Command line: [exonerate -q dsps2nou_prot.fasta -t D_moj_secDNA_dsps2 -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
Model: protein2genome
Raw score: 1136
Aligned positions 0->370 of query
Aligned positions 5882->7489 of target
Query: dSps2
Target: gnl|Dmov-agencourt-run0811-asm|contig_181
1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThrHi : 20
||||||||||||||| ! |||||||||||| !!||||||!::||||||! !|||:!!|||!
MetPheGlnProGluAspHisGlyLeuGluAlaAspPheArgLeuThrMetPheSerThrLe
5883 : ATGTTTCAGCCAGAAGATCACGGGCTAGAGGCGGATTTTCGCCTAACCATGTTTTCCACTCT : 5942
21 : sThrGlyUnkSerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThrGluI : 41
!||| .!!||||||:!!|||:!!:!! !|||:!!:!!||||||! !||||||||||
uArgGly***GlyCysLysValProGluGluLysLeuLysGlnTyrLeuThrGlyThrGluI
5943 : GCGCGGGTGAGGATGCAAAGTCCCCGAAGAGAAGCTTAAGCAATATCTCACGGGAACAGAAA : 6005
42 : le<->GluAsn<-><->LysAsnAsnAspGlyTyrLeu{I} >>>> Target Intron : 51
|| ...||| ||||||||||||! !|||:!!{ } 199 bp
leValSerAsnAlaProLysAsnAsnAspAspTyrIle{G}
6006 : TAGTTAGTAATGCTCCTAAAAATAATGATGACTATATT{G}gt................... : 6047
52 : 1 >>>> {le}GlySerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTy : 68
{ !}||||||||||||||||||||||||:!!||||||..!||||||! |||||
{lu}GlySerGlyMetAspCysAlaValValProLeuSerArgHisThrAspTy
6048 : ......aa{AA}GGATCTGGAATGGATTGCGCGGTTGTACCTTTATCACGGCATACCGACTA : 6294
69 : rLeuLeuIleGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyA : 89
|! !|||:!!||||||||||||||||||||||||:!:|||:!!||||||||| !:!!||||
rSerLeuValGlnThrValAspPhePheTyrProLeuValAspAspProGluThrMetGlyA
6295 : TTCGCTCGTACAGACTGTTGACTTCTTTTATCCTCTAGTTGACGATCCCGAAACAATGGGCC : 6357
90 : rgIleAlaLeuAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThr : 109
||||||||!!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.!..!!|||! !
rgIleAlaPheAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrAspIleAspLys
6358 : GCATAGCTTTTGCCAATGTTTTGAGTGATGTATACGCTGTTGGCGTCACGGATATCGATAAA : 6417
110 : ValGluMetIleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGl : 130
:!!||||||:!!:!!|||.!! !!:!!!:!.!.!!!||||||:!!||||||:!!|||:!!
IleGluMetLeuIleSerAlaProSerAsnLeuThrGluLysGlnArgAspIleValValPr
6418 : ATCGAAATGCTTATTAGTGCGCCTTCAAATCTGACAGAGAAGCAGCGAGATATTGTGGTTCC : 6480
131 : yLeuValMetLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuI : 151
!|||:!!:!:||||||||||||!..:!!! !!.. !!:!|||! ! !..!!.! :!!!
oLeuIleValLysGlyPheGlnArgAlaSerSerAsnSerGlyCysTyrGlyAsn---ValT
6481 : CCTGATTGTCAAAGGCTTCCAGAGAGCATCGAGCAACAGCGGCTGTTATGGCAAT---GTGA : 6540
152 : leIleArgGlnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCys : 171
!|||!:!.!.:!!! ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||
hrIleLysAsnValIleIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrAlaValCys
6541 : CTATAAAAAATGTTATTATTAATCCTTGGTGTATTATTGGCGGCATTGCGACTGCCGTTTGC : 6600
172 : ArgSerGluGluIleIle{Le} >>>> Target Intron 2 >>>> {u}ProSerAs : 181
! !!.!:!!!!:||||||{||} 70 bp {|}||||||||
LeuLysGlnAspIleIle{Le} {u}ProSerAs
6601 : CTAAAGCAAGACATTATA{TT}gt.........................ag{A}CCCTCAAA : 6700
182 : nAlaGlnProGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspA : 202
|!.!:!! !!||||||||||||:!!|||||||||||||||||| !|||:!:|||! !..!|
nGlyLysAlaGlyAspValLeuIleLeuThrLysProLeuGlyThrGlnLeuAlaThrSerA
6701 : CGGCAAAGCTGGCGATGTCCTGATACTAACGAAGCCACTTGGCACACAGCTAGCAACGAGTG : 6763
203 : laHisLeuTrpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAsp : 222
||!!.:!!|||||| !.!.:!!!.!|||||||||:!!|||||||||!!!|||! !!!!..!
laGlnIleTrpGlnLysGluLysAsnGluLysTyrGluLysLeuLeuThrGluTyrThrSer
6764 : CTCAAATTTGGCAGAAGGAAAAAAATGAAAAGTATGAAAAGCTGCTAACTGAGTATACGAGC : 6823
223 : AlaAspIleLysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A : 243
! !||||||! !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||::!|||{|
GluAspIleMetGluThrPheGluIleAlaIleLysSerMetThrTyrLeuAsnArgAsn{A
6824 : GAAGATATCATGGAAACATTTGAAATAGCAATAAAATCTATGACATATCTCAATCGAAAC{G : 6886
244 : } >>>> Target Intron 3 >>>> {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaH : 253
} 222 bp {||}|||||||||||| ! ||||||:!!||||
} {la}AlaLeuLeuMetLysLysTyrGluAlaH
6887 : }gt.........................ag{CT}GCTTTGCTAATGAAGAAGTACGAAGCGC : 7138
254 : isCysAlaThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPhe : 273
||..!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||!!.||||||!.!:!!|||
isAlaAlaThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaLysAsnLeuValGluPhe
7139 : ATGCTGCAACAGATATCACGGGATTCGGTTTGCTGGGACATGCCAAAAATCTGGTTGAGTTT : 7198
274 : GlnLysGluLysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPh : 294
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GlnLysGluSerLeuLeuPheGluIleHisLysLeuProValIleLysAsnValLeuArgPh
7199 : CAGAAGGAGTCGCTTCTATTTGAAATTCACAAATTGCCTGTCATAAAAAACGTTTTAAGGTT : 7261
295 : eSerThrLeuValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyG : 315
|.!! !||||||||||||!!!||||||.!.!:!:!!|||!:!:!!||||||||||||||||
eGlyGluLeuValGlyGlnCysThrLysLeuLysAlaGlyLysAlaValGluThrSerGlyG
7262 : TGGCGAATTAGTTGGACAATGTACAAAACTAAAAGCTGGCAAGGCCGTTGAAACATCTGGTG : 7324
316 : lyLeuLeuIleCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAla : 335
||||||||||||||||| ! !!!!:||||||!!::!!|||||| !!!:|||! !:!! !
lyLeuLeuIleCysLeuSerProGluAlaAlaGluGluPheCysValGluPheAlaLysLeu
7325 : GATTACTCATTTGTCTAAGCCCTGAAGCAGCTGAAGAATTTTGTGTGGAGTTTGCAAAATTG : 7384
336 : ThrAsnGlyGluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAlaAsnGluSerAspAl : 356
|||||||||! !||||||:!!||| ||||||.!.|||! !! !||| !:!!|||! !||
ThrAsnGlyAlaGlnLysAlaPheValIleGlyGluValLysAspAlaValLysSerValAl
7385 : ACAAATGGAGCACAAAAGGCCTTTGTTATTGGCGAAGTTAAAGATGCGGTTAAATCTGTTGC : 7447
357 : aValLeuCysGluAspValGluPheIleGluValSerLeu : 370
| !|||..!|||:!!||||||.!!|||||||||||||||
aLysLeuAlaGluAsnValGluLeuIleGluValSerLeu
7448 : AAAATTGGCTGAAAATGTTGAACTCATTGAGGTATCACTT : 7489
vulgar: dSps2 0 370 . gnl|Dmov-agencourt-run0811-asm|contig_181 5882 7489 - 1136 M 42 126 G 0 3 M 2 6 G 0 6 M 7 21 S 0 1 5 0 2 I 0 195 3 0 2 S 1 2 M 97 291 G 1 0 M 28 84 S 0 2 5 0 2 I 0 66 3 0 2 S 1 1 M 64 192 S 0 1 5 0 2 I 0 218 3 0 2 S 1 2 M 126 378