RESULTATS SPS

Seqüència de la proteïna homòloga a SPS1 i SPS2:

Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:

Discussió de la proteïna:

Aquesta proteïna és homòloga a la proteïna SPS1 i SPS2 humanes i conté 3 exons i 2 introns.

Tot i que les dues proteïnes humanes són molt similars entre elles i per tant és difícil saber quina de les dues és la que s'assembla més; podem veure que la SPS2 és una selenoproteïna ( a diferència de la SPS1 que presenta una T on la SPS2 presenta una selenocisteïna ) i per tant podem deduir que la nostra és homòloga de SPS2 (ja que conté cisteïna). A més, els resultats obtinguts a partir del Blast i del ClustalW, apunten també, a una major similitut amb SPS2.

Quan hem realitzat el tBlastN utilitzant les dues proteïnes humanes, hem vist que les dues trobaven homologia en la mateixa regió del genoma, fet que ens ha portat deduir que el P. infestans només conté una de les dues proteïnes presents en humans. A més els scores i els E-Values eren molt semblants, tot i que amb SPS2 l'score era lleugerament superior, i l'E-value lleugerament inferior.

SPS1: Score = 164 bits (414), Expect(3) = 4e-89
SPS2: Score = 169 bits (428), Expect(3) = 1e-89

A partir dels resultats del Genwise hem pogut deduir que la proteïna conté 2 introns. Això ens ha lligat amb el fet que a partir del tBlastN havíem obtingut 3 hits en el mateix supercontig que corresponen a la mateixa proteïna, però dividida pels introns. Com que hem obtingut informació diferent segons si en el Genewise utilitzàvem la seqüència proteica de SPS1 o d'SPS2, hem realitzat un ClustalW per comparar les dues possibles seqüències homòlogues amb les dues seqüències d'humà. A partir d'aquí, hem pogut concloure que la proteïna homòloga obtinguda a partir d'SPS2 s'assemblava més a les humanes i, per tant, hem determinat que aquella era la seqüència d'aminoàcids de la proteïna homòloga humana d'SPS.
Resultat GFF

SPP00000032_1.0      SNKMTDRERDKVMPLIIQGFKDAAEEAGTSVTGGQTVLNPWIVLGGVATTVCQPNEFIMP
SPS1                 CRDMSEKQRDVVTTQMIRGFNDLARQACTNVTGGQTVMNPWPIVGGVAMIR--------P
SPP00000033_1.0      SQSMSEEEREKVTPLMVKGFRDAAEEGGTAVTGGQTVVNPWIIIGGVATVVCQPNEFIMP
SPS2                 CRDMSEKQRDVVTTQMIRGFNDLARQACTNVTGGQTVMNPWPIVGGVAMSVRSESQIIRP
                     ...*::.:*: * . :::**.* *.:. * *******:*** ::****           *

SPP00000032_1.0      DNAVPGDVLVLTKPLGTQVAVAVHQWLDIPEKWNKIKLVVTQEDVELAYQEAMMNMARLN
SPS1                 ENAAVGDVIILTKPLGTQVAVNLFQWKKRPDRWQRVENVVTHKDADVAFQAH--------
SPP00000033_1.0      DSAVVGDVLVLTKPLGTQVAVNAHQWLDNPERWNKVKMVVSREEVELAYQEAMFNMATLN
SPS2                 ENAAVGDVIILTKPLGTQVAVNLFQWKKRPDRWQRVENVVTHKDADVAFQMASESMSRLN
                     :.*. ***::***********  .** . *::*:::: **::::.::*:*