Command line: [exonerate -q dsps2nou_prot.fasta -t D_yak_secDNA_dsps2.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
Model: protein2genome
Raw score: 1751
Aligned positions 0->370 of query
Aligned positions 46972->48254 of target
Query: dSps2
Target: gi|49843312|gb|AAEU01002208.1| Drosophila yakuba strain Tai18E2 chromosome 2L Cont8.19, whole genome shotgun sequence
1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThr : 19
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MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThr
46973 : ATGTTTCAGCCAGAAAAACACGGCCTTGAGCCCGACTTTCAGCTAACTAAGTTCACCACC : 47029
20 : HisThrGlyUnkSerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr : 39
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HisThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr
47030 : CATACCGGGTGAAGTTGCAAAATCCCCCAGAAAGTACTGGAGAAGTACCTAAGGGGAACA : 47089
40 : GluIleGluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G} >>>> Target Intron : 52
|||||||||||||||!!.||||||||||||||||||{|} 60 bp
GluIleGluAsnLysLysAsnAspGlyTyrLeuIle{G}
47090 : GAAATAGAAAATAAGAAAAATGATGGATACCTTATC{G}gt................... : 47131
53 : 1 >>>> {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyr : 68
{||}||||||||||||||||||||||||||||||!:!||||||! !||||||
{ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuArgArgHisThrAspTyr
47132 : ......ag{GC}TCTGGAATGGACTGCGCAGTGATACCACTTAGGCGGCACACGGACTAT : 47236
69 : LeuLeuIleGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGly : 88
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LeuLeuIleGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGly
47237 : TTGCTTATTCAAACCGTTGACTTCTTTTATCCCATGGTTAATGATCCGGAATTACTAGGG : 47296
89 : ArgIleAlaLeuAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAsp : 108
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ArgIleAlaLeuAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAsp
47297 : CGTATTGCGTTGGCTAATGTTTTGAGTGATGTTTATGCGGTTGGGGTGACGCAGTTTGAT : 47356
109 : ThrValGluMetIleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValVal : 128
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ThrValGluMetIleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspThrVal
47357 : ACCGTGGAGATGATCGTCAGCACTTCGACGAGTTTCAGCGAGAAAGAACGCGACACTGTG : 47416
129 : IleGlyLeuValMetLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThr : 148
|||!.!|||||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleAlaLeuValMetGlnGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThr
47417 : ATTGCATTGGTGATGCAGGGTTTCCAAAACTCCCTAAAGGCAAATGGATATCGTAATACC : 47476
149 : ProLeuIleIleArgGlnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThr : 168
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ProLeuIleIleArgGlnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThr
47477 : CCGCTAATTATTAGACAACTGAAGATCAATCCCTGGTGCATTATTGGTGGCATAGCCACG : 47536
169 : SerValCysArgSerGluGluIleIle{Le} >>>> Target Intron 2 >>>> : 178
|||||||||||||||||||||||||||{||} 58 bp
SerValCysArgSerGluGluIleIle{Le}
47537 : TCTGTCTGCCGAAGCGAGGAAATAATA{CT}gt.........................ag : 47624
179 : {u}ProSerAsnAlaGlnProGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGln : 197
{|}|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
{u}ProSerAsnAlaGlnProGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGln
47625 : {A}CCGTCGAACGCGCAGCCTGGCGATGTTTTGGTCCTCACGAAACCCTTAGGTGGACAA : 47681
198 : MetAlaMetAspAlaHisLeuTrpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeu : 217
|||||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||||||||||| ! |||||||||
MetAlaMetAspAlaHisLeuTrpGlnLeuAsnLysThrGluLysTyrAspLysLeuLeu
47682 : ATGGCGATGGATGCCCACCTTTGGCAGCTTAACAAGACGGAAAAGTACGACAAACTGCTG : 47741
218 : SerGluCysSerAspAlaAspIleLysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThr : 237
|||||||||||||||! !||||||!:!|||||||||||||||||||||||||||||||||
SerGluCysSerAspAspAspIleArgGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThr
47742 : TCTGAATGTAGTGATGATGATATAAGAGAGACTTTTGAAATTGCTGTGAAGTCTATGACT : 47801
238 : TyrLeuAsnLysAsn{A} >>>> Target Intron 3 >>>> {la}AlaLeuLeu : 246
|||||||||||||||{|} 54 bp {||}|||||||||
TyrLeuAsnLysAsn{A} {la}AlaLeuLeu
47802 : TATTTAAACAAAAAT{G}gt.........................ag{CC}GCCCTTTTA : 47882
247 : MetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHis : 266
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MetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHis
47883 : ATGCACAAATATCAAGCGCACTGTGCCACTGACATTACCGGCTTTGGGCTACTGGGCCAC : 47942
267 : AlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLysGluLysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuPro : 286
|||!!.|||||||||:!!||||||:!!|||||||||! !|||||||||||||||||||||
AlaLysAsnLeuAlaGluPheGlnGlnGluLysValSerPheGlnIleAsnLysLeuPro
47943 : GCTAAAAATCTAGCCGAATTTCAACAAGAAAAGGTCTCATTCCAAATCAATAAGTTGCCC : 48002
287 : IleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLeuValGlyGlnSerThrLysPheArgSer : 306
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IleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLeuValGlyGlnSerThrLysPheArgSer
48003 : ATCATCAAAAATGTACTAAAATTCAGCACCTTGGTGGGCCAAAGCACAAAGTTTCGTTCT : 48062
307 : GlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCysLeuProAlaAspAlaAlaAsp : 326
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GlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCysLeuProAlaAspAlaAlaAsp
48063 : GGCAGATCGGTAGAAACCTCTGGAGGTCTCTTAATTTGCCTTCCCGCTGATGCCGCAGAT : 48122
327 : LysPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnGlyGluGlnLysSerPheGlnIleGly : 346
:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GlnPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnGlyGluGlnLysSerPheGlnIleGly
48123 : CAATTTTGCCGGGACTTTGAAGAAGCAACCAACGGAGAGCAAAAATCTTTTCAAATTGGA : 48182
347 : HisValThrAlaAlaAsnGluSerAspAlaValLeuCysGluAspValGluPheIleGlu : 366
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HisValIleAlaAlaAsnGlnSerAspAlaValLeuCysAspAsnValGluPheIleGlu
48183 : CACGTAATAGCCGCAAATCAGTCTGACGCAGTTCTGTGTGACAATGTAGAGTTTATCGAA : 48242
367 : ValSerLeu : 370
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ValSerLeu
48243 : GTTAGCCTT : 48254
vulgar: dSps2 0 370 . gi|49843312|gb|AAEU01002208.1| 46972 48254 - 1751 M 52 156 S 0 1 5 0 2 I 0 56 3 0 2 S 1 2 M 125 375 S 0 2 5 0 2 I 0 54 3 0 2 S 1 1 M 64 192 S 0 1 5 0 2 I 0 50 3 0 2 S 1 2 M 126 378