Command line: [exonerate -q dsps2nou_prot.fasta -t A_gam_secDNATALLADA1_dsps2 -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
Model: protein2genome
Raw score: 791
Aligned positions 0->368 of query
Aligned positions 79971->99474 of target
Query: dSps2
Target: A_gam_secDNATALLADA1_dsps2
1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThr : 19
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MetPheLysProGluSerTyrGlyLeuSerHisAspPheArgLeuThrLysPheSerThr
79972 : ATGTTTAAACCGGAAAGTTATGGCCTCAGCCATGACTTTCGCCTCACCAAATTCTCCACC : 80028
20 : HisThrGlyUnkSerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr : 39
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LeuArgGly***GlySerLysValProGlnAspValLeuAsnArgLeuLeuAlaGlyVal
80029 : CTGCGGGGGTGAGGCTCGAAAGTTCCTCAAGATGTTCTAAACCGACTTCTTGCAGGAGTG : 80088
40 : GluIleGluAsn >>>> Target Intron 1 >>>> LysAsnAsnAspGlyTyrL : 50
! !|||.!. 89 bp ! ! |||! ..!! !:
TyrGlyGluGln His***AsnValSerSerI
80089 : TACGGAGAGCAGct.........................tgCATTAAAATGTATCTTCCA : 80210
51 : euIleGlySerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyrLeuL : 70
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leAlaGlyIleGlyLeuAspSerSerValIleAlaLeuLys---His---AspLeuPheL
80211 : TTGCAGGAATTGGATTGGATTCGTCGGTAATTGCGCTCAAA---CAC---GACCTTTTCC : 80264
71 : euIleGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgI : 90
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euValGlnSerValAspPhePheTyrProLeuIleAspAspProPheMetLeuGlyLysI
80265 : TGGTGCAGTCGGTCGATTTCTTCTACCCGCTGATCGACGATCCGTTCATGCTGGGGAAGA : 80324
91 : leAlaLeuAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrV : 110
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leAlaLeuAlaAsnValValSerAspValPheAlaValGlyAlaThrGluIleAspGlnI
80325 : TCGCGCTCGCGAACGTTGTCAGCGATGTGTTCGCTGTCGGGGCGACGGAAATCGACCAAA : 80384
111 : alGluMetIleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleG : 130
!!:!!:!!||||||!!!.!! !!|||..!|||!!!|||:!!||||||!!:||||||:!!
leLysLeuIleValThrAlaProThrGluPheThrGluGlnGluArgGluValValValP
80385 : TCAAGCTGATCGTTACCGCACCGACCGAGTTCACCGAGCAGGAGCGCGAGGTGGTGGTAC : 80444
131 : lyLeuValMetLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProL : 150
!:!!||||||:!!||||||! !.!.:!! !|||||| !!|||.!!|||:
roMetValMetGlnGlyPheLeuGluAlaAlaLysAla---------CysAsnAlaProV
80445 : CGATGGTGATGCAGGGCTTTCTGGAGGCGGCCAAAGCG---------TGCAACGCGCCGG : 80495
151 : euIleIleArgGlnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerV : 170
!! ||| !!...:!! ! ||||||||||||:!!||||||||| !|||:!!:!!|
alGlnIleGlySerIleAlaGluAsnProTrpCysValIleGlyGlyAlaAlaSerAlaV
80496 : TCCAGATCGGCAGCATTGCGGAGAACCCGTGGTGCGTTATTGGCGGTGCTGCCTCCGCTG : 80555
171 : alCysArgSerGluGluIleIle{Le} >>>> Target Intron 2 >>>> {u}P : 179
|||||!.! !!..!|||:!:|||{:!} 68 bp {!}|
alCysHisArgSerGluLeuIle{Me} {t}P
80556 : TCTGCCATCGTTCGGAGCTGATA{AT}gt.........................ag{G}C : 80650
180 : roSerAsnAlaGlnProGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetA : 199
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roTyrAsnAlaGlnProGlyAspAlaLeuValLeuThrLysProLeuGlyThrGlnLeuA
80651 : CTTACAACGCACAACCAGGCGATGCGCTAGTGCTAACCAAACCGCTCGGCACCCAGCTCG : 80710
200 : laMetAspAlaHisLeuTrpGln<->LeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuS : 218
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laThrAsnAlaTyrIleTrpMetGlyGluGlnGlnSerAspSerTrpAlaGlnLeuArgG
80711 : CCACGAACGCGTACATCTGGATGGGCGAACAGCAGTCGGACAGCTGGGCCCAGCTGCGGG : 80770
219 : erGluCysSerAspAlaAspIleLysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrT : 238
.!..!! !!!!! |||||||||:!!:!!|||!:!..!||||||:!!:!!||||||:!!
luArgPheThrValAlaAspIleGluGlnThrTyrArgIleAlaLeuGluSerMetSerA
80771 : AACGGTTCACCGTGGCCGATATCGAGCAGACGTACCGGATCGCGCTGGAATCGATGTCCC : 80830
239 : yrLeuAsnLysAsnAlaAlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaThrAspI : 258
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rgLeuAsnLysThrGlyAlaGluLeuMetLysLysTyrGlyAlaHisAlaAlaThrAspV
80831 : GGCTGAACAAAACCGGTGCCGAGCTGATGAAAAAGTACGGCGCACACGCGGCTACCGATG : 80890
259 : leThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLysGluLysV : 278
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alThrGlyPheGlyLeuTyrGlyHisAlaGluAsnLeuAlaSerHisGlnThrAlaAspV
80891 : TGACGGGTTTCGGGCTGTACGGGCACGCGGAAAACTTGGCATCGCACCAGACGGCCGACG : 80950
279 : alLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLeuV : 298
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alAspPheHisLeuAspThrLeuProIleIleLysAsnValArgGluIleAlaGluThrL
80951 : TAGATTTCCATCTCGACACGCTGCCCATCATTAAAAATGTGCGCGAAATTGCGGAAACGC : 81010
299 : alGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuI : 318
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euGlyArgGlyAlaLysLeuLeuAlaGlyLysAlaValGluThrSerGlyGlyLeuLeuI
81011 : TCGGGCGCGGCGCCAAGTTGCTGGCGGGGAAGGCGGTCGAAACGAGCGGCGGGTTGCTGA : 81070
319 : leCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnG : 338
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leCysLeuProArgGluAlaAlaAlaGlyPheCysGluGluTyrArgArgCysThrLysH
81071 : TTTGTTTGCCCCGCGAGGCGGCGGCCGGCTTCTGCGAGGAGTACAGACGGTGTACCAAGC : 81130
339 : lyGluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisVal >>>> Target Intron 3 >>>> : 349
!||| :!!!:: :!:||||||||| 18260 bp
isGlu------AlaTrpIleValGlyHisVal
81131 : ACGAG------GCTTGGATTGTGGGGCATGTGga.........................a : 99415
350 : ThrAlaAlaAsnGluSerAspAlaValLeuCysGluAspValGluPheIleGluVal : 368
..!|||||||||!!:||||||!.!||| !|||!!: !!..!!::|||! !:!!
ValAlaAlaAsnAspSerAspValValAspCysAspProPheSerTrpIleAlaIle
99416 : cGTAGCTGCAAACGATTCAGACGTAGTTGATTGCGATCCATTCTCATGGATTGCGATC : 99474
vulgar: dSps2 0 368 . A_gam_secDNATALLADA1_dsps2 79971 99474 - 791 M 44 132 5 0 2 I 0 85 3 0 2 M 20 60 G 1 0 M 1 3 G 1 0 M 76 228 G 3 0 M 32 96 S 0 2 5 0 2 I 0 64 3 0 2 S 1 1 M 28 84 G 0 3 M 133 399 G 2 0 M 7 21 5 0 2 I 0 18256 3 0 2 M 19 57