Command line: [exonerate -q dselM_U_prot.fasta -t D_ana01.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 384
  Aligned positions 0->194 of query
  Aligned positions 7864->8627 of target

Query: dSelM
Target: gnl|Dana-agencourt-040714-asm|contig_3129

    1 : MetProProLysArgAsnLysLysAlaGlu  >>>> Target Intron 1 >>>>  Ala :   10
        |||||||||||||||  !|||||| !!! !            58 bp            ! !
        MetProProLysArgAlaLysLysProAla                             Glu
 7865 : ATGCCACCGAAACGTGCCAAAAAACCAGCGgt.........................agGAG : 7952

   11 : ProIleAlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrValGl :   31
         !!  !  !:!!  !!!: !!  !!!:||||||||||||:::  !|||||||||! !:!!||
        ThrAlaLysGlnAspGluProProAspGluLeuAspProSerGlnProValLeuSerIleGl
 7953 : ACCGCTAAGCAGGATGAGCCGCCTGACGAGCTGGATCCTTCGCAGCCTGTACTCTCCATAGA : 8015

   32 : uHisCysArgSerUnkArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaLeuArgG :   52
        |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||!:!!
        uHisCysArgSer***ArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisAlaAlaLeuGlnG
 8016 : ACACTGCCGATCCTGACGAGTGTTTCGTCGCCGGGCGGAGGAGTTGCACGCAGCCCTCCAGG : 8078

   53 : luArgGlyLeuGlnGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgArgGlyAla :   72
          ! !||||||! !||||||||||||!::|||||| !!! !|||||||||||||||||||||
        lyLeuGlyLeuProGlnLeuGlnLeuArgLeuAsnProSerGlyAlaProArgArgGlyAla
 8079 : GTCTCGGTCTTCCACAGCTTCAGCTACGCCTGAACCCGTCCGGAGCACCGCGTCGTGGAGCC : 8138

   73 : PheGluLeuSerLeuSerAlaGlyGlyMetGlyLysGlnGluGlnValAlaLeuTrpSerGl :   93
        |||||||||!:!||||||||||||      |||!..:!!!!:||||||  !|||||||||||
        PheGluLeuAsnLeuSerAlaGly------GlySerGluAspGlnValGlnLeuTrpSerGl
 8139 : TTCGAGCTGAACTTGTCCGCCGGT------GGCAGCGAGGATCAGGTGCAGCTTTGGTCAGG : 8195

   94 : yLeuLysArgGlyProProArgAlaArgLysPheProThrValGluGluValTyrAspArgI :  114
        |||||||||||||||||||||||||! !|||||||||!.!!.!||||||:!!:!!..!||||
        yLeuLysArgGlyProProArgAlaLeuLysPheProAsnAlaGluGluMetHisSerArgI
 8196 : ACTCAAGCGGGGTCCACCTCGTGCCCTGAAGTTTCCCAATGCCGAGGAGATGCACAGTCGTA : 8258

  115 : leValGlyIleLeuGlyAspGlnGlnGluSerLysGluGlnIleAsnThrGlnLysLeuSer :  134
        ||! !! !||||||! !!  :!!:!!.!...!:!!!!::!!   :!!..!:!!:!!:!!..!
        leGluGluIleLeuGluGlyLysLysAsnGlnGluAspLysSerAspValLysGluValGln
 8259 : TAGAGGAGATACTGGAAGGAAAAAAGAATCAGGAGGATAAATCGGATGTGAAGGAGGTCCAA : 8318

  135 : LysIleAspLeu  >>>> Target Intron 2 >>>>  ProGlySerGluAlaLeuAla :  145
        |||    !   !            126 bp             !  !!!!...  !! !|||
        LysGluLysGlu                             GlyGlnThrArgLysArgAla
 8319 : AAAGAGAAGGAGga.........................atGGCCAAACGCGTAAACGTGCC : 8477

  146 : SerProLysLysSerGluSerThrGluGluAlaGlnGluAsnGluAlaProThrSerThrSe :  166
        !!!  !......!!!|||  !! !!!:||| !!! !:!!:!!|||  !|||  ! !!.!!||
        ThrArgSerSerThrGluValLysAspGluProProLysAspGluAsnProGluProAlaSe
 8478 : ACCAGATCCTCCACAGAAGTGAAAGATGAGCCTCCAAAAGATGAAAACCCAGAGCCAGCTTC : 8540

  167 : rThrSerArgLysSerLysLysGluGlnLysSerGluGluGluProThrGlnVal<->AspS :  186
        |||||||!:!|||!!!|||:::...   ||||||...   |||  !|||..!!.!     !|
        rThrSerGlnLysArgLysArgSerAlaLysSerSerThrGluAspThrSerAlaLysThrS
 8541 : TACGAGCCAAAAAAGGAAGCGCTCCGCCAAGTCCTCCACTGAAGACACCTCAGCCAAGACCT : 8603

  187 : erLysGluAlaLysGlnSerLys :  194
        |||||...||||||:!!! !|||
        erLysArgAlaLysLys***Lys
 8604 : CCAAACGCGCTAAGAAATAGAAA : 8627

vulgar: dSelM 0 194 . gnl|Dana-agencourt-040714-asm|contig_3129 7864 8627 + 384 M 10 30 5 0 2 I 0 54 3 0 2 M 71 213 G 2 0 M 56 168 5 0 2 I 0 122 3 0 2 M 46 138 G 0 3 M 9 27