# Obrim R:

#$ export PATH=$PATH:/disc8/soft/R/bin

#$ R

# Entrem dades freqüències absolutes i ho posem en una taula (dataframe):

d <- read.table ("freqabsolutes.txt")

# Separar en diferents grups els codons de cada aminoàcid:
# 
# pels exons constitutius:

c <- split(d[[3]],f=d[[1]])

# pels exons alternatius:

a <- split(d[[4]],f=d[[1]])

# pels exons despenjats:

des <- split(d[[5]],f=d[[1]])

# Creem una matriu per emmagatzemar els resultats exons constitutius i alternatius:

m <- matrix(rep(0,21*3),nrow=21,ncol=3)


# Donem instrucció per a fer el test de la Chi-quadrat per a cada aminoàcid i que ens ho guardi a la matriu que hem creat:
# 
# Pels exons constitutius i alternatius:

n <- names(a)
nd <- names(des)

for (i in 1:length(a)) {
    m[i,] <- c(n[i],0,0);
    if (length(a[[n[i]]])>1) {
	chq <- chisq.test(a[[n[i]]],p=c[[n[i]]]/sum(c[[n[i]]]));
	m[i,2] <- chq$statistic;
	m[i,3] <- chq$p.value;
    };
}

# Pels exons constitutius i els despenjats:
# 
# Creem una altra matriu per emmagatzemar els resultats:

m2 <- matrix(rep(0,21*3),nrow=21,ncol=3)

for (i in 1:length(des)) {
    m2[i,] <- c(nd[i],0,0);
    if (length(des[[nd[i]]])>1) {
	chq <- chisq.test(des[[nd[i]]],p=c[[nd[i]]]/sum(c[[nd[i]]]));
	m2[i,2] <- chq$statistic;
	m2[i,3] <- chq$p.value;
    };
}