Estudio de homología del gen en otras especies

A continuación se muestra una tabla de homología en la que se indican las especies que poseen un gen ortólogo para los genes humanos PML y RARalpha. Los datos mostrados en las tablas han sido obtenidos a partir de las base de datos Ensembl y comparados con los datos de homología de BioMart. Las especies se encuentran ordenadas por % query, que representa la homología de las especies ortólogas respecto a Homo sapiens:

Gen PML


Especie Ensembl ID Tipo homología % Query % Target

Pan troglodytes
ENSPTRG00000007266 1-to-1 99 99

Macaca mulatta
ENSMMUG00000002569 1-to-1 92 92

Felis catus
ENSFCAG00000003098 1-to-1 78 82

Bos taurus
ENSBTAG00000015779 1-to-1 74 75

Rattus norvegicus
ENSRNOG00000008400 1-to-1 69 67

Mus musculus
ENSMUSG00000036986 1-to-1 68 67

Tupaia belangeri
ENSTBEG00000012807 1-to-1 63 69

Loxodonta africana
ENSLAFG00000002717 1-to-1 53 53

Oryctolagus cuniculus
ENSOCUG00000002183 1-to-1 48 49

Echinops telfairi
ENSETEG00000019736 1-to-1 45 46

Monodelphis domestica
ENSMODG00000009808 1-to-1 42 44

Canis familiaris
ENSCAFG00000017858 1-to-1 38 76

Dasypus novemcinctus
ENSDNOG00000009847 1-to-1 35 56

Cavia porcellus
ENSCPOG00000001304 1-to-1 29 48

Ornithorhynchus anatinus
ENSOANG00000008921 1-to-1 19 51

Gallus gallus
ENSGALG00000001398 1-to-many 18 42

Como podemos observar en la tabla de homología hay un total de 16 especies que poseen un gen ortólogo para PML, lo cual es un indicador de que este gen se encuentra conservado a lo largo del ciclo evolutivo y su función debe ser esencial para muchos organismos. Las especies que comparten una mayor similitud respecto a PML humano son Pan troglodytes y Macaca mulatta, hecho que parece bastante coherente ya que pertenecen al mismo grupo filogenético que Homo sapiens.

A pesar de existir muchas especies homólogas para este gen, la gran mayorí no superan el 70% de similitud lo cual nos puede llevar a pensar que se trate del mismo gen funcional pero que ha acumulado numerosas mutaciones sinónimas.

Observamos como en el caso de Gallus gallus existe homología 1-to-many, lo que quiere decir que se ha producido un proceso de duplicación en el gen PML de esta especie a parte del proceso de especiación que ha dado lugar a este ortólogo. El resto serían homologías 1-to-1, ya que es el hecho más probable al tratarse de una comparación entre una sola copia de cada especie.


Gen RARalpha


Especie Ensembl ID Tipo homología % Query % Target

Macaca mulatta
ENSMMUG00000012486 1-to-1 97 98

Pan troglodytes
ENSPTRG00000009120 1-to-1 93 98

Loxodonta africana
ENSLAFG00000016234 1-to-1 70 78

Echinops telfairi
ENSETEG00000013732 1-to-1 64 85

Erinaceus europaeus
ENSEEUG00000006607 1-to-1 60 62

Mus musculus
ENSMUSG00000037992 1-to-1 54 74

Rattus norvegicus
ENSRNOG00000009972 1-to-1 54 74

Canis familiaris
ENSCAFG00000016060 1-to-1 54 71

Monodelphis domestica
ENSMODG00000013112 1-to-1 53 73

Takifugu rubripes
SINFRUG00000142757 1-to-many 52 73

Tetraodon nigroviridis
GSTENG00024106001 1-to-1 52 48

Xenopus tropicalis
ENSXETG00000024390 1-to-1 51 71

Oryctolagus cuniculus
ENSOCUG00000004903 1-to-1 49 96

Gasterosteus aculeatus
ENSGACG00000005297 1-to-1 48 64

Danio rerio
ENSDARG00000056783 1-to-many 40 74

Dasypus novemcinctus
ENSDNOG00000011604 1-to-1 37 39

Ciona savignyi
ENSCSAVG00000006794 1-to-many 35 37

Oryzias latipes
ENSORLG00000004373 1-to-1 34 76

Ciona intestinalis
ENSCING00000006945 1-to-many 34 34

Cavia porcellus
ENSCPOG00000007730 1-to-1 27 50

Ornithorhynchus anatinus
ENSOANG00000012527 1-to-1 19 58

Gallus gallus
ENSGALG00000005629 1-to-1 8 54

La tabla anterior muestra los resultados de homología para el gen RARalpha. Podemos observar un total de 22 especies homológas, que como en el caso del gen PML, puede indicarnos la necesidad de conservación de este gen debido a la importancia de su función.

En este caso, las especies más similares respecto a este gen son de nuevo Macaca mulatta y Pan troglodytes, ya que como hemos dicho anteriormente, pertenecen también a la familia de los homínidos.

También podemos observar una gran cantidad de especies con un porcentaje de homología bastante bajo, en base a la idea de que la funcionalidad del gen se conserva pero presenta modificaciones silentes.

Respecto al gen RARalpha, encontramos 4 especies (Danio rerio, Takifugu rubripes, Ciona savignyi y Ciona intestinalis) que presentan un tipo de homología 1-to-many, que por tanto, tendrán varias copias para el gen RARalpha en su genoma.