RESULTATS Gpx (supercontig 56)

Seqüència de la selenoproteïna homòloga a GPx4:

Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:

Discussió de la proteïna:

En el supercontig 56 trobem, mitjançant el tBLASTn, homologia amb set proteïnes humanes de la família GPx. Totes elles presenten alineaments amb un E-value significatiu (de menys de e-10) i un score alt. A continuació es mostren els resultats d'E-value i score obtinguts per cada proteïna humana amb alineament en aquest supercontig:

Com observem en la taula, tots els alineaments es troben en regions molt properes i inclús solapants del supercontig 56, per tant, podem suposar que cada BLAST de cada GPx humana ha reconegut un fragment "diferent" de la mateixa seqüència. Aquest resultat és degut a que totes les GPx humanes són molt semblants.

Per decidir quina de les selenoproteïnes humanes alineades té més homologia amb aquesta regió del supercontig 56, ens basarem en els resultats de la taula anterior d'E-value i score. Veiem que, en aquest supercontig, la proteïna que presenta un E-value menor i un score major, i per tant més homologia, és la GPx4. A partir d'aquest moment ens centrarem en l'anàlisi dels resultats del BLAST obtinguts per aquesta proteïna.

La GPx4 humana és una selenoproteïna. En l'alineament, com hem vist que passa amb la GPx2 en el supercontig3, observem que la selenocisteïna s'alinea amb una cisteïna en el nostre organisme; per tant la proteïna a analitzar es tractarà d'una homòloga a GPx4, tot i que no serà una selenoproteïna.

En l'estudi de l'estructura del gen determinem que la proteïna no conté cap intró. Els resultats del genewise i el tBLASTn realitzat posteriorment contra els transcripts del Broad Institute així ho confirmen.
Resultat GFF

Tot i que durant el procediment no ens hem trobat amb cap dificultat ni cap error, i l'estructura gènica (introns i exons) predita amb el genewise ens coincidex amb la dels transcrits del Broad Institute, al fer l'alineament contra aquests transcripts, quan obtenim la seqüència d'aminoàcids del trànscrit homòleg, veiem que aquesta comença 183 aminoàcids abans de la primera metionina de la nostra proteïna predita. A continuació veiem les seqüències de les dues proteïnes:

Seqüència genewise

Seqüència transcrits

Realment no sabem perquè s'ha produit aquesta diferència en la llargada de la seqüència de les dues proteïnes; segurament és degut a algun error durant el procediment de caracterització de la proteïna homòloga. Com en el cas de la GPx2, hem pres com a correcta la seqüència que obtenim a partir de l'alineament amb els transcripts. Aquesta seqüencia és la que es mostra a l'inici del document.