : erGluTyrGlyLysIleIleAlaGluAspGlyLysThrSerValGluGlyValTyrAlaV : 323
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erGluTyrGlyLysIleIleAlaGluAspGlyLysThrSerValGluGlyValTyrAlaV
19881 : GCGAGTACGGCAAAATCATTGCCGAGGATGGCAAGACCTCTGTGGAGGGCGTGTACGCCG : 19940
324 : alGlyAspValValGluGlyAsnProAlaLeuAlaProValAlaValLysAspGlyGluL : 343
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alGlyAspValValGluGlyAsnProAlaLeuAlaProValAlaValLysAspGlyGluL
19941 : TCGGTGACGTGGTGGAGGGCAACCCTGCTCTCGCACCGGTGGCCGTTAAGGACGGTGAAC : 20000
344 : euLeuAlaArgArgIlePheGlyAsnSerAspLysLysValGlyPhe >>>> Target : 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3
euLeuAlaArgArgIlePheGlyAsnSerAspLysLysValGlyPhe++
20001 : TGCTTGCCCGCAGGATCTTCGGCAACTCAGACAAGAAGGTAGGCTTTgt........... : 20050
360 : Intron 2 >>>> AsnTyrIleProMetCysValPheThrProTyrGluTyrAlaAr : 373
7 bp ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
-+AsnTyrIleProMetCysValPheThrProTyrGluTyrAlaAr
20051 : ..............tgAACTACATTCCCATGTGTGTCTTCACGCCGTACGAATACGCGCG : 20127
374 : gCysGlyIleSerGluGluThrAlaSerLysLeuTyrGlyGluAspPheAspValTyrLe : 393
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gCysGlyIleSerGluGluThrAlaSerLysLeuTyrGlyGluAspPheAspValTyrLeCommand line: [exonerate -m p2g -q SelIcompuesta.fa -t contig4096.fa]
Hostname: [am75242]
C4 Alignment:
------------
Query: SelI_compuesta
Target: Contig4096
Model: protein2genome
Raw score: 448
Query range: 99 -> 183
Target range: 46101 -> 46353
100 : AlaGlnThrPheAspGlyIleAspGlyLysGlnAlaArgLysLeuGlyMetSerSerPro : 119
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AlaGlnThrPheAspGlyIleAspGlyLysGlnAlaArgLysLeuGlyMetSerSerPro
46102 : GCGCAGACGTTCGACGGAATCGACGGGAAGCAGGCCAGAAAGCTGGGCATGAGCTCGCCC : 46159
120 : LeuGlyGlnLeuLeuAspHisGlyLeuAspAlaValValThrValPheTyrProTyrIle : 139
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LeuGlyGlnLeuLeuAspHisGlyLeuAspAlaValValThrValPheTyrProTyrIle
46160 : CTGGGGCAGCTGCTGGACCACGGCCTCGACGCCGTAGTGACGGTCTTCTACCCGTACATC : 46219
140 : CysCysThrLeuTyrProGlyGlyPheThrPheIleThrLeuLeuLeuValAlaIleAla : 159
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CysCysThrLeuTyrProGlyGlyPheThrPheIleThrLeuLeuLeuValAlaIleAla
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160 : ProIleHisValLeuCysThrValTrpArgGluSerGluPheGluThrPheGluTyrThr : 179
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ProIleHisValLeuCysThrValTrpArgGluSerGluPheGluThrPheGluTyrThr
46280 : CCGATCCACGTCTTGTGCACCGTCTGGCGTGAGAGCGAGTTCGAGACCTTCGAGTACACC : 46339
180 : AsnGlyValLeu : 183
||||||||||||
AsnGlyValLeu
46340 : AACGGCGTGCTG : 46353
vulgar: SelI_compuesta 99 183 . Contig4096 46101 46353 + 448 M 84 252
-- completed exonerate analysis
Command line: [exonerate -m p2g -q compTR1.fa -t contig4075.fa]
Hostname: [am75268]
C4 Alignment:
------------
Query: TR1
Target: Contig4075
Model: protein2genome
Raw score: 2443
Query range: 12 -> 493
Target range: 18971 -> 20489
13 : TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla : 32
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TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla
18972 : TACGACTTCGCCGTCATTGGCGGAGGTTGCGGTGGATTGGCCGCCGCTAAGGAGGCTGCC : 19029
33 : SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr : 52
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SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr
19030 : AGCTTGGGAGCGAAGACGATTCTATTTGATTATGTGCGCCCTTCTCCGCGTGGCACAACT : 19089
53 : TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr : 72
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TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr
19090 : TGGGGTCTCGGCGGTACCTGTGTGAATGTCGGCTGTATCCCGAAGAAGTTGATGCACTAT : 19149
73 : AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu : 92
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AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu
19150 : GCTGGCATTTTGGGCCACTCGTCGCATGATCGTGAGGCGCTTGGTTGGGGCAACCATGAG : 19209
93 : GlyProHisAspTrpGlyArgLeuValGln >>>> Target Intron 1 >>>> T : 103
|||||||||||||||||||||||||||.!. 38 bp |
GlyProHisAspTrpGlyArgLeuValAsn++ ++T
19210 : GGTCCGCACGATTGGGGCCGTCTTGTTAACgt.........................agA : 19280
104 : hrValGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerLysA : 123
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hrValGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerLysA
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snValGluTyrValAsnAlaMetAlaSerLeuAlaAspLysAsnThrValThrTyrThrA
19341 : ACGTCGAATACGTCAACGCCATGGCGAGCCTTGCCGATAAAAACACGGTGACATACACCG : 19400
144 : spLysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyAlaA : 163
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spLysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyAlaA
19401 : ACAAGAAGGGGGAGAAGCATCAGATCAAGGCCAAGAATGTGCTGATCGCTATCGGAGCGC : 19460
164 : rgProThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspAspL : 183
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rgProThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspAspL
19461 : GTCCCACCATCCCCAGCGATGTGAAGGGTGCATGGGACTACTCAATCACCTCTGACGATT : 19520
184 : euMetSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValAlaL : 203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euMetSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValAlaL
19521 : TAATGAGCAGGAAGGAGCCCGTCGGCAAGACTCTTATCGTGGGCGGTTCGTTCGTTGCTC : 19580
204 : euGluCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgSerL : 223
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euGluCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgSerL
19581 : TGGAGTGCGCCGGCTTCCTCACCTCGATGGGTTACGACGTCACCGTCGCCGTCCGTTCTC : 19640
224 : euIleLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuAlaT : 243
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euIleLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuAlaT
19641 : TTATACTTAGAGGCTTCGACCGCCAGTGTGCGGACAAGGTCCAGGAGCTTATGTTGGCGA : 19700
244 : hrGlyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnGlyA : 263
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrGlyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnGlyA
19701 : CTGGCACCAAGTTCAAGAACGGAGTTGTGCCGCAAGCCATCACCAAACTCGAGAATGGGA : 19760
20128 : GTGTGGAATTTCGGAGGAGACAGCCTCCAAATTGTACGGGGAAGACTTTGATGTCTACCT : 20187
394 : uLysGluTyrThrThrLeuGluPheAlaAlaValHisArgGluLysValGluSerLeuAr : 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uLysGluTyrThrThrLeuGluPheAlaAlaValHisArgGluLysValGluSerLeuAr
20188 : GAAGGAGTACACGACTCTGGAGTTTGCGGCTGTTCACCGCGAGAAGGTAGAGAGCTTGCG : 20247
414 : gAlaAspGluPheAspValAspMetProProThrCysLeuSerLysMetIleCysLysLy : 433
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gAlaAspGluPheAspValAspMetProProThrCysLeuSerLysMetIleCysLysLy
20248 : CGCTGACGAGTTCGACGTCGACATGCCGCCTACTTGCCTGTCCAAAATGATCTGCAAGAA : 20307
434 : sAspGlyThrValValGlyLeuHisPheValGlyProAsnAlaGlyGluIleMetGlnGl : 453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sAspGlyThrValValGlyLeuHisPheValGlyProAsnAlaGlyGluIleMetGlnGl
20308 : GGACGGTACCGTCGTCGGCTTGCACTTCGTCGGCCCTAACGCCGGCGAAATAATGCAGGG : 20367
454 : yLeuCysMetAlaValArgLysGlyIleThrLysGluGluIleAspAspThrIleGlyIl : 473
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
yLeuCysMetAlaValArgLysGlyIleThrLysGluGluIleAspAspThrIleGlyIl
20368 : CCTCTGTATGGCTGTGCGCAAGGGAATCACCAAAGAGGAGATTGACGACACCATCGGTAT : 20427
474 : eHisProThrAspAlaGluSerPheValAsnLeuThrValThrLysLysSerGlyGluSe : 493
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
eHisProThrAspAlaGluSerPheValAsnLeuThrValThrLysLysSerGlyGluSe
20428 : CCACCCGACTGACGCTGAGAGCTTCGTAAATCTCACTGTCACGAAGAAATCCGGCGAGTC : 20487
494 : r : 493
|
r
20488 : A : 20489
vulgar: TR1 12 493 . Contig4075 18971 20489 + 2443 M 90 270 5 0 2 I 0 34 3 0 2 M 256 768 5 0 2
I 0 33 3 0 2 M 135 405
-- completed exonerate analysis
Command line: [exonerate -m p2g -q compTR2.fa -t contig4075.fa]
Hostname: [am75268]
C4 Alignment:
------------
Query: TR2
Target: Contig4075
Model: protein2genome
Raw score: 2420
Query range: 39 -> 516
Target range: 18971 -> 20483
40 : TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla : 59
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TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla
18972 : TACGACTTCGCCGTCATTGGCGGAGGTTGCGGTGGATTGGCCGCCGCTAAGGAGGCTGCC : 19029
60 : SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr : 79
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SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr
19030 : AGCTTGGGAGCGAAGACGATTCTATTTGATTATGTGCGCCCTTCTCCGCGTGGCACAACT : 19089
80 : TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr : 99
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TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr
19090 : TGGGGTCTCGGCGGTACCTGTGTGAATGTCGGCTGTATCCCGAAGAAGTTGATGCACTAT : 19149
100 : AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu : 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu
19150 : GCTGGCATTTTGGGCCACTCGTCGCATGATCGTGAGGCGCTTGGTTGGGGCAACCATGAG : 19209
120 : GlyProHisAspTrpGlyArgLeuLeuArg >>>> Target Intron 1 >>>> G : 130
||||||||||||||||||||||||:!!!.! 35 bp |
GlyProHisAspTrpGlyArgLeuValAsn++ -+G
19210 : GGTCCGCACGATTGGGGCCGTCTTGTTAACgt.........................ggC : 19277
131 : lnThrValGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerL : 150
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lnThrValGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerL
19278 : AGACCGTGCAGAACTACATCAAGATGCTCAACTTTTCCTACCGCTCGGGTCTCATGTCGA : 19337
151 : ysAsnValGluTyrValAsnAlaMetAlaSerLeuAlaAspLysAsnThrValThrTyrT : 170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ysAsnValGluTyrValAsnAlaMetAlaSerLeuAlaAspLysAsnThrValThrTyrT
19338 : AAAACGTCGAATACGTCAACGCCATGGCGAGCCTTGCCGATAAAAACACGGTGACATACA : 19397
171 : hrAspLysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyA : 190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
hrAspLysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyA
19398 : CCGACAAGAAGGGGGAGAAGCATCAGATCAAGGCCAAGAATGTGCTGATCGCTATCGGAG : 19457
191 : laArgProThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspA : 210
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laArgProThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspA
19458 : CGCGTCCCACCATCCCCAGCGATGTGAAGGGTGCATGGGACTACTCAATCACCTCTGACG : 19517
211 : spLeuMetSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValA : 230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
spLeuMetSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValA
19518 : ATTTAATGAGCAGGAAGGAGCCCGTCGGCAAGACTCTTATCGTGGGCGGTTCGTTCGTTG : 19577
231 : laLeuGluCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgS : 250
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laLeuGluCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgS
19578 : CTCTGGAGTGCGCCGGCTTCCTCACCTCGATGGGTTACGACGTCACCGTCGCCGTCCGTT : 19637
251 : erLeuIleLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuA : 270
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
erLeuIleLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuA
19638 : CTCTTATACTTAGAGGCTTCGACCGCCAGTGTGCGGACAAGGTCCAGGAGCTTATGTTGG : 19697
271 : laThrGlyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnG : 290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laThrGlyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnG
19698 : CGACTGGCACCAAGTTCAAGAACGGAGTTGTGCCGCAAGCCATCACCAAACTCGAGAATG : 19757
291 : lyArgLeuTyrIleGluPheThrAspGlySerSerAspGluPheAspThrLeuMetTyrA : 310
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
lyArgLeuTyrIleGluPheThrAspGlySerSerAspGluPheAspThrLeuMetTyrA
19758 : GGAGACTATACATCGAATTCACCGATGGCAGCTCTGACGAATTTGACACGCTGATGTACG : 19817
311 : laThrGlyArgSerValSerSerArgMetGlnLysGluLeuSerAspValGlyIleLysP : 330
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laThrGlyArgSerValSerSerArgMetGlnLysGluLeuSerAspValGlyIleLysP
19818 : CTACCGGCCGTTCTGTGTCCTCAAGGATGCAAAAGGAGCTCAGCGACGTGGGCATCAAAT : 19877
331 : heSerGluTyrGlyLysIleIleAlaGluAspGlyLysThrSerValGluGlyValTyrA : 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
heSerGluTyrGlyLysIleIleAlaGluAspGlyLysThrSerValGluGlyValTyrA
19878 : TCAGCGAGTACGGCAAAATCATTGCCGAGGATGGCAAGACCTCTGTGGAGGGCGTGTACG : 19937
351 : laValGlyAspValValGluGlyAsnProAlaLeuAlaProValAlaValLysAspGlyG : 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
laValGlyAspValValGluGlyAsnProAlaLeuAlaProValAlaValLysAspGlyG
19938 : CCGTCGGTGACGTGGTGGAGGGCAACCCTGCTCTCGCACCGGTGGCCGTTAAGGACGGTG : 19997
371 : luLeuLeuAlaArgArgIlePheGlyAsnSer >>>> Target Intron 2 >>>> : 381
|||||||||||||||||||||||||||||||| 46 bp
luLeuLeuAlaArgArgIlePheGlyAsnSer+- +
19998 : AACTGCTTGCCCGCAGGATCTTCGGCAACTCAga.........................a : 20074
382 : LeuAspLeuAsnTyrIleProMetCysValPheThrProTyrGluTyrAlaArgCysGl : 400
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
+LeuAspLeuAsnTyrIleProMetCysValPheThrProTyrGluTyrAlaArgCysGl
20075 : gCTTGATCTGAACTACATTCCCATGTGTGTCTTCACGCCGTACGAATACGCGCGGTGTGG : 20133
401 : yIleSerGluGluThrAlaSerLysLeuTyrGlyGluAspPheAspValTyrLeuLysGl : 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
yIleSerGluGluThrAlaSerLysLeuTyrGlyGluAspPheAspValTyrLeuLysGl
20134 : AATTTCGGAGGAGACAGCCTCCAAATTGTACGGGGAAGACTTTGATGTCTACCTGAAGGA : 20193
421 : uTyrThrThrLeuGluPheAlaAlaValHisArgGluLysValGluSerLeuArgAlaAs : 440
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
uTyrThrThrLeuGluPheAlaAlaValHisArgGluLysValGluSerLeuArgAlaAs
20194 : GTACACGACTCTGGAGTTTGCGGCTGTTCACCGCGAGAAGGTAGAGAGCTTGCGCGCTGA : 20253
441 : pGluPheAspValAspMetProProThrCysLeuSerLysMetIleCysLysLysAspGl : 460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
pGluPheAspValAspMetProProThrCysLeuSerLysMetIleCysLysLysAspGl
20254 : CGAGTTCGACGTCGACATGCCGCCTACTTGCCTGTCCAAAATGATCTGCAAGAAGGACGG : 20313
461 : yThrValValGlyLeuHisPheValGlyProAsnAlaGlyGluIleMetGlnGlyLeuCy : 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
yThrValValGlyLeuHisPheValGlyProAsnAlaGlyGluIleMetGlnGlyLeuCy
20314 : TACCGTCGTCGGCTTGCACTTCGTCGGCCCTAACGCCGGCGAAATAATGCAGGGCCTCTG : 20373
481 : sMetAlaValArgLysGlyIleThrLysGluGluIleAspAspThrIleGlyIleHisPr : 500
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sMetAlaValArgLysGlyIleThrLysGluGluIleAspAspThrIleGlyIleHisPr
20374 : TATGGCTGTGCGCAAGGGAATCACCAAAGAGGAGATTGACGACACCATCGGTATCCACCC : 20433
501 : oThrAspAlaGluSerPheValAsnLeuThrValThrLysLysSerGly : 516
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oThrAspAlaGluSerPheValAsnLeuThrValThrLysLysSerGly
20434 : GACTGACGCTGAGAGCTTCGTAAATCTCACTGTCACGAAGAAATCCGGC : 20483
vulgar: TR2 39 516 . Contig4075 18971 20483 + 2420 M 90 270 5 0 2 I 0 31 3 0 2 M 251 753 5 0 2
I 0 42 3 0 2 M 136 408
-- completed exonerate analysis
Command line: [exonerate -m p2g -q compTR3.fa -t contig4075.fa]
Hostname: [am75268]
C4 Alignment:
------------
Query: TR3
Target: Contig4075
Model: protein2genome
Raw score: 2408
Query range: 267 -> 745
Target range: 18971 -> 20483
268 : TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla : 287
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TyrAspPheAlaValIleGlyGlyGlyCysGlyGlyLeuAlaAlaAlaLysGluAlaAla
18972 : TACGACTTCGCCGTCATTGGCGGAGGTTGCGGTGGATTGGCCGCCGCTAAGGAGGCTGCC : 19029
288 : SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr : 307
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SerLeuGlyAlaLysThrIleLeuPheAspTyrValArgProSerProArgGlyThrThr
19030 : AGCTTGGGAGCGAAGACGATTCTATTTGATTATGTGCGCCCTTCTCCGCGTGGCACAACT : 19089
308 : TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr : 327
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TrpGlyLeuGlyGlyThrCysValAsnValGlyCysIleProLysLysLeuMetHisTyr
19090 : TGGGGTCTCGGCGGTACCTGTGTGAATGTCGGCTGTATCCCGAAGAAGTTGATGCACTAT : 19149
328 : AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu : 347
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AlaGlyIleLeuGlyHisSerSerHisAspArgGluAlaLeuGlyTrpGlyAsnHisGlu
19150 : GCTGGCATTTTGGGCCACTCGTCGCATGATCGTGAGGCGCTTGGTTGGGGCAACCATGAG : 19209
348 : GlyProHisAspTrp >>>> Target Intron 1 >>>> ThrLeuArgGlnThrV : 358
||||||||||||||| 41 bp ||||||||||||||||
GlyProHisAspTrp+- -+ThrLeuArgGlnThrV
19210 : GGTCCGCACGATTGGgg.........................tgACTCTGCGGCAGACCG : 19283
359 : alGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerLysAsnV : 378
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alGlnAsnTyrIleLysMetLeuAsnPheSerTyrArgSerGlyLeuMetSerLysAsnV
19284 : TGCAGAACTACATCAAGATGCTCAACTTTTCCTACCGCTCGGGTCTCATGTCGAAAAACG : 19343
379 : alGluTyrValAsnAlaMetAlaSerLeuAlaAspLysAsnThrValThrTyrThrAspL : 398
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alGluTyrValAsnAlaMetAlaSerLeuAlaAspLysAsnThrValThrTyrThrAspL
19344 : TCGAATACGTCAACGCCATGGCGAGCCTTGCCGATAAAAACACGGTGACATACACCGACA : 19403
399 : ysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyAlaArgP : 418
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ysLysGlyGluLysHisGlnIleLysAlaLysAsnValLeuIleAlaIleGlyAlaArgP
19404 : AGAAGGGGGAGAAGCATCAGATCAAGGCCAAGAATGTGCTGATCGCTATCGGAGCGCGTC : 19463
419 : roThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspAspLeuM : 438
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roThrIleProSerAspValLysGlyAlaTrpAspTyrSerIleThrSerAspAspLeuM
19464 : CCACCATCCCCAGCGATGTGAAGGGTGCATGGGACTACTCAATCACCTCTGACGATTTAA : 19523
439 : etSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValAlaLeuG : 458
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etSerArgLysGluProValGlyLysThrLeuIleValGlyGlySerPheValAlaLeuG
19524 : TGAGCAGGAAGGAGCCCGTCGGCAAGACTCTTATCGTGGGCGGTTCGTTCGTTGCTCTGG : 19583
459 : luCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgSerLeuI : 478
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luCysAlaGlyPheLeuThrSerMetGlyTyrAspValThrValAlaValArgSerLeuI
19584 : AGTGCGCCGGCTTCCTCACCTCGATGGGTTACGACGTCACCGTCGCCGTCCGTTCTCTTA : 19643
479 : leLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuAlaThrG : 498
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leLeuArgGlyPheAspArgGlnCysAlaAspLysValGlnGluLeuMetLeuAlaThrG
19644 : TACTTAGAGGCTTCGACCGCCAGTGTGCGGACAAGGTCCAGGAGCTTATGTTGGCGACTG : 19703
499 : lyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnGlyArgL : 518
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lyThrLysPheLysAsnGlyValValProGlnAlaIleThrLysLeuGluAsnGlyArgL
19704 : GCACCAAGTTCAAGAACGGAGTTGTGCCGCAAGCCATCACCAAACTCGAGAATGGGAGAC : 19763
519 : euTyrIleGluPheThrAspGlySerSerAspGluPheAspThrLeuMetTyrAlaThrG : 538
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euTyrIleGluPheThrAspGlySerSerAspGluPheAspThrLeuMetTyrAlaThrG
19764 : TATACATCGAATTCACCGATGGCAGCTCTGACGAATTTGACACGCTGATGTACGCTACCG : 19823
539 : lyArgSerValSerSerArgMetGlnLysGluLeuSerAspValGlyIleLysPheSerG : 558
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lyArgSerValSerSerArgMetGlnLysGluLeuSerAspValGlyIleLysPheSerG
19824 : GCCGTTCTGTGTCCTCAAGGATGCAAAAGGAGCTCAGCGACGTGGGCATCAAATTCAGCG : 19883
559 : luTyrGlyLysIleIleAlaGluAspGlyLysThrSerValGluGlyValTyrAlaValG : 578
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luTyrGlyLysIleIleAlaGluAspGlyLysThrSerValGluGlyValTyrAlaValG
19884 : AGTACGGCAAAATCATTGCCGAGGATGGCAAGACCTCTGTGGAGGGCGTGTACGCCGTCG : 19943
579 : lyAspValValGluGlyAsnProAlaLeuAlaProValAlaValLysAspGlyGluLeuL : 598
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lyAspValValGluGlyAsnProAlaLeuAlaProValAlaValLysAspGlyGluLeuL
19944 : GTGACGTGGTGGAGGGCAACCCTGCTCTCGCACCGGTGGCCGTTAAGGACGGTGAACTGC : 20003
599 : euAlaArgArgIlePheGlyAsnSerAspLysLysValGlyPheValValSerHisAlaT : 618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
euAlaArgArgIlePheGlyAsnSerAspLysLysValGlyPheValValSerHisAlaT
20004 : TTGCCCGCAGGATCTTCGGCAACTCAGACAAGAAGGTAGGCTTTGTTGTCAGCCATGCAA : 20063
619 : hrAsnPheThr >>>> Target Intron 2 >>>> ProTyrGluTyrAlaArgCy : 628
||||||||.!! 37 bp ||||||||||||||||||||
hrAsnPheAla+- -+ProTyrGluTyrAlaArgCy
20064 : CCAACTTCGCAgc.........................cgCCGTACGAATACGCGCGGTG : 20130
629 : sGlyIleSerGluGluThrAlaSerLysLeuTyrGlyGluAspPheAspValTyrLeuLy : 648
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
sGlyIleSerGluGluThrAlaSerLysLeuTyrGlyGluAspPheAspValTyrLeuLy
20131 : TGGAATTTCGGAGGAGACAGCCTCCAAATTGTACGGGGAAGACTTTGATGTCTACCTGAA : 20190
649 : sGluTyrThrThrLeuGluPheAlaAlaValHisArgGluLysValGluSerLeuArgAl : 668
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sGluTyrThrThrLeuGluPheAlaAlaValHisArgGluLysValGluSerLeuArgAl
20191 : GGAGTACACGACTCTGGAGTTTGCGGCTGTTCACCGCGAGAAGGTAGAGAGCTTGCGCGC : 20250
669 : aAspGluPheAspValAspMetProProThrCysLeuSerLysMetIleCysLysLysAs : 688
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
aAspGluPheAspValAspMetProProThrCysLeuSerLysMetIleCysLysLysAs
20251 : TGACGAGTTCGACGTCGACATGCCGCCTACTTGCCTGTCCAAAATGATCTGCAAGAAGGA : 20310
689 : pGlyThrValValGlyLeuHisPheValGlyProAsnAlaGlyGluIleMetGlnGlyLe : 708
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pGlyThrValValGlyLeuHisPheValGlyProAsnAlaGlyGluIleMetGlnGlyLe
20311 : CGGTACCGTCGTCGGCTTGCACTTCGTCGGCCCTAACGCCGGCGAAATAATGCAGGGCCT : 20370
709 : uCysMetAlaValArgLysGlyIleThrLysGluGluIleAspAspThrIleGlyIleHi : 728
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uCysMetAlaValArgLysGlyIleThrLysGluGluIleAspAspThrIleGlyIleHi
20371 : CTGTATGGCTGTGCGCAAGGGAATCACCAAAGAGGAGATTGACGACACCATCGGTATCCA : 20430
729 : sProThrAspAlaGluSerPheValAsnLeuThrValThrLysLysSerGly : 745
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sProThrAspAlaGluSerPheValAsnLeuThrValThrLysLysSerGly
20431 : CCCGACTGACGCTGAGAGCTTCGTAAATCTCACTGTCACGAAGAAATCCGGC : 20483
vulgar: TR3 267 745 . Contig4075 18971 20483 + 2408 M 85 255 5 0 2 I 0 37 3 0 2 M 269 807 5 0 2
I 0 33 3 0 2 M 124 372
-- completed exonerate analysis