Selenoproteïnes en Plasmodium vivax

Clara Conill, Estel Enreig, Albert Gil, Carlos González, Jordina Guillén

Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida

Universitat Pompeu Fabra

• Abstract
• Introducció
• Materials i mètodes
• Resultats i discussió
• Conclusions
• Bibliografia
• Contacta'ns

eEFSec és un factor de traducció necessari per a la incorporació de selenocisteïna en les proteïnes. Probablement reemplaça EF-Tu (factor d'elongació) per la inserció de la selenocisteïna degut al codó TGA. Aquesta proteïna uneix GTP i GDP ja que forma part de la família de les GTP-binding elongation factor, concretament de la subfamília SelB.

RECERCA D'eEFSec EN Plasmodium vivax

Resultats TBLASTN:

No vam escollir el contig amb l'e-value més petit ja que no era el que millor concordava amb la proteïna. La llargada era poca, molts els mismatches i poc % d'identitat. Així doncs, el contig que millor encaixava amb un possible homòleg era el ctg_6843

Després de delimitar la zona on hi havia teòricament el gen, vam analitzar-la pel GeneWise. D'aquesta manera, vam poder veure quina estructura tenia el nostre gen, i quina seqüència d'aminoàcids ens predia. Per problemes amb el GeneWise i el format .gff d'aquest programa, enlloc d'anotar els exons com a tals, els anotava com a diferents gens. Per tal motiu, el que vam decidir fer és un Exonerate mitjanant el Shell. Si en el cas del GeneWise la query era la seqüència aminoacídica de l'eEFSec humà i la seqüència de DNA era la de Plasmodium vivax, en el de l'Exonerate la query era la seqüència aminoacídica predita enfront al DNA de Plasmodium vivax.

D'aquesta manera, amb el GeneWise vam poder fer una primera aproximació (aquí) i amb l'Exonerate vàrem obtenir ja els resultats en el format .gff desitjat on es pot observar l'inici i final del gen, els exons, els llocs d'splicing, etc.

Com a resum de l'estructura del gen:

# seqname source feature start end score strand frame attributes

Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	gene	63704	66750	3533	+	.	
gene_id 1 ; sequence efsec_allargat ; gene_orientation +
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	63704	63944	.	+	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	63704	63944	.	+	.	
insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice5	63945	63946	.	+	.	
intron_id 1 ; splice_site "GT"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	intron	63945	64070	.	+	.	
intron_id 1
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice3	64069	64070	.	+	.	
intron_id 0 ; splice_site "AG"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	64071	64369	.	+	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	64071	64369	.	+	.	
insertions 0 ; deletions 0 ; frameshifts 5
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice5	64370	64371	.	+	.	
intron_id 2 ; splice_site "GT"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	intron	64370	64670	.	+	.	
intron_id 2
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice3	64669	64670	.	+	.	
intron_id 1 ; splice_site "AG"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	64671	65925	.	+	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	64671	65925	.	+	.	
insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice5	65926	65927	.	+	.	
intron_id 3 ; splice_site "GT"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	intron	65926	66476	.	+	.	
intron_id 3
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	splice3	66475	66476	.	+	.	
intron_id 2 ; splice_site "AG"
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	cds	66477	66750	.	+	.	
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	exon	66477	66750	.	+	.	
insertions 0 ; deletions 0
Plasmodium_vivax_SaI-1|ctg_6843|2005-09-01|ds-DNA|Plasmodium_vivax_TIGR	exonerate:protein2genome	similarity	63704	66750	3533	
+	.	alignment_id 1 ; Query efsec_allargat ; Align 63704 1 240 ; Align 64073 82 258 ; Align 64336 
168 33 ; Align 64673 180 1251 ; Align 66478 598 273

Figura 2. Resultats Exonerate (.gff)

Descarrega't l'arxiu

També vam fer un altre TBLASTN, però en aquest cas va ser de la nostra proteïna predita contra la base de dades d'EST i mRNA de P.vivax que podem trobar a l'NCBI. D'aquesta manera podem saber si la hipotètica proteïna s'expressa o no en P.vivax.

Figura 3. Resultats TBLASTN mRNA

Descarrega't l'arxiu

Per tal d'acabar de corroborar que la proteïna predita és homòloga a la proteïna humana, i que té els dominis necessaris per a la seva funció, analitzàrem la seqüència amb el programa InterProScan:

Figura 4. Dominis eEFSec en H.sapiens (esquerra) i en P.vivax (dreta)

Com era d'esperar, trobàrem en P.vivax els dominis GTPasa i de factor d'elongació específic de selenocisteïna necessaris per poder fer la seva funció.

Finalment, per resumir tota aquesta informació estructural aquí podem veure un esquema de la proteïna eEFSec de P.vivax:

Figura 5. Esquema d'eEFSec

Tornar enrere