S'han observat repeticions d'aminoàcids en tandem en diverses proteïnes eucariotes, són les
zones anomenades homopolimèriques. Aquest fenòmen s'atribueix a dos possible mecanismes:
"slippage" o l'acumulació de mutacions puntuals (Albà et al.1999). La diferència
entre els dos processos es que concretament en el cas de que es dongués "slippage", el bloc
de repeticions seria molt més llarg que el que podria originar el mecanisme de les mutacions
puntuals.
Es creu que el principal productor d'aquestes repeticions és el mecanisme de slippage,
que consisteix en la producció d'errors durant la replicació del DNA. Concretament el que
es produeix són errors en la hibridació que comporten la genereció de còpies addicionals
del cod en la cadena sintetitzada de novo. Aquestes còpies repetitives d'un codó són les
que acaven formant aquestes regions homopolimèriques d'aminoàcids.
Si aquestes còpies són exageradament llargues, poden donar lloc a proteïnes causants
de malalties, com per exemple la Corea de Huntington. La funció d'aquestes repeticions
no està del tot clara. S'ha relacionat amb problemes en la regulació de la transcripció,
perquè la interacció proteïna-proteïna dels factors de transcripció es veu afectada.
Aquestes qüestions biològiques ens han portat a plantejar-nos el que seria l’objectiu del nostres treball.
Volem analitzar la distribució d’aquestes repeticions d’aminoàcids (homopolímers) en proteïnes
de diferents vertebrats:Homo sapiens, Gallus gallus, Fugu rubripes, Tetraodon nigroviridis . Ens resulta interessant
comparar aquestes repeticions entre les espècies i la seva relació amb el contingut GC del gen. També
estudiarem la freqüència de repeticions d’aminoàcids en proteïnes que es troben conservades en les
diverses espècies versus aquelles que són específiques de cada espècie. Per últim
analitzarem les característiques específiques d’un grup de proteïnes amb repeticions que es troben
associades a diferents malalties en humans.
A partir d’aquestes anàlisis ens hem plantejat unes qüestions que intentarem resoldre al llarg del pojecte.
Són les següents:
-Quins són els aminoàs;cids més repetits en les diferents espècies? Són sempre els mateixos?
-Hi ha una distribució diferencial entre l’abundància de proteïnes amb repeticions d'aminoàcids
entre les diferents espècies?
-Hi ha diferències en la distribució de GC entre les diferents espècies de vertebrats?
-Hi ha una relació molt clara entre les repeticions i el contingut GC del gen?
- Definirem les característiques de les proteïnes involucrades en malalties. Tenen característiques
diferencials?
- S’observen similaritats en la presència de repeticions de les proteïnes causants de malalties en humans?
