ALIGNMENT 1/1
SCORE: 82631
STRAND: +
base: 3-1754 (1752 bps)
second: 8-1685 (1678 bps)
CONSERVATION (:base: stats)
Matches = 75.74% (1327/1752)
Mismatches = 17.92% (314/1752)
Gapped nucleotides = 6.34% (111/1752)
base: 3-1754 (1752 bps)
second: 8-1685 (1678 bps)
10 20 30 40 50
base GCAGTAGCTGTTCTGACGGTGCC---------CAGAGGCTGGAGGTGG-TACCTGTTTCA
|||||:||||:|||||:|||||: |:|:|||:::|:|||: |||:||||::|
second GCAGTCGCTGATCTGAGGGTGCTGATTGTCGACGGTGGCCCAATGTGTCTACTTGTTCTA
10 20 30 40 50 60
60 70 80 90 100
base CGCTAGAAATATAA--ATGTAATAAAC-TCATGGATCTGGTT-GATGTAACCTGCGCCAT
| :||::||||:|| :||||||||:: ||||||||:||||: ||||::||||::||:||
second C-TTATTAATAAAATACTGTAATAAGTATCATGGATATGGTCAGATGCGACCTATGCTAT
70 80 90 100 110 120
110 120 130 140 150 160
base GGATGCACTTGTTCTTTTTTGGTTCCGATGGATGGGTTGTTTGCTTGAAATGAAACCTGC
:|||::|:||||: |||||:|||:::|:||::|||::||||:|||||||:||:|||::
second TGATTGAGTTGTC---TTTTGTTTCTAGTTGAACGGTCATTTGTTTGAAATTAAGCCTTT
130 140 150 160 170 180
170 180 190 200 210 220
base -CTGTTCGAAATTTGGTTATCACTTTTTCCATTTATGTTTTTAATTATTTGTGTATTAAA
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second TCTGTTTGACATTTG-TTATGGCTTTCTTAGGCTAG--TTTTAATCGTTC----------
190 200 210 220 230
230 240 250 260 270 280
base GAAAATAGTTCACATAGCCGCAATATATGACCGAAGCTGGCCCGCAATGCCGCAATAGAT
|||||:|||||||||||||||||::| ||:||||:|: :||||:||:||||
second ---------TCACACAGCCGCAATATATGACCACA-CTAGCCCACT-CGCCGTAAAAGAT
240 250 260 270
290 300 310 320 330 340
base GATTAATTTGTCAAACTTAGCTATCAATATCTCGATAGAAGTGCCCACATGTTTAA---A
|||||||:|::|:||:|||||||:|:|::||||:|:|||||||||:||||||||:: |
second GATTAATCTACCGAAATTAGCTACCGAACTCTCAAAAGAAGTGCCGACATGTTTTCCTTA
280 290 300 310 320 330
350 360 370 380 390 400
base CTAGGCAAACTCGTTCTCCTTGAAAACTGATAA-TAAAGACAAGAAAATTAGCCCA---C
|:|:|:|||:||:|:|||||||||||::||||| |||:||||| ||||:|||||:| :
second CCATGTAAAGTCATACTCCTTGAAAATCGATAAATAACGACAA-AAAAGTAGCCTAATTT
340 350 360 370 380 390
410 420 430 440 450
base TCTAAAAAGTCACATAGCAAATTCAACATAAAGAAACCAGAA-GTCAG-AGGAAAGACTT
|:|:||:|:|::| |::||||||||||||:|||||||:|| |||:| |:|:|:|||||
second TTTCAAGACTAGC---GTGAATTCAACATAAGGAAACCAAAAAGTCGGGAAGGATGACTT
400 410 420 430 440 450
460 470 480 490 500 510
base TTAATCCTTGATTATTTGAACGAAATAGCCGCAATACGCCAAAGTGTCGCCTTCATGATT
||::||||::|||||||||||::|||:|::||:|: |||||
second TTGTTCCTGAATTATTTGAACACAATGGGGGCTAC--------------------TGATT
460 470 480 490
520 530 540 550 560 570
base GTTCAATAATTTCTGTAGCAAATGGAAAACGTTTTACAAACAATGTGGCCTTGGAGTAAT
|||||||||||||:|||||||||||| ||:||||:||:||||||||||||
second ----------TTCTGTAGCAAATAGAAAACGTTTTA-AAGCAATATGTCCTTGGAGTAAT
500 510 520 530 540
580 590 600 610 620 630
base AATCGGAAGAAAAGTTCATAAGTCAGATAATTTGCGTTGCTGACACTAGTGACCAAGCAC
||:||||||||||::||||:: :||:||||||||||||||||||||||:|:|||||:|||
second AACCGGAAGAAAATGTCATGC-CCAAATAATTTGCGTTGCTGACACTATTTACCAACCAC
550 560 570 580 590 600
640 650 660 670 680 690
base CTTTAAATACC-TCTGCTTCCCATGCATTTTT-CCAAGTT-----AACCTAAAGTGGCAG
|||||||||:| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| :|:
second CTTTAAATAACGTCTGCTTCCCATGCATTTTTGCCAAGTTGAACAAACCTAAA----TAT
610 620 630 640 650
700 710 720 730 740 750
base TTGAATGGCTCGTTATTTCGGTGGTAGCTCTCAACGGCTTCATGTCGATGATTTTCGTTT
||||||||||||||:||:|||| |||||||:||||:|||||:|||||||:|||||||:
second TTGAATGGCTCGTTCTTACGGT---AGCTCTCGACGGTTTCATATCGATGAGTTTCGTTG
660 670 680 690 700 710
760 770 780 790 800 810
base GATCAAGGAGCCCACTCGACTGAAGGCTCAGCTTGTTAATGTGGTGGAAACCTACAAGGC
|||||||||||||||||||:||||||||||||||:|:|||||||||||::||:|||||:|
second GATCAAGGAGCCCACTCGATTGAAGGCTCAGCTTCTAAATGTGGTGGAGGCCCACAAGTC
720 730 740 750 760 770
820 830 840 850 860 870
base TGCACAAACAGAGACGTTAAAGTACTATATACCATCTGCAACTGAGCGTGTGGCTCATAT
||||||||:|||||||||||||||||||||||||||||||:||||||:|::|||||||::
second TGCACAAAGAGAGACGTTAAAGTACTATATACCATCTGCAGCTGAGCATTGGGCTCATGC
780 790 800 810 820 830
880 890 900 910 920 930
base GGAGGCAGTCCATGTCAACAATGCAGAAATGGGGCTGCATCCGGCCGGGTTCAAGTATCC
:|||||:|:|:||||||||:||||:|||||||:||||||||:|||:||||::||||||||
second AGAGGCTGCCTATGTCAACGATGCGGAAATGGAGCTGCATCAGGCTGGGTGGAAGTATCC
840 850 860 870 880 890
940 950 960 970 980 990
base TCTGTCCTTCGTCTTTACCTCCCTGGCCGTGGCTAAAGCCTGCAAGGAGAACAAGCATCT
|:||||||||||||||||||||||||:||||||||||||||||||||||||||||||:||
second TTTGTCCTTCGTCTTTACCTCCCTGGACGTGGCTAAAGCCTGCAAGGAGAACAAGCACCT
900 910 920 930 940 950
1000 1010 1020 1030 1040 1050
base CGTGTGCGAGGAGCATTTGGAGGGAGATCTGATATCGTGCGTCGTTCCTCCCTATCAGAC
|:|||||:||||::|||:|||:||::|:|||:|::|:||||:|||||||||:||||||||
second CTTGTGCAAGGAAGATTCGGATGGGCAGCTGTTCGCCTGCGCCGTTCCTCCTTATCAGAC
960 970 980 990 1000 1010
1060 1070 1080 1090 1100 1110
base AAATGTCTCACTCGCTGCTTTAAGGGAGATCCACAATTCCATTTCGGGAGGAGGGTACCG
|||:||:|||||:||:|||||||||||:||:|||||||||:||||||||||||:|||||:
second AAACGTATCACTGGCGGCTTTAAGGGAAATTCACAATTCCGTTTCGGGAGGAGAGTACCA
1020 1030 1040 1050 1060 1070
1120 1130 1140 1150 1160 1170
base GAATCCAACAGACATGGATTATTTTGTGGCGATCTTGCCAGATGAAAATTTCGACTATCA
|:|:::|::||||||||||||||||||||||||:||:|||:||||||||||::|||||:|
second GGAAGAAGAAGACATGGATTATTTTGTGGCGATTTTCCCAAATGAAAATTTTAACTATGA
1080 1090 1100 1110 1120 1130
1180 1190 1200 1210 1220 1230
base GAGCTGTGAAATTGTCACCAAAAATGGCGGCGAAGGCCTTTGCAAGATTTATAGCAGACA
||||||||||||:||:||:::||:|||||||:||||::|||||||||||||||||||::|
second GAGCTGTGAAATCGTGACACGAAGTGGCGGCAAAGGAATTTGCAAGATTTATAGCAGGGA
1140 1150 1160 1170 1180 1190
1240 1250 1260 1270 1280 1290
base ACTGGAGGGGCCCTTAGCTTATGAGGCCATACTGGCAATTGGCAAGGTCCTGTTGGAATA
|||||:||:|||:|||||||||||:||||||||||||||:||||||||:|||:|||||||
second ACTGGGGGAGCCTTTAGCTTATGATGCCATACTGGCAATCGGCAAGGTGCTGCTGGAATA
1200 1210 1220 1230 1240 1250
1300 1310 1320 1330 1340 1350
base GGCAGTGCACCGCTGATCCAACGGGAGTTTCGATTATATTTCGTATTATCTTACATGACT
|:|||||||:||| ||||||||||:||:||
second GACAGTGCATCGC-------------------------------ATTATCTTACTTGGCT
1260 1270 1280
1360 1370 1380 1390 1400 1410
base TAAGATCATGCATGTTTCG-CTTGTTCTCCCGTGTGTCGGTTACGTTATTGTGTTAAAAT
| |:|||:|||||:||||| :||::::|||||||||||||::|||||||||||:||||||
second T-ATATCCTGCATCTTTCGTTTTACGTTCCCGTGTGTCGGCCACGTTATTGTGGTAAAAT
1290 1300 1310 1320 1330 1340
1420 1430 1440 1450 1460 1470
base AACGGGATGATGATATCAAGTGCTATTGTAAAATATGTTATATTTTGAATATCTATAATA
||::| |:||||||:|||: ||| ||||||||::||||||:||||::|||:|:||:||
second AAAAG---GCTGATATAAAGC-CTA-TGTAAAATTCGTTATAGTTTGGGTATTTGTACTA
1350 1360 1370 1380 1390
1480 1490 1500 1510 1520 1530
base TAAGCGCTGTGTGCGCTCGATGGGTAGTTAAATGATCATGATATATATTTTTGGGTAATC
||||:|:|||:|||::||||||::|:||||:||:| |:|:||||||::|:|| ||||||
second TAAGTGTTGTATGCCGTCGATGACTGGTTATATTA-CGTAATATATTGTATT--GTAATC
1400 1410 1420 1430 1440 1450
1540 1550 1560 1570 1580
base AATCGCATTGCAGTGCCGTGTGCTTATTGAAGTAATATAGTGTTAAA--ATTATTTATTT
|||:::|:|:|||||::|||||||||:|||||:|::||::|::::|: |||::|||||:
second AATAATAGTACAGTGGGGTGTGCTTAATGAAGGATCATGTTACGCAGCTATTTATTATTC
1460 1470 1480 1490 1500 1510
1590 1600 1610 1620 1630 1640
base AATATCTGATAACA--TATCAAAGGGT-ACAACGTGATAACAAAGACGGTGGATACAGCG
|||||::|||:||| :|:||||:||| ||||||||||||:||::||||:||:|:|||||
second AATATGCGATGACAATAAACAAAAGGTGACAACGTGATAATAATAACGGCGGTTTCAGCG
1520 1530 1540 1550 1560 1570
1650 1660 1670 1680 1690 1700
base TTTATTGGGATATCCGCTGGCCAGTTATACGTAAATAATACAGACAGAGTTTGAGAGAGC
:||||||||||||:||||||||:|:||:||:|||||||:|||||||||:|||||||||||
second ATTATTGGGATATGCGCTGGCCCGATACACTTAAATAACACAGACAGAATTTGAGAGAGC
1580 1590 1600 1610 1620 1630
1710 1720 1730 1740 1750
base ACGCAGATTGTAGCCAAGTTGAGTGACTTGCCGGTAGCACCGAAGCTAA
||||||:||||||||||||||||||||||||||||||||||:||||:||
second ACGCAGGTTGTAGCCAAGTTGAGTGACTTGCCGGTAGCACCAAAGCCAA
1640 1650 1660 1670 1680
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