Command line: [exonerate -q dselM_prot.fasta -t D_ere_secDNA.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
Model: protein2genome
Raw score: 708
Aligned positions 0->249 of query
Aligned positions 11711->12538 of target
Query: dSelM
Target: gnl|Dere-agencourt-run1028-asm|contig_8152
1 : MetProProLysArgAsnLysLysAlaGlu >>>> Target Intron 1 >>>> A : 10
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MetProProLysArgThrLysLysAlaGlu A
11712 : ATGCCACCGAAACGGACCAAAAAAGCTGAGgt.........................agG : 11800
11 : laProIleAlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrV : 30
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laProValAlaGluArgAspAlaAlaGluGluLeuAspProAsnLysProAlaLeuTyrI
11801 : CGCCAGTCGCTGAGCGGGATGCAGCCGAAGAGTTGGATCCCAATAAGCCGGCGCTATACA : 11860
31 : alGluHisCysArgSerUnkArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaL : 50
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leGluHisCysArgSer***ArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaL
11861 : TAGAGCACTGCCGATCCTGACGAGTCTTTCGTCGTCGAGCGGAGGAGCTGCACTCCGCTC : 11920
51 : euArgGluArgGlyLeuGlnGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgA : 70
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euGlnGluArgGlyLeuGlnHisLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgA
11921 : TGCAGGAGCGTGGGCTCCAACACCTTCAGCTCCAGCTGAATGCACTTGGAGCACCTCGGC : 11980
71 : rgGlyAlaPheGluLeuSerLeuSerAlaGlyGlyMetGlyLysGlnGluGlnValAlaL : 90
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rgGlyAlaPheGluLeuSerLeuCysAla---GlyMetGlyLysGlnGluGlnValAlaL
11981 : GAGGAGCCTTCGAGTTGAGCTTATGCGCC---GGAATGGGGAAACAGGAGCAGGTTGCAC : 12037
91 : euTrpSerGlyLeuLysArgGlyProProArgAlaArgLysPheProThrValGluGluV : 110
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euTrpSerGlyLeuLysArgGlyProProArgAlaLeuLysPheProThrValGluGluV
12038 : TTTGGTCGGGTCTAAAGCGCGGTCCACCACGCGCCCTAAAGTTTCCCACTGTGGAGGAGG : 12097
111 : alTyrAspArgIleValGlyIleLeuGlyAspGlnGlnGluSerLysGluGlnIleAsnT : 130
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alTyrAspArgIleValGlyIleLeuGlyAspGlnGlnValSerLysAspLeuThrAsnT
12098 : TATACGATCGAATTGTAGGGATTCTGGGTGACCAGCAGGTGTCCAAGGATCTGACCAACA : 12157
131 : hrGlnLysLeuSerLysIleAspLeuProGlySerGluAlaLeuAlaSerProLysLysS : 150
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hrGlnLysProProLysValAspValProGlnProGluThrPheThrSerProLysAsnP
12158 : CGCAGAAGCCGCCTAAAGTGGATGTACCGCAGCCTGAGACTTTCACATCCCCAAAAAATC : 12217
151 : erGluSerThrGluGluAlaGlnGluAsnGluAla >>>> Target Intron 2 >> : 162
!!||||||! !.!.! !:!! !|||.!. ! ! 66 bp
roGluSerLysAsnValSerThrGluGluProGln
12218 : CGGAGTCCAAGAACGTGTCCACAGAGGAACCACAGgg....................... : 12255
163 : >> ProThrSerThrSerThrSerArgLysSerLysLysGluGlnLysSerGluGluGl : 180
!! ! ! !!! !||||||!!!|||||||||!:!:!!|||||||||||||||||
LysLysValProLeuThrSerSerLysSerLysArgLysGlnLysSerGluGluGl
12256 : ..aaAAAAAGGTACCTTTAACTTCGAGTAAATCCAAAAGGAAGCAAAAATCGGAGGAAGA : 12373
181 : uProThrGlnValAspSerLysGluAlaLysGlnSerLysGluLeuValLysThrLysAr : 200
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uProProGlnValAspSerLysLysAlaThrGlnSerAsnGluLeuProLysThrLys--
12374 : GCCACCTCAAGTCGATTCAAAAAAAGCAACGCAATCCAATGAGTTGCCCAAAACGAAA-- : 12433
201 : gGlnProLysAlaGlnLysLysGlnAlaLysAlaSerGluSerGlnGluGluValAlaGl : 220
||||||||||||:!!|||||
----------------------------------------SerGlnGluGluIleAlaGl
12434 : ----------------------------------------TCCCAAGAAGAAATCGCTGA : 12451
221 : uAspLysProProSerSerGlnLysArgLysArgThrThrArgSerSerThrAspGluAl : 240
|!!:||||||! !||||||!!.|||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||
uGluLysProGlnSerSerHisLysArgLysArgThrThrArgSerSerThrAspLysAl
12452 : AGAGAAGCCCCAATCCAGCCATAAACGGAAACGGACCACCAGGTCCTCCACAGACAAAGC : 12511
241 : aThrAlaGlyAlaLysArgArgArg : 249
||||!.! !||||||||||||!:!
aThrValThrAlaLysArgArgLys
12512 : TACTGTCACTGCCAAGCGGAGGAAG : 12538
vulgar: dSelM 0 249 . gnl|Dere-agencourt-run1028-asm|contig_8152 11711 12538 - 708 M 10 30 5 0 2 I 0 55 3 0 2 M 70 210 G 1 0 M 81 243 5 0 2 I 0 62 3 0 2 M 38 114 G 14 0 M 35 105