Command line: [exonerate -q dselM_prot.fasta -t D_vir_secDNA.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 272
  Aligned positions 0->128 of query
  Aligned positions 19920->20389 of target

Query: dSelM
Target: gnl|Dvir-agencourt-run1029-asm|contig_2170

     1 : MetProProLysArgAsnLysLysAlaGluAlaProIle  >>>> Target Intron  :    13
         |||||||||||||||  !|||||||||!   !!  !  !            70 bp   
         MetProProLysArgAlaLysLysAlaAlaProLysArg                    
 19921 : ATGCCGCCAAAGCGTGCTAAAAAGGCTGCCCCTAAACGTgt................... : 19961

    14 : 1 >>>>  AlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrV :    30
                  !!|||!!!!!:! !..!:!!! !|||||||||!.!  !||||||||||||:
                 ProGluSerGluGluSerLysAlaLeuAspProThrAsnProValLeuTyrI
 19962 : ......cgCCAGAAAGCGAGGAGTCCAAAGCGCTGGATCCTACTAATCCAGTGCTTTACA : 20080

    31 : alGluHisCysArgSerUnkArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaL :    50
         !!|||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         leGluHisCysArgSer***ArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaL
 20081 : TTGAGCATTGCCGCTCGTGACGAGTTTTTCGTCGTCGCGCCGAGGAGCTGCATTCCGCAC : 20140

    51 : euArgGluArg<-><-><-><->GlyLeuGln<->GlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaL :    65
         ||! !...!:!            |||! !! !   ||||||||||||||||||||||||!
         euLeuSerLysIleGlnAlaAlaGlyGlnProPheGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaG
 20141 : TGCTAAGTAAAATTCAAGCAGCAGGCCAGCCATTTCAGCTCCAATTGCAACTGAATGCCC : 20200

    66 : euGlyAlaProArgArgGlyAlaPheGluLeuSerLeuSerAla<->GlyGlyMetGlyL :    84
          !|||||||||||||||||||||||||||||||||!!!:!! !!     !  !!  ..!
         lnGlyAlaProArgArgGlyAlaPheGluLeuSerPheAlaProHisProThrThrAsnA
 20201 : AAGGAGCTCCAAGACGCGGCGCATTTGAGTTGTCCTTCGCCCCCCATCCCACAACAAATG : 20260

    85 : ysGlnGluGlnValAlaLeuTrpSerGlyLeuLysArgGlyProProArgAlaArgLysP :   104
           .!.||||||  ! !!:!!||||||||||||||||||    !!|||||||||!:!||||
         laAsnGluGlnArgProIleTrpSerGlyLeuLysArg---ThrProArgAlaGlnLysP
 20261 : CCAATGAGCAGCGTCCGATTTGGTCCGGTCTAAAACGC---ACACCGCGCGCCCAAAAGT : 20317

   105 : heProThrValGluGluValTyrAspArgIleValGlyIleLeuGlyAspGlnGlnGluS :   124
         |||||!.!|||!!:|||:!!|||.!.!:!||||||  !  !!!!..!|||! !..!:!!!
         heProAsnValAspGluMetTyrGlnGlnIleValGlnAlaPheAsnAspLeuSerGlnL
 20318 : TTCCCAATGTCGATGAAATGTATCAGCAAATAGTGCAGGCATTCAACGACCTGTCGCAAA : 20377

   125 : erLysGluGln :   128
         .!:!!.!.:!!
         ysGlnAsnLys
 20378 : AGCAAAACAAA : 20389

vulgar: dSelM 0 128 . gnl|Dvir-agencourt-run1029-asm|contig_2170 19920 20389 + 272 M 13 39 5 0 2 I 0 66 3 0 2 M 41 123 G 0 12 M 3 9 G 0 3 M 23 69 G 0 3 M 17 51 G 1 0 M 30 90