METODOS

5.ESQUEMATIZACIÓN DE LA DISTRIBUCIÓN de los genes de los diferentes plásmidos alineados.

OBJETIVO:

Conseguir representar en un alineamiento múltiple los plásmidos y sus genes.

PASOS:

Basándonos en los blast de command line realizados con los plásmidos pRi1724 y pRi8196, en las cordenadas de todos los genes de cada uno de los plásmidos (conseguidos gracias a gb2gff) y con el programa getY0 y comandos de perl (ejem.gawk), conseguimos las coordenadas en las que estos plásmidos alinean con el ORF13 de pRi2659. De esta manera, obtenemos una imagen que muestra los plásmidos alineados con respecto a ORF13.

Para modificar las características de las imágenes obtenidas, aplicamos los siguientes cambios: a la imagen de todo el plásmido y al imagen del zoom.

Para ver los comandos utilizados clickar aquí.

Arriba