RESULTATS SelR (supercontig 2)
Seqüència de la selenoproteïna homòloga a SelR:
Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:
Discussió de la proteïna:
Els resultats del BLAST mostren en aquest supercontig dos hits significatius per a dues proteïnes de la família SelR, SelR2 i SelR3. A continuació es mostra una taula amb els valors d'E-value i score dels alineaments:
E-value Score Posició SelR3 -17 88 197051-197314 SelR2 -17 74 197108-197311
Veiem que totes dues presenten E-values i score molt similars, però SelR3 té un score major (l'alineament és més llarg), per tant escollim aquest resultat del tBLASTn per seguir buscant la proteïna.
En el Phytophthora infestans per tant, només trobem una seqüència homòloga a una proteïna de la família SelR humana(SelR3).
Aquesta proteïna, com es mostra en la següent imatge, conté dos introns i tres exons. Aquests resultats obtinguts a partir del genewise coincideixen amb l'estructura que presenten els transcrit del Broad Institute.(Resultat GFF)
Al comparar les seqüència
caracteritzada amb la del transcrit proposat pel Broad Institute veiem
que la primera és més llarga. Per comprovar quina de les dues és més
semblant a la SelR3 humana fem un ClustalW per alinear-les i veure quines seqüències presenten més homologia (Veure input)
Veiem que
l'alineament resultant del ClustalW de la seqüència caracteritzada i la
SelR3 té un score menor que l'alineament d'aquesta amb el transcrit.
Els resultats indiquen, doncs, que tot i que el transcrit té una
seqüència més curta que la SelR3 humana, i la proteïna que hem
caracteritzat és més llarga que el transcrit, aquest fragment de més no
està conservat entre Phytophthora infestans i Homo sapiens, ja que l'alineament presenta un score baix.
A partir de tots aquest resultats hem trobat adient considerar com a correcte la seqüència proposada pel Broad Institute.