Command line: [exonerate -q dsps2nou_prot.fasta -t D_pse_secDNA222_dsps2.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff]
C4 Alignment display:
Model: protein2genome
Raw score: 1329
Aligned positions 0->370 of query
Aligned positions 82157->83279 of target
Query: dSps2
Target: gi|55845662|gb|AAFS01000222.1| Drosophila pseudoobscura strain MV2-25 3206479, whole genome shotgun sequence
1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThr : 19
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MetPheArgProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrAsnPheSerThr
82158 : ATGTTTCGGCCAGAAAAACATGGACTCGAGCCCGATTTTCAACTTACCAATTTTTCCACC : 82214
20 : HisThrGlyUnkSerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr : 39
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LeuArgGly***GlyCysLysIleProGlnAspValLeuThrLysTyrLeuArgGlyThr
82215 : CTCCGAGGATGAGGATGTAAAATCCCCCAAGATGTACTCACAAAGTACCTAAGGGGAACA : 82274
40 : GluIleGluAsnLysAsn<->AsnAspGlyTyrLeuIleGlySerGlyMetAspCysAla : 58
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GluIleValHisSerAsnGluAsnGluGluHisHisIleGlyAlaGlyMetAspCysAla
82275 : GAAATAGTCCATTCCAACGAAAATGAAGAACACCACATCGGCGCCGGAATGGACTGTGCC : 82334
59 : ValIleProLeuLys<-><->ArgHis<->LysAspTyrLeuLeuIleGlnThrValAsp : 75
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ValIleProLeuAsnSerThrArgHisGlyGlyGluTyrLeuLeuAlaGlnThrValAsp
82335 : GTTATACCACTCAACTCAACTCGGCACGGAGGAGAATATCTGCTGGCACAAACTGTCGAC : 82394
76 : PhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaLeuAlaAsnVal : 95
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PhePheTyrProLeuValAsnAspProGluAlaLeuGlyArgIleThrLeuAlaAsnVal
82395 : TTCTTTTATCCATTGGTAAATGATCCGGAAGCATTGGGACGAATCACGCTGGCCAATGTC : 82454
96 : LeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMetIleValSer : 115
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LeuSerAspLeuTyrAlaValGlyValThrAspIleAspSerIleGluMetIleIleSer
82455 : TTGAGTGATTTATATGCCGTTGGTGTGACCGACATTGACTCGATAGAAATGATAATAAGT : 82514
116 : ThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMetLysGly : 135
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ValSerThrGluPheThrSerLysGlnArgAspValValThrSerLeuIleIleGlnGly
82515 : GTATCGACGGAATTTACGAGCAAACAACGTGATGTTGTTACATCTTTAATCATACAGGGT : 82574
136 : PheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgGlnLeu : 155
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PheArgLysAlaLeuAlaThrAsnGlyTyrAsnGlnValHisLeuLysLeuArgGluLeu
82575 : TTTCGAAAAGCATTGGCAACAAATGGCTACAACCAAGTCCACTTAAAACTGAGGGAATTA : 82634
156 : LysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGluGlu : 175
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LysLeuAsnProTrpCysIleValGlyGlyValAlaThrSerValCysLeuLysAspGlu
82635 : AAGCTTAATCCTTGGTGCATCGTTGGCGGCGTAGCGACTTCTGTCTGCCTAAAGGATGAA : 82694
176 : IleIleLeuProSerAsnAlaGlnProGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGly : 195
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IleIlePheProSerAsnGlyArgProGlyAspAlaLeuValLeuThrLysProLeuGly
82695 : ATAATATTTCCATCTAATGGGCGACCGGGAGATGCTTTGGTACTTACAAAGCCACTGGGT : 82754
196 : GlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuTrpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLys : 215
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ThrGlnLeuAlaThrAsnAlaHisIleTrpGlnLeuAsnGlnThrAspLysTyrLysThr
82755 : ACACAGCTGGCGACAAATGCTCATATTTGGCAACTTAATCAGACTGATAAGTACAAAACC : 82814
216 : LeuLeuSerGluCysSerAspAlaAspIleLysGluThrPheGluIleAlaValLysSer : 235
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LeuLeuThrLysPheThrAspLysGluIleLeuGluThrPheGluMetAlaLeuLysSer
82815 : CTCCTGACGAAATTCACAGATAAGGAGATACTCGAGACCTTTGAAATGGCACTGAAGTCG : 82874
236 : MetThrTyrLeuAsnLysAsnAlaAlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAla : 255
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MetThrTyrLeuAsnLysThrAlaAlaArgLeuMetHisLysTyrArgAlaHisCysAla
82875 : ATGACATATTTAAACAAAACCGCTGCACGCTTAATGCACAAGTATCGGGCGCACTGTGCC : 82934
256 : ThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLys : 275
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ThrAspValThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaLysAsnLeuAlaGlnPheGlnLys
82935 : ACAGATGTTACAGGATTTGGTTTACTTGGTCATGCCAAAAACCTTGCACAATTCCAAAAA : 82994
276 : GluLysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPheSer : 295
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AspLysValLeuPheLysIleAsnArgLeuProIleIleLysAsnValValLysPheSer
82995 : GACAAGGTCTTATTTAAGATCAACAGATTGCCAATTATCAAAAATGTTGTCAAGTTTAGC : 83054
296 : ThrLeuValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyGly : 315
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ThrLeuIleAspGlnSerSerLysLeuLeuAlaGlyLysSerValGluThrSerGlyGly
83055 : ACTCTAATTGACCAAAGCTCCAAATTACTTGCTGGAAAATCGGTAGAAACATCTGGCGGT : 83114
316 : LeuLeuIleCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAla : 335
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LeuLeuIleSerLeuSerProGluAlaAlaAspGlnPheCysCysGluPheAsnGluIle
83115 : CTATTAATTTCCCTTTCGCCGGAAGCAGCAGACCAATTTTGCTGCGAATTCAATGAAATT : 83174
336 : ThrAsnGlyGluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAlaAsnGluSerAsp : 355
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ThrLysGlyGluGlnLysAlaPheLysIleGlyCysValGluGluAlaAsnGluSerAsp
83175 : ACAAAAGGCGAACAAAAGGCATTCAAAATTGGATGCGTCGAAGAAGCAAATGAGTCCGAT : 83234
356 : AlaValLeuCysGluAspValGluPheIleGluValSerLeu : 370
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AlaValLeuAlaAspHisValGluTyrIleGluValSerLeu
83235 : GCAGTGCTAGCAGATCATGTAGAATACATCGAAGTCAGTCTT : 83279
vulgar: dSps2 0 370 . gi|55845662|gb|AAFS01000222.1| 82157 83279 - 1329 M 46 138 G 0 3 M 18 54 G 0 6 M 2 6 G 0 3 M 304 912
Command line: [exonerate -q dsps2nou_prot.fasta -t D_pse_secDNA230_dsps2.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
Model: protein2genome
Raw score: 1329
Aligned positions 0->370 of query
Aligned positions 82145->83267 of target
Query: dSps2
Target: gi|40362229|gb|AADE01000230.1| Drosophila pseudoobscura strain MV2-25 chromosome 4 Cont3523, whole genome shotgun sequence
1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThr : 19
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MetPheArgProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrAsnPheSerThr
82146 : ATGTTTCGGCCAGAAAAACATGGACTCGAGCCCGATTTTCAACTTACCAATTTTTCCACC : 82202
20 : HisThrGlyUnkSerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr : 39
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LeuArgGly***GlyCysLysIleProGlnAspValLeuThrLysTyrLeuArgGlyThr
82203 : CTCCGAGGATGAGGATGTAAAATCCCCCAAGATGTACTCACAAAGTACCTAAGGGGAACA : 82262
40 : GluIleGluAsnLysAsn<->AsnAspGlyTyrLeuIleGlySerGlyMetAspCysAla : 58
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GluIleValHisSerAsnGluAsnGluGluHisHisIleGlyAlaGlyMetAspCysAla
82263 : GAAATAGTCCATTCCAACGAAAATGAAGAACACCACATCGGCGCCGGAATGGACTGTGCC : 82322
59 : ValIleProLeuLys<-><->ArgHis<->LysAspTyrLeuLeuIleGlnThrValAsp : 75
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ValIleProLeuAsnSerThrArgHisGlyGlyGluTyrLeuLeuAlaGlnThrValAsp
82323 : GTTATACCACTCAACTCAACTCGGCACGGAGGAGAATATCTGCTGGCACAAACTGTCGAC : 82382
76 : PhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaLeuAlaAsnVal : 95
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PhePheTyrProLeuValAsnAspProGluAlaLeuGlyArgIleThrLeuAlaAsnVal
82383 : TTCTTTTATCCATTGGTAAATGATCCGGAAGCATTGGGACGAATCACGCTGGCCAATGTC : 82442
96 : LeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMetIleValSer : 115
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LeuSerAspLeuTyrAlaValGlyValThrAspIleAspSerIleGluMetIleIleSer
82443 : TTGAGTGATTTATATGCCGTTGGTGTGACCGACATTGACTCGATAGAAATGATAATAAGT : 82502
116 : ThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMetLysGly : 135
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ValSerThrGluPheThrSerLysGlnArgAspValValThrSerLeuIleIleGlnGly
82503 : GTATCGACGGAATTTACGAGCAAACAACGTGATGTTGTTACATCTTTAATCATACAGGGT : 82562
136 : PheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgGlnLeu : 155
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PheArgLysAlaLeuAlaThrAsnGlyTyrAsnGlnValHisLeuLysLeuArgGluLeu
82563 : TTTCGAAAAGCATTGGCAACAAATGGCTACAACCAAGTCCACTTAAAACTGAGGGAATTA : 82622
156 : LysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGluGlu : 175
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LysLeuAsnProTrpCysIleValGlyGlyValAlaThrSerValCysLeuLysAspGlu
82623 : AAGCTTAATCCTTGGTGCATCGTTGGCGGCGTAGCGACTTCTGTCTGCCTAAAGGATGAA : 82682
176 : IleIleLeuProSerAsnAlaGlnProGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGly : 195
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IleIlePheProSerAsnGlyArgProGlyAspAlaLeuValLeuThrLysProLeuGly
82683 : ATAATATTTCCATCTAATGGGCGACCGGGAGATGCTTTGGTACTTACAAAGCCACTGGGT : 82742
196 : GlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuTrpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLys : 215
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ThrGlnLeuAlaThrAsnAlaHisIleTrpGlnLeuAsnGlnThrAspLysTyrLysThr
82743 : ACACAGCTGGCGACAAATGCTCATATTTGGCAACTTAATCAGACTGATAAGTACAAAACC : 82802
216 : LeuLeuSerGluCysSerAspAlaAspIleLysGluThrPheGluIleAlaValLysSer : 235
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LeuLeuThrLysPheThrAspLysGluIleLeuGluThrPheGluMetAlaLeuLysSer
82803 : CTCCTGACGAAATTCACAGATAAGGAGATACTCGAGACCTTTGAAATGGCACTGAAGTCG : 82862
236 : MetThrTyrLeuAsnLysAsnAlaAlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAla : 255
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MetThrTyrLeuAsnLysThrAlaAlaArgLeuMetHisLysTyrArgAlaHisCysAla
82863 : ATGACATATTTAAACAAAACCGCTGCACGCTTAATGCACAAGTATCGGGCGCACTGTGCC : 82922
256 : ThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLys : 275
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ThrAspValThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaLysAsnLeuAlaGlnPheGlnLys
82923 : ACAGATGTTACAGGATTTGGTTTACTTGGTCATGCCAAAAACCTTGCACAATTCCAAAAA : 82982
276 : GluLysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPheSer : 295
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AspLysValLeuPheLysIleAsnArgLeuProIleIleLysAsnValValLysPheSer
82983 : GACAAGGTCTTATTTAAGATCAACAGATTGCCAATTATCAAAAATGTTGTCAAGTTTAGC : 83042
296 : ThrLeuValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyGly : 315
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ThrLeuIleAspGlnSerSerLysLeuLeuAlaGlyLysSerValGluThrSerGlyGly
83043 : ACTCTAATTGACCAAAGCTCCAAATTACTTGCTGGAAAATCGGTAGAAACATCTGGCGGT : 83102
316 : LeuLeuIleCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAla : 335
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LeuLeuIleSerLeuSerProGluAlaAlaAspGlnPheCysCysGluPheAsnGluIle
83103 : CTATTAATTTCCCTTTCGCCGGAAGCAGCAGACCAATTTTGCTGCGAATTCAATGAAATT : 83162
336 : ThrAsnGlyGluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAlaAsnGluSerAsp : 355
|||!!.||||||||||||:!!|||:!!|||||| !||| !! !|||||||||||||||
ThrLysGlyGluGlnLysAlaPheLysIleGlyCysValGluGluAlaAsnGluSerAsp
83163 : ACAAAAGGCGAACAAAAGGCATTCAAAATTGGATGCGTCGAAGAAGCAAATGAGTCCGAT : 83222
356 : AlaValLeuCysGluAspValGluPheIleGluValSerLeu : 370
|||||||||...!!: !!||||||!:!|||||||||||||||
AlaValLeuAlaAspHisValGluTyrIleGluValSerLeu
83223 : GCAGTGCTAGCAGATCATGTAGAATACATCGAAGTCAGTCTT : 83267
vulgar: dSps2 0 370 . gi|40362229|gb|AADE01000230.1| 82145 83267 + 1329 M 46 138 G 0 3 M 18 54 G 0 6 M 2 6 G 0 3 M 304 912