Command line: [exonerate -q dselG_U_prot.fasta -t D_yak_G_01.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 541
  Aligned positions 0->110 of query
  Aligned positions 76586->77055 of target

Query: dSelG
Target: gnl|Dyak-washu-assembly_040407|Contig26.23

     1 : MetValTyrIleAspHis{A}  >>>> Target Intron 1 >>>>  {sn}GlyArg :     8
         ||||||||||||||||||{|}            67 bp            {||}||||||
         MetValTyrIleAspHis{A}                             {sn}GlyArg
 76587 : ATGGTGTACATCGACCAT{A}gt.........................ag{AT}GGGCGC : 76677

     9 : ValTrpGluLysArgProTrpAspTrpArgArgIleValGluLeuPheValGlyIleTrp :    28
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         ValTrpGluLysArgProTrpAspTrpArgArgIleValGluLeuPheValGlyIleTrp
 76678 : GTGTGGGAGAAGCGTCCGTGGGACTGGCGACGGATTGTGGAGCTATTTGTGGGGATATGG : 76737

    29 : PheAlaIleLysGln{Le}  >>>> Target Intron 2 >>>>  {u}PheLeuThr :    37
         |||||||||||||||{||}            63 bp            {|}|||||||||
         PheAlaIleLysGln{Le}                             {u}PheLeuThr
 76738 : TTTGCCATCAAGCAA{TT}gt.........................ag{A}TTCCTTACA : 76827

    38 : PheLeuAlaProPheThrGlyAsnAsnAsnGlnAlaAsnProArgArgGlyAsnGlyTrp :    57
         ||||||||||||||||||!.!|||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||
         PheLeuAlaProPheThrAlaAsnAspAsnGlnAlaAsnProArgArgGlyAsnGlyTrp
 76828 : TTCCTCGCTCCCTTTACGGCCAACGATAACCAGGCCAATCCGCGACGCGGAAATGGATGG : 76887

    58 : GlyGlyGlyGlyGlyTrp<-><-><->GlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGly :    74
         |||||||||.!!||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlyGlyGlySerGlyTrpGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGly
 76888 : GGAGGCGGTAGTGGATGGGGAGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGAGGCGGCGGCGGTGGAGGC : 76947

    75 : GlyGlyArgProGlySerGlySerGlyGlyLeuArgProAsnArgArgIleGlyArgIle :    94
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlyGlyArgProGlySerGlySerGlyGlyLeuArgProAsnArgArgIleGlyArgIle
 76948 : GGCGGAAGACCTGGATCTGGATCAGGTGGACTAAGACCAAACCGCCGGATCGGACGCATT : 77007

    95 : GlnProThrMetSerCysAsnMetProAlaGlyGlyGly***Gly :   110
         ||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlnProSerMetSerCysAsnMetProAlaGlyGlyGly***Gly
 77008 : CAGCCTTCTATGAGCTGCAATATGCCCGCTGGAGGCGGATGAGGA : 77055

vulgar: dSelG 0 110 . gnl|Dyak-washu-assembly_040407|Contig26.23 76586 77055 + 541 M 6 18 S 0 1 5 0 2 I 0 63 3 0 2 S 1 2 M 27 81 S 0 2 5 0 2 I 0 59 3 0 2 S 1 1 M 29 87 G 0 9 M 46 138

_________________________________________________________________________________________________________


C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 273
  Aligned positions 6->76 of query
  Aligned positions 77786->78055 of target

Query: dSelG
Target: gnl|Dyak-washu-assembly_040407|Contig26.23

     7 : AsnGlyArgValTrpGluLysArgProTrpAspTrpArgArgIleValGluLeuPheVal :    25
         :!!||||||:!!|||||||||||||||||||||! !|||||||||:!!!  :!!||||||
         AspGlyArgLeuTrpGluLysArgProTrpAspLeuArgArgIleLeuAlaIlePheVal
 77787 : GATGGTCGTCTATGGGAGAAACGTCCTTGGGACTTGAGACGGATTTTGGCCATATTCGTG : 77843

    26 : GlyIleTrpPheAlaIleLysGln{Le}  >>>> Target Intron 1 >>>>  {u} :    34
         |||||||||||||||:!!||||||{||}            59 bp            {|}
         GlyIleTrpPheAlaValLysGln{Le}                             {u}
 77844 : GGTATATGGTTCGCCGTCAAGCAG{TT}gt.........................ag{G} : 77931

    35 : PheLeuThrPheLeuAlaProPheThrGlyAsnAsnAsnGlnAla<->AsnProArgArg :    53
         |||  !:!!||||||:!!|||||||||||||||:!!|||...!.!   ||| !!||||||
         PheAlaSerPheLeuSerProPheThrGlyAsnAspAsnSerGlyAspAsnSerArgArg
 77932 : TTTGCATCGTTCCTGTCTCCATTCACTGGAAATGATAACAGCGGAGACAACTCCCGTCGC : 77989

    54 : GlyAsnGlyTrpGlyGlyGlyGlyGlyTrpGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGly :    73
         |||!:!||||||   |||.!!.!!.!!|||||||||||||||||||||||||||||||||
         GlySerGlyTrp---GlySerSerSerTrpGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGly
 77990 : GGAAGTGGATGG---GGAAGTAGCAGCTGGGGCGGAGGCGGAGGAGGAGGTGGTGGTGGT : 78046

    74 : GlyGly :    76
         ||||||
         GlyGly
 78047 : GGCGGA : 78055

vulgar: dSelG 6 76 . gnl|Dyak-washu-assembly_040407|Contig26.23 77786 78055 + 273 M 28 84 S 0 2 5 0 2 I 0 55 3 0 2 S 1 1 M 15 45 G 0 3 M 8 24 G 1 0 M 17 51