SARRERA


Eremu homopolimerikoak aminoazido beraren errepikapenez osatutako eremuak dira. Hauek, arruntak dira eukarioten proteinetan (Albà eta Guigó, 2004). Lan honetan, beste hainbat lanetan bezala (Karlin et al. 2002) bost unitate edo gehiagoz osaturiko errepikapenak hartuko ditugu kontuan soilik.

Eremu homopolimeriko hauek sortuko lituzkeen fenomenoetariko bat "slippage" da, DNAren erreplikazio prozesuan hibridazioan gertaturiko akatsen ondorioz. Kodoi beraren errepikapez osaturiko eremu hau erreplikatzean, kodoi hauen aparteko kopiak sortuko lirateke, kodifikatutako proteinak aminoazido beraren errepikapen luzeagoa izango duelarik.


Homo sapiensean jakina da eremu homopolimeriko hauek proteina patogenikoak sor ditzakena, errepikapen hauetan Q aminoazidoa denetan arruntena izanik (Karlin et al. 2002).

Bestalde, errepikapenak dituzten proteinen geneek GC eduki handiagoa dutena jakina da ere.

Lan honetan aminoazido bakoitzaren errepikapenak aztertu ditugu lau ornodunetan Homo sapiens, Gallus gallus, Tetraodon nigroviridis eta Fugu rubripesean. Alde batetik genoma osoen proteinak (Ensembl datu basean 2005eko martxoan aurkitutakoak) eta bestalde, espezie bakoitzerako esklusiboak diren proteinak (hau da, beste hiru espezieetan agertzen ez direnak) aztertu ditugu.

Honez gain, beste hiru espezieetan ere agertzen diren giza proteinetako errepikapenak aztertu ditugu. Baita errepikapenekin lotura duten giza gaixotasunen zortzi proteina ere, hungtintina besteak beste. Azterketa hau guztia, genearen GC edukia kontutan hartuta egin dugu.



AURKIBIDEA

Urko Martinez Marigorta & Ixabel Mendizabal Ezeizabarrena