En la imatge es mostra el resultat que et dóna directament la pàgina web del Broad Institute.
Per saber si la nostra seqüència homòloga es troba en l'strand positiu o negatiu del nostre genoma, hem introduït la seqüència anterior al programa ExPASy per veure la seqüència aminoacídica en quin frame es troba (5'-3' o 3'-5'). En el nostre cas veiem que el frame és 5'-3', per tant, no és necessari anar al Browse Regions i modificar l'strand escollit.
2. Cerca de l'estructura gènica de la nostra proteïna homòloga.
En aquesta imatge observem la seqüència de nucleòtids allargada 1000 nucleòtids up i down stream per poder realitzar el posterior genewise. Hem marcat en groc la seqüència de DNA obtinguda després del BLAST per facilitar posteriors procediments.
Aquesta seqüència és la que hem introduit en el genewise per tal de conèixer els introns i exons de la proteïna homòloga. El resultat del genewise per la GPx2 del supercontig 3 és el següent (es mostra només la part que pertany a la identificació de l'intró):
El següent pas que hem seguit ha estat identificar les seqüències flanquejants de l'intró (mostrades en el resultat del genewise) en la nostra seqüència genòmica, i definitivament identificar l'intró sencer.
3. Cerca de la seqüència proteica.
Un cop hem identificat l'intró, l'eliminarem i introduirem tota la nostra seqüència sense l'intró a l'ExPASy per tal de conèixer la seqüència correcte i la pauta de lectura correcte, i identificar la metionina i el codó STOP flanquejants. A continuació es mostren la seqüència genòmica utilitzada i el resultat obtingut de l'ExPASy.
El resultat final de la proteïna es mostra a continuació. Hem marcat en groc els aminoàcids obtinguts a partir del BLAST inicial i en verd els amplificats a partir de l'ExPASy.
