RESULTATS Gpx (supercontig 8)

Discussió de la proteïna:

En el supercontig 8 trobem, mitjançant el tBLASTn, tres resgions homòlogues a proteïnes humanes de la família GPx que mostren un E-value significatiu i un score alt. A continuació es mostren els resultats d'aquestes valors obtinguts per cada proteïna humana:

Veiem que la que presenta un E-value menor i un score major és la GPx4. és, per tant, la selenoproteïna humana més homòloga a la regió que probablement és pertany a una proteïna en el nostre organisme.

Tots els alineaments obtinguts es troben a la mateixa regió del supercontig; caldria suposar que tots s'han alineat amb una mateixa seqiüència que codificarà per una proteïna en el Phithophthora infestans, i per això hem escollit només un dela alineaments, teòricament el millor.

En un principi ens hem de centrat en els resultats del BLAST per la GPx4, però ens hem trobat que durant el procés de caracterització de la proteïna homòloga hem trobat un codó STOP in frame, i que per tant, produia una proteïna truncada. Degut a aquest resultat hem fet el mateix procediment amb els resultats dels alineaments de les altres GPx, i en tots els casos ens hem trobat amb aquest codó STOP, tant en la regió que s'havia alineat en el BLAST, o entre aquesta i la primera metionina buscada posteriorment.

Hi ha dos hipòtesis que poden explicar l'existència d'aquest codó stop en una zona conservada: la primera, que siguin pseudogens, és a dir gens truncats que han perdut la funció; la segona hipòtesi, fa referència al fet que hi hagi errors de seqüenciació del genoma. Considerant la naturalesa del nostre organisme (un protista) podem descartar la primera hipòtesi, ja que no es molt probable trobar-hi un pseudogen. Per altra banda, el genoma no està encara del tot seqüenciat ni ben ensamblat (de fet els fragments ensambats són els supercontigs), per tant, és molt probable que aquests codons stop en una seqüència tan conservada siguin deguts a un error de seqüenciació.

A continuació es mostra la seqüència que hem obtingut a partir del resultat de l'alineament del genoma de Phytophthora infestans amb Gpx4: