Command line: [exonerate -q dsps2_U_prot.fasta -t D_ere01_dsps2.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 1287
  Aligned positions 0->274 of query
  Aligned positions 1332->2323 of target

Query: dSps2
Target: gnl|Dere-agencourt-run1028-asm|contig_127

    1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThrHi :   20
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThrHi
 1333 : ATGTTTCAGCCGGAAAAACATGGTCTTGAGCCCGACTTTCAGCTAACTAAGTTCACCACCCA : 1392

   21 : sThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThrGluI :   41
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
        sThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr----
 1393 : CACCGGGTGAAGTTGCAAAATCCCCCAAAAAGTACTGGAAAAGTACCTAAGGGGAACA---- : 1452

   42 : leGluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G}  >>>> Target Intron 1 >>>> :   52
          ||||||||||||||||||||||||||||||{|}            59 bp          
        --GluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G}                           
 1453 : --GAAAATAAGAACAATGATGGATACCTTATC{G}gt......................... : 1485

   53 :   {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyrLeuLeuIl :   71
          {||}||||||||||||||||||||||||||||||!:!||||||!!.||||||||||||||
          {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuArgArgHisAsnAspTyrLeuLeuIl
 1486 : ag{GC}TCTGGAATGGACTGTGCTGTGATACCTCTTAGGCGGCACAATGACTATTTGCTTAT : 1598

   72 : eGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaL :   92
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        eGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaL
 1599 : TCAAACCGTTGACTTCTTTTATCCCATGGTTAATGATCCGGAATTACTGGGTCGTATTGCGT : 1661

   93 : euAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMet :  112
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        euAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMet
 1662 : TAGCTAATGTTTTAAGTGATGTTTACGCGGTTGGGGTGACTCAGTTTGATACCGTGGAGATG : 1721

  113 : IleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMe :  133
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..!||||||!.!||||||!!
        IleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspThrValIleAlaLeuValIl
 1722 : ATCGTCAGCACTTCAACGAGCTTCAGCGAGAAAGAACGCGACACTGTGATAGCATTGGTGAT : 1784

  134 : tLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgG :  154
        :|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        eLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgG
 1785 : TAAGGGTTTCCAAAACTCCCTAAAAGCAAATGGCTATCGTAATACCCCGCTAATTATTAGAC : 1847

  155 : lnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGlu :  174
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        lnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGlu
 1848 : AATTGAAGATCAATCCCTGGTGCATTATTGGTGGCATAGCCACGTCTGTCTGCCGAAGCGAG : 1907

  175 : GluIleIle{Le}  >>>> Target Intron 2 >>>>  {u}ProSerAsnAlaGlnPr :  184
        |||||||||{||}            58 bp            {|}|||||||||||||||||
        GluIleIle{Le}                             {u}ProSerAsnAlaGlnPr
 1908 : GAAATAATA{CT}gt.........................ag{A}CCTTCGAACGCGCAGCC : 1995

  185 : oGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuT :  205
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        oGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuT
 1996 : TGGCGATGTTTTGGTCCTCACGAAACCTTTAGGTGGTCAAATGGCGATGGATGCCCACCTTT : 2058

  206 : rpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAspAlaAspIle :  225
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !||||||
        rpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAspAspAspIle
 2059 : GGCAGCTTAATCAGACCGAAAAGTACAAAAAACTGCTGTCTGAATGTAGTGATGATGATATA : 2118

  226 : LysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A}  >>>> T :  243
        !:!||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||{|}        
        ArgGluThrPheGluIleAlaLeuLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A}        
 2119 : AGAGAAACTTTTGAAATTGCTCTGAAGTCTATGACGTATTTGAACAAAAAT{G}gt...... : 2175

  244 : arget Intron 3 >>>>  {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaT :  256
            58 bp            {||}|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
                             {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaT
 2176 : ...................ag{CC}GCCCTCTTAATGCACAAATATCAAGCGCACTGTGCCA : 2269

  257 : hrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPhe :  274
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        hrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPhe
 2270 : CTGATATTACCGGATTTGGTCTACTGGGCCACGCCAATAATCTAGCTCAATTC : 2323

vulgar: dSps2 0 274 . gnl|Dere-agencourt-run1028-asm|contig_127 1332 2323 + 1287 M 40 120 G 2 0 M 10 30 S 0 1 5 0 2 I 0 55 3 0 2 S 1 2 M 125 375 S 0 2 5 0 2 I 0 54 3 0 2 S 1 1 M 64 192 S 0 1 5 0 2 I 0 54 3 0 2 S 1 2 M 30 90