Command line: [exonerate -q dselM_U_prot.fasta -t D_yak.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 843
  Aligned positions 0->249 of query
  Aligned positions 2024->2852 of target

Query: dSelM
Target: gi|49844564|gb|AAEU01001242.1| Drosophila yakuba strain Tai18E2 chromosome X Cont124.5, whole genome shotgun sequence

    1 : MetProProLysArgAsnLysLysAlaGlu  >>>> Target Intron 1 >>>>  Ala :   10
        |||||||||||||||!.!||||||||||||            59 bp            |||
        MetProProLysArgThrLysLysAlaGlu                             Ala
 2025 : ATGCCACCAAAACGGACCAAAAAAGCTGAGgt.........................agGCG : 2113

   11 : ProIleAlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrValGl :   31
        |||:!!!.!||||||||||||!.!|||! !||||||||||||||||||||||||||||||||
        ProValValGluArgAspAlaAlaGluValLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrValGl
 2114 : CCAGTTGTGGAGCGGGATGCAGCCGAAGTGTTGGATCCCAATGCGCCGGTGCTCTACGTAGA : 2176

   32 : uHisCysArgSerUnkArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaLeuArgG :   52
        |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||
        uHisCysArgSer***ArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaIleArgG
 2177 : GCACTGCCGATCCTGACGAGTCTTTCGTCGTCGAGCGGAGGAGCTGCACTCCGCTATCCGGG : 2239

   53 : luArgGlyLeuGlnGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgArgGlyAla :   72
        ||||||||||||||!!.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
        luArgGlyLeuGlnHisLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgArgGlyAla
 2240 : AGCGCGGTCTCCAACACCTTCAGCTTCAGCTGAATGCACTTGGAGCACCGCGGCGAGGAGCC : 2299

   73 : PheGluLeuSerLeuSerAlaGlyGlyMetGlyLysGlnGluGlnValAlaLeuTrpSerGl :   93
        |||||||||||||||||||||   |||:!!||||||! !|||||||||||||||||||||||
        PheGluLeuSerLeuSerAla---GlyLeuGlyLysProGluGlnValAlaLeuTrpSerGl
 2300 : TTCGAGTTGAGCTTAAGCGCC---GGACTGGGGAAGCCGGAGCAGGTGGCACTTTGGTCGGG : 2359

   94 : yLeuLysArgGlyProProArgAlaArgLysPheProThrValGluGluValTyrAspArgI :  114
        |||||||||||||||||||||||||! !||||||||||||||||||||||||||||||||||
        yLeuLysArgGlyProProArgAlaLeuLysPheProThrValGluGluValTyrAspArgI
 2360 : TCTAAAGCGGGGTCCACCACGTGCCCTCAAGTTTCCCACTGTGGAGGAGGTATACGATCGGA : 2422

  115 : leValGlyIleLeuGlyAspGlnGlnGluSerLysGluGlnIleAsnThrGlnLysLeuSer :  134
        |||||! !||||||||||||||||||:!!|||                           |||
        leValGluIleLeuGlyAspGlnGlnLysSer---------------------------Ser
 2423 : TTGTAGAAATTCTGGGTGACCAGCAGAAGTCA---------------------------TCC : 2455

  135 : LysIleAspLeuProGlySerGluAlaLeuAlaSerProLysLysSerGluSerThrGluGl :  155
        |||||||||||||||! !||||||.!!:!!.!!|||||||||||||||! !|||||||||||
        LysIleAspLeuProGluSerGluThrValThrSerProLysLysSerValSerThrGluGl
 2456 : AAAATTGATCTACCGGAGTCCGAGACTGTAACATCCCCAAAGAAGTCAGTGTCCACGGAGGA : 2518

  156 : uAlaGlnGluAsnGluAlaProThrSerThrSerThrSerArg{Ly}  >>>> Target I :  170
        | !!|||  !||||||!.!  !! !|||!.!!.!:!!!!!!:!{||}            52 
        uProGlnThrAsnGluValGlyLysSerAsnLysSerArgLys{Ly}               
 2519 : ACCACAAACGAATGAGGTAGGAAAGTCCAATAAGTCCAGAAAA{AA}tt............. : 2567

  171 : ntron 2 >>>>  {s}SerLysLysGluGlnLysSerGluGluGluProThrGlnValAsp :  185
        bp            {|}||||||  !||||||||||||:!!||||||||| !!|||:!!|||
                      {s}SerLysGlyGluGlnLysSerLysGluGluProProGlnIleAsp
 2568 : ............aa{A}TCCAAAGGGGAGCAGAAATCCAAGGAAGAGCCACCTCAAATCGAC : 2660

  186 : SerLysGluAlaLysGlnSerLysGluLeuValLysThrLysArgGlnProLysAlaGlnLy :  206
        ||||||||||||!!.|||||||||||||||!.!|||||||||||||||||||||||||||||
        SerLysGluAlaAsnGlnSerLysGluLeuAlaLysThrLysArgGlnProLysAlaGlnLy
 2661 : TCAAAGGAAGCAAATCAATCGAAAGAGTTGGCCAAAACAAAGAGACAGCCTAAAGCCCAAAA : 2723

  207 : sLysGlnAlaLysAlaSerGluSerGlnGluGluValAlaGluAspLysProProSerSerG :  227
        ||||! !|||||||||||||||||||||||||||..!||||||!!:||||||! !!!!||||
        sLysProAlaLysAlaSerGluSerGlnGluGluThrAlaGluGluLysProGlnThrSerG
 2724 : GAAGCCGGCAAAGGCATCCGAATCCCAAGAAGAAACCGCTGAAGAGAAGCCCCAAACCAGCC : 2786

  228 : lnLysArgLysArgThrThrArgSerSerThrAspGluAlaThrAlaGlyAlaLysArgArg :  247
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!  !|||||||||!:!
        lnLysArgLysArgThrThrArgSerSerThrAspGluAlaThrValThrAlaLysArgLys
 2787 : AGAAACGGAAGCGAACCACCAGGTCCTCCACAGACGAGGCTACTGTCACTGCCAAGCGGAAA : 2846

  248 : Arg :  249
        |||
        Arg
 2847 : AGG : 2852

vulgar: dSelM 0 249 . gi|49844564|gb|AAEU01001242.1| 2024 2852 - 843 M 10 30 5 0 2 I 0 55 3 0 2 M 70 210 G 1 0 M 44 132 G 9 0 M 36 108 S 0 2 5 0 2 I 0 48 3 0 2 S 1 1 M 78 234