ALIGNMENT 1/2
SCORE: 296089
STRAND: +
base: 3-6157 (6155 bps)
second: 3-6020 (6018 bps)
CONSERVATION (:base: stats)
Matches = 75.47% (4645/6155)
Mismatches = 20.02% (1232/6155)
Gapped nucleotides = 4.52% (278/6155)
base: 3-6157 (6155 bps)
second: 3-6020 (6018 bps)
10 20 30 40 50 60
base CGCAGTTCTAAACAAACCTACGGGAATTAATACGCACGTGGCTCTATAATTTCGAT-TCA
||||:|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||:::|::|:|||| |:|
second CGCATTTCTAAACAAACCTACGGGA-TTAATACGCACGTGGCTCACCATGTCCGATATTA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110
base TCTCGCC-GCCGGAGATGATGTCGGCTATTTTCTCGTTGGTACAATAAGTTGC--GAGCC
||||:|| ::||||||||||:|||::|||:|| |:||||||:||: |:|||
second TCTCCCCCAGCGGAGATGATTTCGATTATATT---------ATAATAAGCTGTTGGGGCC
70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
base ACCGTGCGATTGTTTTTAATTTTCTATATAGTACTTTAACGTCTCTCTATGGCGATTTGT
:|:|||||::| |:|||||||||||||||||||||||||||||||||:|::::|::|||:
second GCAGTGCGGAT-TATTTAATTTTCTATATAGTACTTTAACGTCTCTCCAAAATGTATTGG
120 130 140 150 160 170
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base AATGTTTGGAATATTATTGTCTGTTAAGGCGCCT--TTGTAACAATATCAA-TGTAA---
||:|| :|||||::||::|::::|:|:::|::| ||::|:::||||:|| |||||
second AACGT--AGAATAACATCATACAATGATATGTATGTTTTCAGGTATATTAAATGTAATCG
180 190 200 210 220
240 250 260 270
base ----AAGCATT---------ATCAGTATTGTGTGAGATCTCTATAAATATCGAAATGATT
||||||| |||::|||::::::|::|:::|::||||||:||::|:||:
second TGTTAAGCATTTGCAGTTGTATCGATATGTAACAATGTTCTTCAAAATATTGATGTTATG
230 240 250 260 270 280
280 290 300 310 320
base TGC--CTATTTTCTGAAAATTGGCGGCAGAAATAATGCTGTAAT-----------AATTT
||: ::|||::::||||| :|||||::|||::||:|:|| :||||
second TGTAATAATTAAGAGAAAA-----AGCAGAGGTAAACCTATTATTATTGCGAAAACATTT
290 300 310 320 330 340
330 340 350 360 370 380
base ATTTCAACA--CAAGTAAAATACATCGTGGCGTACGCTACACAACTCCTAACAGGAGCAT
|||::||:| ||:||:|||:||||:|:||||||:|||||| ::|||::|::|:|:|:|
second ATTAGAATAAACAGGTCAAACACATTGGGGCGTATGCTACA--GTTCCCGAAGGAATCGT
350 360 370 380 390 400
390 400 410 420 430 440
base AGGGCTACGCCGGAAAACATAGAAATCCTACCAAACTTATAGTTAAAGGTGGCCTGCAGG
|:||||||||::||:|||||:||||:|::::||||||:||||:|||||||||||||||:|
second AAGGCTACGCGAGAGAACATGGAAACCACGACAAACTCATAGATAAAGGTGGCCTGCAAG
410 420 430 440 450 460
450 460 470 480 490 500
base GGACCTCAAGTCGCCG-AGGTTTCTTTCTTCAGATTTACTATAGCAGGCTTCATATCACC
| |:||||||:||||: |||:|||:||||||:|:|:||||||::||||||||||::|::|
second G-AGCTCAAGCCGCCTTAGGCTTCATTCTTCGGGTATACTATCTCAGGCTTCATCACGTC
470 480 490 500 510 520
510 520 530 540 550 560
base CTCTTCACGTTTCTGGTTGGGTCCCGAGAGCCGCAGGGTGAGGTCTGGCTCCGGTGACGG
:|||||:|:|| |::|:||||||||||||:|:|:||||||||:||:||
second TTCTTCGCTTT---------GCACTGAGAGCCGCAGGTTTAAGTCTGGCTGCGCTG----
530 540 550 560
570 580 590 600 610 620
base TACCGCCGGTCGTGGCATCACGCCAGCATTTTTGGTGAACTGTGTGATGCCGCAAGCAAT
|||||||::||||:|:|||:|:::|::|||::::|||||::||:|:||||||:||:||
second --CCGCCGGAGGTGGTACCACACAGTCGCTTTCATCGAACTTCGTAAGGCCGCAGGCTAT
570 580 590 600 610 620
630 640 650 660 670 680
base GACGTCATAGGAGCGGTTTCCAGTGCCTTGCCGCACGAAGAAGGTGCAGGCTACCTCCCT
:|||||||||::||||||::||||||||:|||||||:|||||:|:|||:|:|:||||:||
second AACGTCATAGCGGCGGTTCTCAGTGCCTAGCCGCACAAAGAACGCGCAAGGTGCCTCTCT
630 640 650 660 670 680
690 700 710 720 730 740
base GCCGTACACATTTGTCACTTTTAACTCCAGCAGGTGAATGAACAAGGTACTTGCAAAAAT
:||:||:|::||:||||:||||::|||:||||:|||:|:|||:|||||||||||||||||
second CCCATAAAGGTTGGTCAATTTTGCCTCAAGCAAGTGGACGAATAAGGTACTTGCAAAAAT
690 700 710 720 730 740
750 760 770 780 790 800
base GGCGATAAAACCTTCCAGATCAGGTTCTTCCACGCGGCGGTGCGGCCAAGCAATGTTGTG
:||:||:||:|:|||||||||||:||:|:|||:|||:|||:||||||||||||:||||||
second AGCAATGAAGCATTCCAGATCAGATTTTACCATGCGCCGGAGCGGCCAAGCAAGGTTGTG
750 760 770 780 790 800
810 820 830 840 850 860
base AGCACGGACCATCTCCTGGAGGGCGAGGTCGCTACGATAGGGTTGCATCGTGGTCGCCAG
||||:|||:||:::|||:||::|::|||||||:||||||||||||:|||||:||:||:|:
second AGCATGGAGCAGTGCCTTGACCGAAAGGTCGCAACGATAGGGTTGAATCGTCGTTGCTAC
810 820 830 840 850 860
870 880 890 900 910 920
base CACGGCCTCTAATCCAAACGTGATGGATTTTTCCTCCAGTACTTTCTGCATCTTCTCGCG
:||||||||:|:|||||||||:||:||||:||||::|||:|||||||||||:||:|||||
second GACGGCCTCCATTCCAAACGTAATCGATTGTTCCCTCAGCACTTTCTGCATTTTTTCGCG
870 880 890 900 910 920
930 940 950 960 970 980
base AGATAGATAGACAAATACATGTCGGTCGTTTTCTCTGGCCAAATCCGGTTGATCGACAAG
|||:|||||:||||||||||||:|:||::|:||||:|||:|||||||||||:::|||||:
second AGAAAGATAAACAAATACATGTTGCTCCCTCTCTCGGGCTAAATCCGGTTGGCTGACAAA
930 940 950 960 970 980
990 1000 1010 1020 1030 1040
base CATGGGGGGATGATAACATACTTTGTTTTTTAGAACGATGGGCCAGTTGTTTAAGTATGA
||||||::|:|||||:||||:||:||::||||:||: :||:||:|::|||||:||:||::
second CATGGGACGGTGATAGCATAGTTGGTCCTTTAAAAT-CTGAGCTAACTGTTTGAGGATAT
990 1000 1010 1020 1030 1040
1050 1060 1070 1080 1090 1100
base CCACCGGCGACG-GTTTTCCTCCAAATCAAGCACGCCTTGGGCCCACCTTTTCTGGAAAT
:||||||:|:|| ||||||||||||:|||||:|||:||:|:|||||||::||||||:|:|
second TCACCGGTGGCGAGTTTTCCTCCAATTCAAGAACGTCTCGAGCCCACCCCTTCTGGTACT
1050 1060 1070 1080 1090 1100
1110 1120 1130 1140 1150 1160
base CCATGAGAGTTTTGCTATAGACTTGGCTATAGATTAAAAATGCAAATTGGATCTCATTGA
|||||||:|||||||::|||||||||||||||:|:|:|||:||:||::|||||||:|:|:
second CCATGAGGGTTTTGCCGTAGACTTGGCTATAGGTGATAAAGGCGAAGCGGATCTCCTCGC
1110 1120 1130 1140 1150 1160
1170 1180 1190 1200 1210 1220
base ACAAGTTAAGCTGGTTCCAGGCTTTTGTGAGATCTCGTGGTTGAAAGCGTTGAAGGAATA
|:|||||:|:||||||||||||:|::||:||||:||:|||:|:|||||||:|||||||::
second ATAAGTTGATCTGGTTCCAGGCCTGCGTCAGATTTCTTGGGTAAAAGCGTGGAAGGAAGT
1170 1180 1190 1200 1210 1220
1230 1240 1250 1260 1270 1280
base GTAATCGAGGAGGCATTGTGATGTGAGGTTGGGGATAACTGTGGAATAACGGCAAGTTC-
|:|:::|:|:||||||||:|||| ||:|:|:||:|::|||:||||||||
second GCATGTGGGTAGGCATTGCGATG-----------ATGAGTATGAACCAACTGCAAGTTCC
1230 1240 1250 1260 1270
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base AGTGCCATTTAAAGTACGCCGCCGGCAAGTGGCATCAATCAGCCACAGTTTCCGGTCGGG
|||:||||||||||:|||::||||| |:||||||||||||||:||:|||||||
second AGTACCATTTAAAGGACGGTGCCGG--------ACCAATCAGCCACAGTCTCTGGTCGGG
1280 1290 1300 1310 1320
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base AAAGCCAGAGGCAATCTGGCAATAATCACCATCGCATCAAAATCGATGCTCGGA-CATGG
|||||:||||:||:|:||||||||||::|||||:||:||||||||||||||::| |||||
second AAAGCAAGAGTCAGTTTGGCAATAATTTCCATCCCACCAAAATCGATGCTCAAAACATGG
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1410 1420 1430 1440 1450 1460
base CGGCCTTAAAACCTGGATCAAGCGAAAAATAATGCCTGCTTGATTGGTCACGAGGTCATA
|||||:|:||||:|||||||||| ||||||::|||:||||||:|:|:|||||::| |||
second CGGCCATGAAACATGGATCAAGC-AAAAATGCTGCATGCTTGGTGGTTCACGTTG--ATA
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1470 1480 1490 1500 1510
base GTAGTGGGCTAGCATTTTTGTCTTTTTTGTTTGGCTTTAGTGAAAGT-GTATCTAAAAGA
||||||:|:|:||:||||:||:||||:| ||||:|||:|:||||| ||:|||||||||
second GTAGTGCGGTTGCTTTTTCGTATTTTGT---TGGCGTTATTAAAAGTTGTTTCTAAAAGA
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1520 1530 1540 1550 1560 1570
base TACCTGAAATGGGGAGGGGTGGGG-TAGAGCTTAAAGTTTGCCGAATATTGGCTTTCGTG
|:||:::||||||||||||||||| :||||||||||:|| ||:|::||||||:|||::::
second TTCCCATAATGGGGAGGGGTGGGGGCAGAGCTTAAAATT-GCTGGTTATTGGGTTTGTAA
1510 1520 1530 1540 1550
1580 1590 1600 1610 1620 1630
base AAAGCTGCACGGGCAACT-TGTTGATGGTTGCACTCTCGATGC-----TATTT-ATAATT
||||:||:|::||||:|| |:||||||||||:|:||:|||:|| ||||| ||:|||
second AAAGTTGAATTGGCAGCTGTATTGATGGTTGTAATCACGAGGCATTATTATTTTATGATT
1560 1570 1580 1590 1600 1610
1640 1650 1660 1670 1680 1690
base AAGATGTAATTATTGCCGCTACGTGTAGTTATTGCCGATAATATCATAAATTCTATTGAT
|||||:|:| |||::||::::||||| :|:||||: ||:|:
second AAGATATGA-----------------AGTGCTTAATAATAAT--TAAAAATC---TTTAC
1620 1630 1640 1650
1700 1710 1720 1730 1740
base GTATGTGGTATATTTTGAAATTGCATATGTCTGCTCATACAAA----TAATTTATTTCAA
:::||:||:|:| |:|:||: ::|:||:|||| ||:|:::|:||||
second ACGTGCGGCACA----------GGACATA---AATTATGCAAAATGTTAGTAATTATCAA
1660 1670 1680 1690 1700
1750 1760 1770 1780 1790 1800
base TTACGCAATTACTCTTATGCCAATAAAATGTGGATTATATAGCAAGTGTAATCTTAAATA
::||:::::||::| |:||:::|||||::||||| |:||::
second ACACATGGCTAGGC-----CAAACTGAATGTAAATTAT----------------TGAAAT
1710 1720 1730 1740
1810 1820 1830 1840 1850 1860
base CAATTTGGACCTATACGACTTAATATTGCCACGCCAGGCAACCAGTCCATTCGGATCTTG
|||::||::|:|||||||:||:||||||::|:|::::|
second CAACGTGACCTTATACGATTTGATATTGTAATGATGAG----------------------
1750 1760 1770 1780
1870 1880 1890 1900 1910 1920
base CTATAAGTGCCATACTGATACAAGTTTTAGATTTGAAGCCCATCAATCGTTTTAGAGCCC
|:||||:|:::|:::::||::|:|||||||:||||||| ||:|::|||||||||||||
second --ACAAGTACTCCATCAGAACGGGCTTTAGATGTGAAGCC-ATGATCCGTTTTAGAGCCC
1790 1800 1810 1820 1830
1930 1940 1950 1960 1970 1980
base AAAAATCAAAATG-GGCCGAAATAGCATTTATCTAAAAGAAGGAATCGTGGCTAGTTAAG
|||| ||||:||: ||||:|||::|||:|||:|:|:||:||:::|::|::|::::|::::
second AAAA-TCAACATAAGGCCCAAACTGCACTTAGCCAGAATAAATGAATGCTGTCTTTGTCA
1840 1850 1860 1870 1880 1890
1990 2000 2010 2020 2030 2040
base TGCTTTGAATGAGA-TCCCATGGAAAAGCGACACCTGTGTGG-----TGCAGACAGGCCT
||:|||:||||||| |||:|||:|||||||||||||||:||| |||:|||||||||
second TGTTTTAAATGAGAGTCCAATGAAAAAGCGACACCTGTTTGGCTTGGTGCCGACAGGCCT
1900 1910 1920 1930 1940 1950
2050 2060 2070 2080 2090
base AACGTGGTGCACAGGTTGAAAAA-GTAGTGCCTTTTCGCAGCATAAATAAAGGTAGGCGC
|||||||:||:|||||||||||| ||:|:|:|||| |||||||||||||||||||||||:
second AACGTGGGGCTCAGGTTGAAAAAAGTGGCGTCTTT-CGCAGCATAAATAAAGGTAGGCGG
1960 1970 1980 1990 2000 2010
2100 2110 2120 2130 2140 2150
base GTGCGACCATAATTAAAGGAAAAAGAAAGATGCTATTGACGATGTGACACCATTATTGGA
|||: ||:||||||||:|||||| ||:||||:||:||||:|||:||:|||||||||||||
second GTGT-ACTATAATTAATGGAAAA-GAGAGATTCTGTTGATGATATGCCACCATTATTGGA
2020 2030 2040 2050 2060 2070
2160 2170 2180 2190 2200 2210
base CAGCAGAACCTATTCCCACTCGTGCTTTTGCAAAGATGCAAAACCCTTAAAGGCCATTTT
||:|||||||||||||||::|||||||||||:||::|:||||||:|| |:::::|||
second CATCAGAACCTATTCCCATCCGTGCTTTTGCTAACGTTCAAAACTCT----GATTCATTT
2080 2090 2100 2110 2120 2130
2220 2230 2240 2250 2260 2270
base AAGTACAGACACGTGCCGGTCTATAATTATTTTACAAA-TGTGAGACGTGGAACATCGAT
||::::||||||||||:::|:|||||||||||||:||| ||||:|||||||:||:|||:|
second AAAAGAAGACACGTGCTAATATATAATTATTTTATAAAATGTGCGACGTGGTACGTCGGT
2140 2150 2160 2170 2180 2190
2280 2290 2300 2310 2320 2330
base AGTCGTATAATTTATGAATATTGGGTTT--TGCAGCTATACCTAACT-GATATTCAACTC
||:|||:|:||||||:|:||:|::::|| ||||:|||||||:|:|| :||:|||||||:
second AGCCGTTTTATTTATTATTAATTTACTTGGTGCATCTATACCCATCTCTATGTTCAACTT
2200 2210 2220 2230 2240 2250
2340 2350 2360 2370 2380 2390
base ---ATATAAGCAAAAGCATCTATAAAGGG-AATGG-TGCTTCCAGTTCTGGGTGCACGCC
:||||::::|:|:||||||||||::| ||||| |||||::||||:|||||:||:|||
second TATCTATAGTACATAACATCTATAAATAGTAATGGGTGCTTTGAGTTATGGGTACAAGCC
2260 2270 2280 2290 2300 2310
2400 2410 2420 2430 2440 2450
base ACTATTGTTTCCTACTTTGCTAACATGGCGGAATTTGACCTATGTGCTCTCTTTTCCAGT
|||::|||||||:|||||::|||||||||:|||:|||||||:||||||||||||||||:|
second ACTTCTGTTTCCCACTTTTGTAACATGGCTGAAGTTGACCTGTGTGCTCTCTTTTCCAAT
2320 2330 2340 2350 2360 2370
2460 2470 2480 2490 2500 2510
base CTTAAGGTAGGCGACGTATCGTCCAGCGATGAGCTAAAGAAACACATCCAGAGCGCCTCA
||||:|||::::||:||::||||:|||||||||||:|:|||:||||||||:||||:||||
second CTTAGGGTTAAGGATGTGGCGTCAAGCGATGAGCTGATGAAGCACATCCAAAGCGTCTCA
2380 2390 2400 2410 2420 2430
2520 2530 2540 2550 2560 2570
base AAGGAGCGGACCCCCCTGACGGAGCCGGGTGAGGGCCAGTCGATGGATGTTGACGAAGAG
:|:||||||::::||||||::||:|::||||||::||:||||||||||:|:|||||||||
second GACGAGCGGGTTTCCCTGATCGAACTCGGTGAGAACCCGTCGATGGATATCGACGAAGAG
2440 2450 2460 2470 2480 2490
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base GGCGGTCGCCAAGACCCTGGGATACTGTACCTCTACGTCGATTGCCCGACGATGATGCGA
:::::||:||||:::||||:||:|||||:|||||||||:||:|||||:||||||||||:|
second CATCCTCCCCAAACGCCTGAGACACTGTTCCTCTACGTTGACTGCCCAACGATGATGCAA
2500 2510 2520 2530 2540 2550
2640 2650 2660 2670 2680 2690
base TGCTTTTATGGAGGGTCTTTGCCCTACAATTCCACGCACGGCGCGCTCATCACCAATCTT
|||||:||||||||||::||||||||||||||:|||||:||:||||||:||||||||||:
second TGCTTCTATGGAGGGTGGTTGCCCTACAATTCGACGCATGGAGCGCTCCTCACCAATCTG
2560 2570 2580 2590 2600 2610
2700 2710 2720 2730 2740 2750
base CCACCATACCAGAAAGATGTAAGTCTCGGTGAGGTGTGCAGGGGGCTTAGGCAGGCATCA
||:||:||||||||::||||||||:||::|||:|||:::||||||||||||:||||||||
second CCGCCGTACCAGAAGAATGTAAGTTTCAATGAAGTGAATAGGGGGCTTAGGGAGGCATCA
2620 2630 2640 2650 2660 2670
2760 2770 2780 2790 2800 2810
base GGATTCTTTGGATACGAGGATGTTATCCGGAGCGCCTACTTCGCCGCACTTTCTGTCCCC
||:|||:|:||:|||||||||::|||||||||||||||||||||:||||||::|:||||:
second GGTTTCGTCGGGTACGAGGATCCTATCCGGAGCGCCTACTTCGCGGCACTTAGTTTCCCT
2680 2690 2700 2710 2720 2730
2820 2830 2840 2850 2860 2870
base GGGTACTTCGTCAAGCTGGATGGGCAGATGGAACTAACTTCAACAAAGGGAAAGTCTCTG
||::||:|||:|||||||||||:||||:||:::||:|||||:|||:|:|||:||:|||||
second GGCCACGTCGCCAAGCTGGATGAGCAGTTGAGGCTCACTTCGACAGACGGAGAGACTCTG
2740 2750 2760 2770 2780 2790
2880 2890 2900 2910 2920 2930
base ACCTTCGACCTTTATGCCAGCAACCAGCTCAGGCTCGAACCTGGTGCGTTGGTGAGGCAT
|:|||:|||||:|||||:|:|:::|:||::::||||||:|:||:|::|:||||:||:|||
second ATCTTTGACCTCTATGCAACCCGGCGGCATGAGCTCGACCGTGATAAGGTGGTAAGCCAT
2800 2810 2820 2830 2840 2850
2940 2950 2960 2970 2980
base GGCGAATGCAAATTTGGAATGGAGTGATGGCAGTAGCTGTTCTGACGGTGCC--------
||:|||||||::|||||| |::|:||:|:|||||:||||:|||||:|||||:
second GGTGAATGCATGTTTGGA-TAAACTGGTTGCAGTCGCTGATCTGAGGGTGCTGATTGTCG
2860 2870 2880 2890 2900
2990 3000 3010 3020 3030
base -CAGAGGCTGGAGGTGG-TACCTGTTTCACGCTAGAAATATAA--ATGTAATAAAC-TCA
|:|:|||:::|:|||: |||:||||::|| :||::||||:|| :||||||||:: |||
second ACGGTGGCCCAATGTGTCTACTTGTTCTAC-TTATTAATAAAATACTGTAATAAGTATCA
2910 2920 2930 2940 2950 2960
3040 3050 3060 3070 3080 3090
base TGGATCTGGTT-GATGTAACCTGCGCCATGGATGCACTTGTTCTTTTTTGGTTCCGATGG
|||||:||||: ||||::||||::||:||:|||::|:||||: |||||:|||:::|:|
second TGGATATGGTCAGATGCGACCTATGCTATTGATTGAGTTGTC---TTTTGTTTCTAGTTG
2970 2980 2990 3000 3010 3020
3100 3110 3120 3130 3140 3150
base ATGGGTTGTTTGCTTGAAATGAAACCTGC-CTGTTCGAAATTTGGTTATCACTTTTTCCA
|::|||::||||:|||||||:||:|||:: |||||:||:||||| ||||::||||:|:::
second AACGGTCATTTGTTTGAAATTAAGCCTTTTCTGTTTGACATTTG-TTATGGCTTTCTTAG
3030 3040 3050 3060 3070 3080
3160 3170 3180 3190 3200 3210
base TTTATGTTTTTAATTATTTGTGTATTAAAGAAAATAGTTCACATAGCCGCAATATATGAC
::||: |||||||::||: |||||:||||||||||||||||
second GCTAG--TTTTAATCGTTC-------------------TCACACAGCCGCAATATATGAC
3090 3100 3110 3120
3220 3230 3240 3250 3260 3270
base CGAAGCTGGCCCGCAATGCCGCAATAGATGATTAATTTGTCAAACTTAGCTATCAATATC
|::| ||:||||:|: :||||:||:|||||||||||:|::|:||:|||||||:|:|::||
second CACA-CTAGCCCACT-CGCCGTAAAAGATGATTAATCTACCGAAATTAGCTACCGAACTC
3130 3140 3150 3160 3170 3180
3280 3290 3300 3310 3320 3330
base TCGATAGAAGTGCCCACATGTTTAA---ACTAGGCAAACTCGTTCTCCTTGAAAACTGAT
||:|:|||||||||:||||||||:: ||:|:|:|||:||:|:|||||||||||::|||
second TCAAAAGAAGTGCCGACATGTTTTCCTTACCATGTAAAGTCATACTCCTTGAAAATCGAT
3190 3200 3210 3220 3230 3240
3340 3350 3360 3370 3380
base AA-TAAAGACAAGAAAATTAGCCCA---CTCTAAAAAGTCACATAGCAAATTCAACATAA
|| |||:||||| ||||:|||||:| :|:|:||:|:|::| |::||||||||||||
second AAATAACGACAA-AAAAGTAGCCTAATTTTTTCAAGACTAGC---GTGAATTCAACATAA
3250 3260 3270 3280 3290
3390 3400 3410 3420 3430 3440
base AGAAACCAGAA-GTCAG-AGGAAAGACTTTTAATCCTTGATTATTTGAACGAAATAGCCG
:|||||||:|| |||:| |:|:|:|||||||::||||::|||||||||||::|||:|::|
second GGAAACCAAAAAGTCGGGAAGGATGACTTTTGTTCCTGAATTATTTGAACACAATGGGGG
3300 3310 3320 3330 3340 3350
3450 3460 3470 3480 3490 3500
base CAATACGCCAAAGTGTCGCCTTCATGATTGTTCAATAATTTCTGTAGCAAATGGAAAACG
|:|: ||||| |||||||||||||:|||||||
second CTAC--------------------TGATT----------TTCTGTAGCAAATAGAAAACG
3360 3370 3380
3510 3520 3530 3540 3550 3560
base TTTTACAAACAATGTGGCCTTGGAGTAATAATCGGAAGAAAAGTTCATAAGTCAGATAAT
||||| ||:||||:||:||||||||||||||:||||||||||::||||:: :||:|||||
second TTTTA-AAGCAATATGTCCTTGGAGTAATAACCGGAAGAAAATGTCATGC-CCAAATAAT
3390 3400 3410 3420 3430 3440
3570 3580 3590 3600 3610 3620
base TTGCGTTGCTGACACTAGTGACCAAGCACCTTTAAATACC-TCTGCTTCCCATGCATTTT
|||||||||||||||||:|:|||||:||||||||||||:| |||||||||||||||||||
second TTGCGTTGCTGACACTATTTACCAACCACCTTTAAATAACGTCTGCTTCCCATGCATTTT
3450 3460 3470 3480 3490 3500
3630 3640 3650 3660 3670
base T-CCAAGTT-----AACCTAAAGTGGCAGTTGAATGGCTCGTTATTTCGGTGGTAGCTCT
| ||||||| |||||||| :|:||||||||||||||:||:|||| ||||||
second TGCCAAGTTGAACAAACCTAAA----TATTTGAATGGCTCGTTCTTACGGT---AGCTCT
3510 3520 3530 3540 3550
3680 3690 3700 3710 3720 3730
base CAACGGCTTCATGTCGATGATTTTCGTTTGATCAAGGAGCCCACTCGACTGAAGGCTCAG
|:||||:|||||:|||||||:|||||||:|||||||||||||||||||:|||||||||||
second CGACGGTTTCATATCGATGAGTTTCGTTGGATCAAGGAGCCCACTCGATTGAAGGCTCAG
3560 3570 3580 3590 3600 3610
3740 3750 3760 3770 3780 3790
base CTTGTTAATGTGGTGGAAACCTACAAGGCTGCACAAACAGAGACGTTAAAGTACTATATA
|||:|:|||||||||||::||:|||||:|||||||||:||||||||||||||||||||||
second CTTCTAAATGTGGTGGAGGCCCACAAGTCTGCACAAAGAGAGACGTTAAAGTACTATATA
3620 3630 3640 3650 3660 3670
3800 3810 3820 3830 3840 3850
base CCATCTGCAACTGAGCGTGTGGCTCATATGGAGGCAGTCCATGTCAACAATGCAGAAATG
|||||||||:||||||:|::|||||||:::|||||:|:|:||||||||:||||:||||||
second CCATCTGCAGCTGAGCATTGGGCTCATGCAGAGGCTGCCTATGTCAACGATGCGGAAATG
3680 3690 3700 3710 3720 3730
3860 3870 3880 3890 3900 3910
base GGGCTGCATCCGGCCGGGTTCAAGTATCCTCTGTCCTTCGTCTTTACCTCCCTGGCCGTG
|:||||||||:|||:||||::|||||||||:||||||||||||||||||||||||:||||
second GAGCTGCATCAGGCTGGGTGGAAGTATCCTTTGTCCTTCGTCTTTACCTCCCTGGACGTG
3740 3750 3760 3770 3780 3790
3920 3930 3940 3950 3960 3970
base GCTAAAGCCTGCAAGGAGAACAAGCATCTCGTGTGCGAGGAGCATTTGGAGGGAGATCTG
||||||||||||||||||||||||||:|||:|||||:||||::|||:|||:||::|:|||
second GCTAAAGCCTGCAAGGAGAACAAGCACCTCTTGTGCAAGGAAGATTCGGATGGGCAGCTG
3800 3810 3820 3830 3840 3850
3980 3990 4000 4010 4020 4030
base ATATCGTGCGTCGTTCCTCCCTATCAGACAAATGTCTCACTCGCTGCTTTAAGGGAGATC
:|::|:||||:|||||||||:|||||||||||:||:|||||:||:|||||||||||:||:
second TTCGCCTGCGCCGTTCCTCCTTATCAGACAAACGTATCACTGGCGGCTTTAAGGGAAATT
3860 3870 3880 3890 3900 3910
4040 4050 4060 4070 4080 4090
base CACAATTCCATTTCGGGAGGAGGGTACCGGAATCCAACAGACATGGATTATTTTGTGGCG
|||||||||:||||||||||||:|||||:|:|:::|::||||||||||||||||||||||
second CACAATTCCGTTTCGGGAGGAGAGTACCAGGAAGAAGAAGACATGGATTATTTTGTGGCG
3920 3930 3940 3950 3960 3970
4100 4110 4120 4130 4140 4150
base ATCTTGCCAGATGAAAATTTCGACTATCAGAGCTGTGAAATTGTCACCAAAAATGGCGGC
||:||:|||:||||||||||::|||||:|||||||||||||:||:||:::||:|||||||
second ATTTTCCCAAATGAAAATTTTAACTATGAGAGCTGTGAAATCGTGACACGAAGTGGCGGC
3980 3990 4000 4010 4020 4030
4160 4170 4180 4190 4200 4210
base GAAGGCCTTTGCAAGATTTATAGCAGACAACTGGAGGGGCCCTTAGCTTATGAGGCCATA
:||||::|||||||||||||||||||::||||||:||:|||:|||||||||||:||||||
second AAAGGAATTTGCAAGATTTATAGCAGGGAACTGGGGGAGCCTTTAGCTTATGATGCCATA
4040 4050 4060 4070 4080 4090
4220 4230 4240 4250 4260 4270
base CTGGCAATTGGCAAGGTCCTGTTGGAATAGGCAGTGCACCGCTGATCCAACGGGAGTTTC
||||||||:||||||||:|||:||||||||:|||||||:|||
second CTGGCAATCGGCAAGGTGCTGCTGGAATAGACAGTGCATCGC------------------
4100 4110 4120 4130 4140
4280 4290 4300 4310 4320 4330
base GATTATATTTCGTATTATCTTACATGACTTAAGATCATGCATGTTTCG-CTTGTTCTCCC
||||||||||:||:||| |:|||:|||||:||||| :||::::||||
second -------------ATTATCTTACTTGGCTT-ATATCCTGCATCTTTCGTTTTACGTTCCC
4150 4160 4170 4180
4340 4350 4360 4370 4380 4390
base GTGTGTCGGTTACGTTATTGTGTTAAAATAACGGGATGATGATATCAAGTGCTATTGTAA
|||||||||::|||||||||||:||||||||::| |:||||||:|||: ||| |||||
second GTGTGTCGGCCACGTTATTGTGGTAAAATAAAAG---GCTGATATAAAGC-CTA-TGTAA
4190 4200 4210 4220 4230 4240
4400 4410 4420 4430 4440 4450
base AATATGTTATATTTTGAATATCTATAATATAAGCGCTGTGTGCGCTCGATGGGTAGTTAA
|||::||||||:||||::|||:|:||:||||||:|:|||:|||::||||||::|:||||:
second AATTCGTTATAGTTTGGGTATTTGTACTATAAGTGTTGTATGCCGTCGATGACTGGTTAT
4250 4260 4270 4280 4290 4300
4460 4470 4480 4490 4500 4510
base ATGATCATGATATATATTTTTGGGTAATCAATCGCATTGCAGTGCCGTGTGCTTATTGAA
||:| |:|:||||||::|:|| |||||||||:::|:|:|||||::|||||||||:||||
second ATTA-CGTAATATATTGTATT--GTAATCAATAATAGTACAGTGGGGTGTGCTTAATGAA
4310 4320 4330 4340 4350
4520 4530 4540 4550 4560 4570
base GTAATATAGTGTTAAA--ATTATTTATTTAATATCTGATAACA--TATCAAAGGGT-ACA
|:|::||::|::::|: |||::|||||:|||||::|||:||| :|:||||:||| |||
second GGATCATGTTACGCAGCTATTTATTATTCAATATGCGATGACAATAAACAAAAGGTGACA
4360 4370 4380 4390 4400 4410
4580 4590 4600 4610 4620 4630
base ACGTGATAACAAAGACGGTGGATACAGCGTTTATTGGGATATCCGCTGGCCAGTTATACG
|||||||||:||::||||:||:|:|||||:||||||||||||:||||||||:|:||:||:
second ACGTGATAATAATAACGGCGGTTTCAGCGATTATTGGGATATGCGCTGGCCCGATACACT
4420 4430 4440 4450 4460 4470
4640 4650 4660 4670 4680 4690
base TAAATAATACAGACAGAGTTTGAGAGAGCACGCAGATTGTAGCCAAGTTGAGTGACTTGC
|||||||:|||||||||:|||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||
second TAAATAACACAGACAGAATTTGAGAGAGCACGCAGGTTGTAGCCAAGTTGAGTGACTTGC
4480 4490 4500 4510 4520 4530
4700 4710 4720 4730 4740 4750
base CGGTAGCACCGAAGCTAAGCTCAGGTGTTCCAAATTGACTGGCGTCGAGGTGACGAGCAC
||||||||||:||||:|||||||||||||||||||:||||||||||||||:|||||||||
second CGGTAGCACCAAAGCCAAGCTCAGGTGTTCCAAATAGACTGGCGTCGAGGCGACGAGCAC
4540 4550 4560 4570 4580 4590
4760 4770 4780 4790 4800 4810
base GACGACCTTGCCGGACAATGCGGTCGCAGGGGGCTCAAGGCGGGTGGCTTGTAACGGACC
|||||||||||||||:|:|||:||||||||||||||||:|||||||||||||||||||||
second GACGACCTTGCCGGAGATTGCCGTCGCAGGGGGCTCAAAGCGGGTGGCTTGTAACGGACC
4600 4610 4620 4630 4640 4650
4820 4830 4840 4850 4860 4870
base TTGTGCTTCTTGTTGTAGCTTTCGTTGAGCATAACCATTGGGAAGGTTGCTGAACAACGG
:|||||||||||:::||||||||:|||:|||||:|||||||||:|||||||||:||||||
second CTGTGCTTCTTGCCATAGCTTTCATTGGGCATAGCCATTGGGACGGTTGCTGAGCAACGG
4660 4670 4680 4690 4700 4710
4880 4890 4900 4910 4920 4930
base TAGCGCACCTTTTTCAAGCGAGGGTGGCAGAAGAACATATTTGCCCGTCGGCAGACGGCG
:::::::::||:|||:|:|::|:::|:::|||:||:||::| |||||||||:||||||
second GCAAATCTGTTCTTCCATCTCGCTCGCTTGAAAAAAATGCT---CCGTCGGCAAACGGCG
4720 4730 4740 4750 4760 4770
4940 4950 4960 4970 4980 4990
base GTGAGCATGACAGCTGCTAAGGGAGTTACTGGAATCGCGTGAGCGGTGAGCATGCCGTCC
|:|||:||::||::|:||||||||||:|:||||||||:|:||:|||||||||||||||||
second GAGAGGATACCAATTCCTAAGGGAGTCAATGGAATCGTGCGAACGGTGAGCATGCCGTCC
4780 4790 4800 4810 4820 4830
5000 5010 5020
base TGACTATCGGCGC-----------CCAATCAACAG-------------GACATCCTCAAC
||||||||||||: :|:||||:||| |:|||:|||:|:
second TGACTATCGGCGTTCCGCAAACAGTCGATCAGCAGGCCATTCTCTATAGCCATTCTCTAT
4840 4850 4860 4870 4880 4890
5030 5040 5050 5060 5070 5080
base ATGTTTTCCAATTCCTTGAAACCTATCTTTATAGCATTGATCTCCAACCGATCTCGATTG
|||||||||||:|:|||:||||||::|||||||||||||||||||:|:|::|||:|||:|
second ATGTTTTCCAAGTTCTTAAAACCTGCCTTTATAGCATTGATCTCCCAGCACTCTTGATAG
4900 4910 4920 4930 4940 4950
5090 5100 5110 5120 5130 5140
base AGGCCAAATTTAATATTCAAAAG-AGAGTTTAGTGGAAATGGAATATAATCCCGTGGCGG
|||:| ||||||||||||||||| |||:|||||||||:|||||||||||||:||||||:|
second AGGTC-AATTTAATATTCAAAAGAAGATTTTAGTGGACATGGAATATAATCGCGTGGCCG
4960 4970 4980 4990 5000 5010
5150 5160 5170 5180 5190 5200
base AAGAAGAGCCTTCAAAAATGGCAGTCCACTAGGACAGTCAATAATATCCAAAAAGCATTG
||||:||||||||||||:::| |:|||||:||||:|::||||||||||:|||||||||:|
second AAGACGAGCCTTCAAAATCAG-AATCCACCAGGATAAACAATAATATCTAAAAAGCATCG
5020 5030 5040 5050 5060 5070
5210 5220 5230 5240 5250 5260
base AAATTGGGTTGGGCACGAGAGGCTGACGCGGATGCCACTCGATTGCTAATGGAGTGGTTC
||:||:||||:||||||||||||||||||||||:|:||||||||||||:||||::|||||
second AATTTAGGTTAGGCACGAGAGGCTGACGCGGATACAACTCGATTGCTAGTGGAAGGGTTC
5080 5090 5100 5110 5120 5130
5270 5280 5290 5300 5310 5320
base CTTT--TCTAGCATATCGAATCCATCGCTTCACTATATCCTTACCTGATTGGCTGAGCTG
||:| ||||||::|||||||:||:||:||||||||:|:|:|:|||||||||||||:|||
second CTGTTATCTAGCGCATCGAATTCACCGTTTCACTATGTGCGTTCCTGATTGGCTGATCTG
5140 5150 5160 5170 5180 5190
5330 5340 5350 5360 5370 5380
base CGAGACCACCAATAACTTCCACTAATATCGAAAGTGTGGCTGCTTTGATTATGATGCTTT
||:||||||||:|:|||::||||||||||:||||||:|||||||::||||||||||||||
second CGGGACCACCATTGACTGACACTAATATCAAAAGTGGGGCTGCTCCGATTATGATGCTTT
5200 5210 5220 5230 5240 5250
5390 5400 5410 5420 5430 5440
base GTGAGAGGTTCTCTCCCCAATAAAGTCAAGTTGACAGATTCGGATACGCCCGGTTGAGAT
|||||||||||:||:|||||||:|::||:|:||:||||||||||| ||:|::|||||||
second GTGAGAGGTTCCCTTCCCAATACATGCACGCTGGCAGATTCGGAT--GCACAATTGAGAT
5260 5270 5280 5290 5300 5310
5450 5460 5470 5480 5490 5500
base TTTATTTCATTTTTTATCTATTTCGCATCTCGAAAAGTTCACAGAAATCAACAAGGAGGA
:|:|||:||||:|||||:|||||||||||||||||||||||||||||:||||||:|||||
second ATGATTCCATTATTTATTTATTTCGCATCTCGAAAAGTTCACAGAAACCAACAAAGAGGA
5320 5330 5340 5350 5360 5370
5510 5520 5530 5540 5550 5560
base GGCCAGGTGTTTAAATAGGTTCCAGC--TGCTCTAAAGTGATCAGAAGAGAATTTACAGC
||||:|||| |||||||:::|:|||| |||||||||:||||||||||||||||||||||
second GGCCGGGTG-TTAAATACTCTGCAGCTGTGCTCTAAAATGATCAGAAGAGAATTTACAGC
5380 5390 5400 5410 5420 5430
5570 5580 5590 5600 5610 5620
base TGGAGGCACAAAGCACTAATCCTGCTAAAGCATGAGCATGGCAGATGAGTTGGAGCGTCA
|||||||||:||:|||||||||||||||||:||:||||||||:|||||||||||||:|||
second TGGAGGCACGAAACACTAATCCTGCTAAAGTATAAGCATGGCGGATGAGTTGGAGCATCA
5440 5450 5460 5470 5480 5490
5630 5640 5650 5660 5670 5680
base ATTGGAAGGCATTTCTCTCGTTACAGTCCTGGGTCCGGATGTGAGGGCCGAGCTTGAGGC
||||:||:::|||||||||:|||||||||||||:|:||||||:|:|||:|||||||||||
second ATTGCAAACTATTTCTCTCATTACAGTCCTGGGCCTGGATGTAAAGGCGGAGCTTGAGGC
5500 5510 5520 5530 5540 5550
5690 5700 5710 5720 5730 5740
base GGCGCTACGGGACTACCGCGATGATCTCGACTTCTGGAAAAGGAACGGTTACGCGGTGGC
||||||||::|||||||||||||||||||||:||||||||||::||||||||:||||:||
second GGCGCTACTAGACTACCGCGATGATCTCGACATCTGGAAAAGCCACGGTTACCCGGTTGC
5560 5570 5580 5590 5600 5610
5750 5760 5770 5780 5790 5800
base GGATCTCGATCAATCTGTGACGGTCGACAAGCTTCTTTTTATGTATATGGATGAACCAAT
:|||||||||||::||||||||||||||||||||||||::|||||||||||||:|:|||:
second AGATCTCGATCAGACTGTGACGGTCGACAAGCTTCTTTACATGTATATGGATGCAGCAAC
5620 5630 5640 5650 5660 5670
5810 5820 5830 5840 5850 5860
base AGCAGACTTGTGTGTAAAGAATCGCATCCTCGTTTGCAAC---AGCAATTCAGTCGCGAA
||||||||:|||||||||||||||:::||||::||:|||| ||||||||||:|||:||
second AGCAGACTGGTGTGTAAAGAATCGATGCCTCCCTTTCAACAGTAGCAATTCAGCCGCCAA
5680 5690 5700 5710 5720 5730
5870 5880 5890 5900 5910 5920
base AATTACTTCGCTTCCACCATACCTGCCTGGGGTTACAAGGGCCGAGGCGTTTGAGAAACT
|:|:||:|||||||||||||||||::|:||:||:|||||:||||||||:|:|||||||||
second AGTAACCTCGCTTCCACCATACCTTGCAGGCGTGACAAGCGCCGAGGCCTGTGAGAAACT
5740 5750 5760 5770 5780 5790
5930 5940 5950 5960 5970 5980
base TAACTCCATTGTTTGTGGAGGTCCTGCATCTGGATCTCTTCAATCTGCTTGTTGCGACTA
:||||||||||:|::|||::||:|:||::|:::|||:|:|::::||:|:|| |||
second CAACTCCATTGCTGATGGGAGTGCCGCCCCCCAATCCCGTGGGCCTCCATG------CTA
5800 5810 5820 5830 5840
5990 6000 6010 6020 6030 6040
base TTTCGTGGCGTTCCTCCCCAGCAATTGTTTTGAGAAGACCGGTGAGATATCGGTGCGCAC
|||:||||||||||::|||||||:||||||:|||||:|:|||||||||||||||||||||
second TTTTGTGGCGTTCCCGCCCAGCAGTTGTTTCGAGAAAAACGGTGAGATATCGGTGCGCAC
5850 5860 5870 5880 5890 5900
6050 6060 6070 6080 6090 6100
base AGTGGACGGCGAGTGTGGCCCCTTCGATGTCTTTACCCGGCAGCGTCAGCCAGAGGATCA
|||||:|||||||||:::|:||||||||||||||||||||||||||||||||:|||||||
second AGTGGGCGGCGAGTGCAACGCCTTCGATGTCTTTACCCGGCAGCGTCAGCCACAGGATCA
5910 5920 5930 5940 5950 5960
6110 6120 6130 6140 6150
base GAGCGATATGTTTTTTAAGTATGAAGAGATTGTATGTGCTGGAAAGAGTCTATTTT
||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||||||
second GAGCGATATGTTTTTTAAATATGAAGAGATTGTATGTGCTGGAAAGAGTGTATTTT
5970 5980 5990 6000 6010 6020
######################################################################
ALIGNMENT 2/2
SCORE: 3074
STRAND: -
base: 4871-4923 (53 bps)
second: 1258-1310 (53 bps)
CONSERVATION (:base: stats)
Matches = 75.47% (40/53)
Mismatches = 24.53% (13/53)
Gapped nucleotides = 0.00% (0/53)
base: 4871-4923 (53 bps)
second: 4713-4765 (53 bps)
4880 4890 4900 4910 4920
base CGGTAGCGCACCTTTTTCAAGCGAGGGTGGCAGAAGAACATATTTGCCCGTCG
||:::|:|||::|||||||||||||:|:|:::||||||||:||||||||||:|
second CGACGGAGCATTTTTTTCAAGCGAGCGAGATGGAAGAACAGATTTGCCCGTTG
4760 4750 4740 4730 4720
######################################################################