RESULTATS Sel O (Supercontig 1149)
Seqüència de la proteïna homòloga a Sel O:
Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:
Discussió de la proteïna:
En aquesta tercera regió d'homologia de la SelO, cal dir que el procediment a seguir al tractar aquesta regió del supercontig 1149 ha estat lleugerament diferent del normal, ja que ens hem trobat amb problemes a l'hora d'executar-lo. El problema és degut bàsicament a que aquest supercontig no està correctament seqüenciat, això ha fet impossible la identificació de la seqüència nucleotídica pertanyent a l'alineament del BLAST i el posterior allargament. Com que no hem pogut seguir per aquest camí, hem buscat una alternativa per trobar la homòloga de la SelO en el nostre organisme, i hem utilitzat els recursos que ens ofereix el Broad Institute.
La identificació de la seqüència ha estat, doncs, a partir del transcrit ja identificat anteriorment, mostrat en la pàgina web del Broad Institute.
El primer que hem fet ha estat realitzar el BLAST de la selenoproteïna d' Homo sapiens amb els trasncrits de Phytophthora infestans . Aquests resultats mostren una alta homologia, amb un E-value de e-133, de la seqüència humana amb el transcrit ja predit del nostre organisme. A partir d'aquí determinem el transcrit del Broad Institute com a correcte, i el mostrem com a proteïna homòloga de la selenoproteïna SelO humana en Phytophthora infestans . Per tant tenim una altra proteïna homòloga de SelO en el supercontig 1149 del genoma, el gen de la qual presenta un sol exó, i per tant cap intró.
Discussió conjunta de les 2 proteïnes homòlogues a SelO:
Després de tota la recerca obtenim dues proteïnes lleugerament diferents trobades en diferents regions del genoma, supercontigs 3 i 1149. Aquest resultat pot ser degut a una duplicació del gen en aquest organisme. Per veure quina de les dues proteïnes és la més llunyana a la proteïna humana hem realitzat un ClustalW.
Aquests resultats indiquen que les proteïnes amb més homologia són les dues de Phytophthora infestans amb un score de 99 respecte un de 42-43 entre cada una de les proteïnes humanes amb les de Phytophthora infestans . De fet les dues proteïnes es diferencien només per 4 aminoàcids inicials que presenta la proteïna extreta del supercontig 1149. Això fa pensar que segurament es tracta de la mateixa proteïna, duplicada, o que com que encara no s'ha seqüenciat del tot el genoma de Phytophthora infestans hi hagi solapament en les seqüències dels dos supercontigs, 3 i 1149, donant lloc a aquest tipus d'errors.