RESULTATS GPx (supercontig 3)

Seqüència de la proteïna homòloga a GPx2:

Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:

Discussió de la proteïna:

En el supercontig 3 trobem, mitjançant el , cinc proteïnes humanes de la família GPx que mostren un e-value significatiu i un score alt. A continuació es mostren els resultats d'e-value i score obtinguts per cada proteïna humana:

Veiem que l'alineament que presenta un E-value menor i un score major és la GPx2 humana. és per això que ens hem centrat en l'anàlisi dels resultats del BLAST obtinguts per aquesta proteïna. La GPx2 humana és una selenoproteïna. En l'alineament observem que la selenocisteïna s'alinea amb una cisteïna en el nostre organisme; per tant la proteïna a analitzar es tractarà d'una homòloga a GPx2, tot i que no serà una selenoproteïna.

Per saber si la seqüència conté introns hem fet córrer el Genewise que ens ha mostrat la presència d'un intró en l'estructura estudiada.
Resultat GFF

Per confirmar la presència d'aquest intró hem mirat la base de dades de transcripts que ens proporciona el Broad Institute. Al blastejar la GPx2 humana amb els transcripts veiem un hit significatiu que es troba al mateix supercontig. Aquesta seqüència obtinguda, però, no conté cap intró (al contrari del que hem vist al genewise), i per tant, haurem de d'analitzar més a fons la seqüència per trobar l'estructura proteica més adient.

Tot i que en un principi sembla més fiable la informació dels transcripts, fem un aliniament amb ClustalW per saber quina de les dues s'assembla més a la proteïna humana. Tot i així, no obtenim cap informació rellevant que ens ajudi a decidir-nos entre una de les dues estructures ja que els scores són idèntics.

Basant-nos en la fiabilitat de les dues fonts, hem considerat més adient utilitzar l'estructura predita a partir dels transcripts, ja que aquesta està basada en l'anàlisi de diferents EST, molts BLASTs i prediccions a partir del GeneID, tal i com ens explica la pàgina del Broad Institute. En canvi, hem vist que el Genewise pot produir errors a l'hora de predir l'estructura exònica.