Command line: [exonerate -q dsps2nou_prot.fasta -t D_vir_secDNA_dsps2 -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
Model: protein2genome
Raw score: 1166
Aligned positions 0->370 of query
Aligned positions 163911->165379 of target
Query: dSps2
Target: gnl|Dvir-agencourt-run1029-asm|contig_2233
1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrT : 19
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MetPheGlnProGluAspHisGlyLeuGluAlaAspPheArgLeuThrMetPheSerT
163912 : ATGTTTCAACCTGAAGATCATGGCCTAGAGGCCGACTTTAGACTAACCATGTTCTCCA : 163968
20 : hrHisThrGlyUnkSerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGl : 38
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hrLeuArgGly***GlyCysLysValProGluGluLysLeuLysGlnTyrLeuArgGl
163969 : CCCTTCGAGGGTGAGGCTGCAAAGTCCCCGAAGAGAAGCTTAAACAATATCTCAGGGG : 164025
39 : yThrGluIleGluAsnLys<-><->AsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G} >>>> Ta : 52
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yThrGluIleValAsnAsnAlaProGlnHisAspAspAspPheIle{G}
164026 : AACAGAAATAGTTAACAATGCACCTCAACACGATGACGACTTTATT{G}gt....... : 164076
53 : rget Intron 1 >>>> {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysA : 64
235 bp {||}|||||||||||||||||||||||||||||| !|
{ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuAlaA
164077 : ..................ag{GA}TCTGGAATGGATTGCGCGGTTATACCCTTAGCAC : 164344
65 : rgHisLysAspTyrLeuLeuIleGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAs : 83
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rgHisLysGluTyrSerLeuValGlnThrValAspPhePheTyrProLeuValAspAs
164345 : GGCACAAGGAATATTCGCTAGTACAGACGGTTGATTTCTTTTATCCTCTGGTTGACGA : 164401
84 : pProGluLeuLeuGlyArgIleAlaLeuAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaVal : 102
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pProGluThrMetGlyArgIleAlaLeuAlaAsnValLeuSerAspIleTyrAlaVal
164402 : CCCCGAAACAATGGGTCGCATTGCCCTGGCCAATGTATTAAGTGACATATACGCTGTC : 164458
103 : GlyValThrGlnPheAspThrValGluMetIleValSerThrSerThrSerPheSerG : 122
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GlyIleThrAspIleAspLysIleGluMetLeuIleSerAlaProSerAsnMetThrG
164459 : GGAATAACGGACATTGACAAAATCGAAATGCTCATTAGTGCACCCTCAAACATGACAG : 164518
123 : luLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMetLysGlyPheGlnAsnSerLeuLy : 141
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luLysGlnArgAspIleValValProLeuIleMetLysGlyPheGlnArgAlaThrSe
164519 : AGAAGCAGCGAGATATTGTGGTTCCATTAATAATGAAAGGTTTCCAAAGGGCAACAAG : 164575
142 : sAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgGlnLeuLysIleAsnProTrp : 160
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rGlySerGlyCysCysGlyAsn---ValSerValLysAsnValIleLeuAsnProTrp
164576 : TGGCAGCGGGTGTTGTGGCAAT---GTCAGCGTCAAAAATGTTATCCTCAATCCCTGG : 164629
161 : CysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGluGluIleIle{Le} > : 178
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CysIleValGlyGlyIleAlaThrThrLeuCysArgLysGlnAspIleIle{Le}
164630 : TGCATTGTGGGAGGCATAGCTACAACACTTTGTCGAAAACAAGACATCATA{CT}gt. : 164687
179 : >>> Target Intron 2 >>>> {u}ProSerAsnAlaGlnProGlyAspValLe : 188
64 bp {|}|||||||||!.!:!! !!|||||||||||
{u}ProSerAsnGlyLysAlaGlyAspValLe
164688 : ........................ag{A}CCTTCAAATGGCAAGGCCGGAGATGTATT : 164777
189 : uValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuTrpGlnLeu : 207
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uValLeuThrLysProLeuGlyThrGlnLeuAlaThrAlaAlaHisIleTrpGlnLys
164778 : GGTGCTAACCAAGCCGCTTGGAACACAGCTGGCGACAGCTGCACACATTTGGCAGAAG : 164834
208 : AsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAspAlaAspIleLysG : 227
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GluLysAspAspLysTyrGluArgLeuLeuAlaAlaPheThrAspAspAspIleLeuG
164835 : GAGAAAGATGATAAATATGAAAGGCTGCTAGCTGCTTTTACGGACGACGACATATTGG : 164894
228 : luThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A} >>>> T : 243
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luThrPheGlnMetAlaIleLysSerMetThrTyrLeuAsnArgAsn{A}
164895 : AAACATTTCAAATGGCCATAAAATCGATGACATACCTCAACCGAAAT{G}gt...... : 164945
244 : arget Intron 3 >>>> {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCys : 254
56 bp {||}|||||||||||||||||||||:!!||||||..!
{la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGluAlaHisAla
164946 : ...................ag{CC}GCACTTCTTATGCACAAATACGAGGCGCATGCT : 165031
255 : AlaThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheG : 274
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AlaThrAspValThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaLysAsnLeuValGluPheG
165032 : GCAACTGATGTCACCGGCTTTGGTTTGCTGGGACATGCCAAGAACCTTGTTGAATTCC : 165091
275 : lnLysGluLysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLy : 293
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lnLysGlnProLeuLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLy
165092 : AGAAGCAGCCGCTTTTGTTTCAAATTAACAAATTGCCCATTATTAAAAATGTTCTTAA : 165148
294 : sPheSerThrLeuValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThr : 312
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sPheGlyGluLeuValGlyGlnSerThrLysLeuThrAlaGlyLysAlaValGluThr
165149 : ATTTGGCGAATTAGTCGGACAAAGCACAAAGTTAACGGCAGGCAAAGCCGTTGAGACA : 165205
313 : SerGlyGlyLeuLeuIleCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspP : 332
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SerGlyGlyLeuLeuIleCysLeuProArgAsnAlaAlaGluGlnPheCysGluGluP
165206 : TCTGGCGGACTTCTCATTTGCCTGCCAAGAAATGCAGCTGAACAGTTTTGCGAGGAGT : 165265
333 : heGluGluAlaThrAsnGlyGluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAl : 351
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heGluLysValThrAsnGlyAlaGlnLysAlaPheIleValGlyGlnValValGluAl
165266 : TTGAGAAAGTAACGAATGGAGCACAGAAGGCTTTTATTGTTGGTCAAGTTGTGGAAGC : 165322
352 : aAsnGluSerAspAlaValLeuCysGluAspValGluPheIleGluValSerLeu : 370
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aAspLysSerAlaValGluLeuAlaGluAsnValGluHisIleGluValSerLeu
165323 : CGATAAATCTGCAGTTGAATTGGCAGAAAATGTTGAGCATATCGAGGTTTCTCTT : 165379
vulgar: dSps2 0 370 . gnl|Dvir-agencourt-run1029-asm|contig_2233 163911 165379 + 1166 M 45 135 G 0 6 M 7 21 S 0 1 5 0 2 I 0 231 3 0 2 S 1 2 M 96 288 G 1 0 M 28 84 S 0 2 5 0 2 I 0 60 3 0 2 S 1 1 M 64 192 S 0 1 5 0 2 I 0 52 3 0 2 S 1 2 M 126 378