SECIS Supercontig 29
A partir de la seqüència de l'element SECIS obtingut del supercontig 1.29, hem introduït l'ampliació de la seqüència (de la mateixa manera com ho hem fet en l'altre cas) i hem obtingut els aquests valors de GENEID.
Hem obtingut únicament un possible gen predit a partir d'aquest programa. Per saber si aquest gen sintetitza una selenoproteïna, mirarem si dins d'aquesta trobem algun UGA, abans de trobar-nos amb el primer codó stop. Això ens indicaria la presència d'una selenocisteïna.
Veient aquesta imatge podem concloure que aquesta proteïna potencial, no és realment una selenoproteïna ja que el primer codó stop que trobem és un TAG. éS per això que haurem de buscar la presència de possibles proteïnes a algun altre programa.
En analitzar una mica més a fons aquesta proteïna, podem veure que encara que el codó stop no és un TGA, trobem un intró on podem veure la presència de dos TGA. Tot i que és molt poc probable que aquests UGA's siguin l'evidència de la presència d'una selenoproteïna real, podria ser que realment si que ho fós i que aquest intró estigués mal predit. Això podria ser degut a que tot i que el Broad Institute fa la predicció a partir d'EST i de diferents BLASTx, no tenen en compte la presència de possibles selenoproteïnes, i és per això que pot ser que alguna de les seves prediccions no sigui correcta. L'única manera de saber realment si es tracta o no d'una selenoproteïna, seria fer més estudis, com per exemple,veure si aquest intró es troba conservat en diferents espècies.
Aquesta proteïna potencial no pot tractar-se d'una selenoproteïna, ja que com hem vist en altres casos, es troba en l'strand- (al revés d'on està situat el nostre element SECIS).
Com que es tracta d'EST, estem segures que aquestes regions són codificants. és per això que a partir de l'EXpasy, mirarem si alguna d'aquestes pot correspondre a alguna regió on hi hagi una selenoproteïna. Per fer-ho, haurem de quedar-nos amb el frame obtingut de l'Expasy que no presenti cap Stop, o que en el cas de presentar-ne, sigui un UGA (que per tant podria ser una selenocisteïna).
No pot ser una selenoproteïna, ja que el primer stop que trobem un cop hem agafat la pauta de lectura correcta a partir de l'Expasy, és un codó de finalització TAA.
Utilitzarem, com en l'altre cas, els transcripts obtinguts del Broad Institute. Podem veure, que en aquesta regió, trobem també dues proteïnes potencials. Les analitzarem per veure si alguna de les dues podria ser una selenoproteïna.
Aquest gen és el que ens ha predit el programa que es troba en tota aquesta regió. Tot i això, no el podem considerar una selenoproteïna perquè es troba en l'strand- i en canvi el SECIS predit es troba en l'strand positiu, i per tal de que el SECIS pugui ser utilitzat per la selenoproteïna, aquesta s'ha de trobar en el mateix strand.
Supercontig 29: 1281130-1282461 -
PITG_13596.1
Finalment hem mirat els EST que trobem a l'extrem 5' dels SECIS. N'hem obtingut 17, però només ens hem quedat amb aquells que estan en el mateix strand en que està l'element SECIS (el positiu).
Aquests són:
Supercontig 29: 1280357-1280914 +
Supercontig 29: 1280657-1280970 + Regió inclosa en l'anterior.
Supercontig 29: 1281195-1281605 +
A partir de la informació extreta a partir dels ESTs, no podem extreure cap conclusió de la regió corresponent al Supercontig 29: 1281195-1281605 +.Creiem que és millor no considerar aquest EST, ja que darrere dels dos codons stop seguits, trobem més cDNA predit a partir de mRNA que ha estat transcrit. Creiem que aquest EST s'ha aconseguit de manera incorrecta, ja que no pot ser que darrera un codó stop s'haguéssin sintetitzat més aminoàcids. Per comprovar-ho hem ampliat per davant i hem trobat molts stops per tant NO pot ser una selenoproteïna.
Finalment, podem concloure, que en el supercontig 29 no trobem cap selenoproteïna, o en el cas de que no fós així, a partir de la metodologia que nosaltres hem utilitzat no l'hem pogut trobar.