8. ANÁLISIS DE LAS REGIONES PROMOTORAS con clustalw y transfac.
 
OBJETIVO:

Mediante clustalw pretendemos estudiar la homología existente en las regiones upstream de los genes ORF13 y sus homólogos, poniendo especial interés en las regiones promotoras de ORF13, de los tres plásmidos encontrados .

Usando transfac se desea predecir posibles promotores en la región upstream de orf13 y comprobar si su posición corresponde con las regiones de mayor conservació encontradas mediante clustalw.


PASOS:
  • Crear un fichero fasta con las secuencias de las regiones upstream de orf13 de los tres plásmidos y realizar el clustalw de los promotores (a nivel nucleotídico).
  • Crear tres ficheros con los últimos 500 nucleotidos de la región upstream de orf13 (los promotores no suelen tener mayor longitud) para cada uno de los plásmidos[pRi2659, pRi1724,pRi8196].
  • Ejecutar transfac: para ello hemos utilizado el grupo de matrices de todos los organismos (ya que al restringir sólo a bacterias no obteníamos ningún resultado) de alta calidad. Además hemos seleccionado la opción que minimiza los falsos positivos.
Para ver los commandos utilizados clickar aquí.



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