El fenòmen de splicing del RNA es un procés en el qual s'eliminen els introns d'un gen i es fusionen els exons del gen per donar un mRNA que codifica per a una proteïna.

Molts RNA tenen diferents exons, i per tant es pot donar un fenòmen de splicing alternatiu consistent en combinar diferents exons per donar lloc a diferents mRNA que codificaran per proteïnes diferents. Podem diferenciar dos tipus d'exons en els gens que pateixen splicing alternatiu (Figura):

• Exons constitutius: Es troben en tots els mRNA
• Exons alternatius: Només es troben en alguns mRNA

L'objectiu del nostre projecte consisteix a trobar motius biològics (seqüències de DNA) que puguin tenir una funció com a senyals de splicing en exons alternatius. Treballem amb un conjunt de seqüències d'homo sapiens de tres exons. Dos d'aquests són constitutius (1r i 3r) i un és alternatiu (2n) Aquesta informació s'ha obtingut de l'aliniament de RefSeqs i ESTs amb el genoma. A partir d'aquestes seqüències volem obtenir "paraules", és a dir fragments de DNA de 6, 7 i 8 nucleòtids. Comptarem quantes vegades apareixen les paraules en els dos tipus d'exons i determinarem si alguna d'aquestes apareix, d'una forma estadísticament significativa, més vegades en els exons alternatius que en els constitutius. Les paraules que compleixin aquesta condició ens indicaran que han estat conservades al llarg de l'evolució i que per tant tenen possibilitats de ser motius biològics que determinin llocs de splicing alternatiu.