RESULTATS Sel O (Supercontig 3)

Seqüència de la proteïna homòloga a Sel O:

Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:

Discussió de la proteïna:

La SelO es tracta d'una selenoproteïna, és a dir, que conté una selenocisteïna en la seva estructura. En aquest cas hem trobat tres regions en el genoma de Phytophthora infestans que donaven un alineament significatiu al realitzar el BLAST. Dos dels hits es troben en el mateix supercontig, el 3, i en regions molt pròximes, el que ens fa pensar que es tracta de diferents parts de la mateixa proteïna. Utilitzarem un dels hits per realitzar l'anàlisi.

Els resultats del BLAST mostren alineaments significatius amb un E-value de e-132 i un score de 472. La selenocisteïna de la proteïna humana s'alinea, en aquest cas, amb una cisteïna en el nostre organisme.

Tot seguit hem realitzat el genewise, en aquest cas l'allargament pertinent l'hem realitzat afegint 2000 nucleòtids up i down stream per donar l'oportunitat d'alinear la U amb la C ja que, allargant només 1000 nucleòtdis no vèiem aquest alineament. Els resultats no mostren la presència de cap intró en l'estructura.
Resultat GFF

En tot cas, el resultat a destacar és que l'organisme en estudi presenta una proteïna homòloga a SelO, però no es tracta d'una selenoproteïna. Si ens fixem en els diferents resultats, mostrats anteriorment sobre l'anàlisi d'aquesta proteïna veurem que quan trobem una selenocisteïna en la SelO humana, es correspon amb una cisteïna en la proteïna homòloga de Phytophthora infestans .

Pel que fa al BLAST amb els transcrits, veiem que les seqüències presenten una homologia molt significativa, i que per tant el resultat de la nostra cerca coincideix amb una recerca anterior exposada pel Broad Institute.

En aquesta imatge veiem l'estructura del transcrit anteriorment identificat que pensem que es podria correspondre amb la de la nostra proteïna identificada degut a la alta homologia.