#!/usr/bin/perl -w

use strict;



if (scalar(@ARGV) < 1) {                                             #avisar si no has escrit el nom del fitxer
   print STDERR "T'has oblidat de posar el nom dels fitxer!!!\n";
   exit(1);

}

my $nomfitxersnps = $ARGV[0];


if (!open(SNP,"< $nomfitxersnps")) {                      #avisar si no s'obre el fitxer refGene 
      print STDERR "Impossible obrir $nomfitxersnps\n";
      exit(1);
}

my $chro;
my $inicisnp;
my $chr1 = 0;
my $chr2 = 0;
my $chr3 = 0;
my $chr4 = 0;
my $chr5 = 0;
my $chr6 = 0;
my $chr7 = 0;
my $chr8 = 0;
my $chr9 = 0;
my $chr10 = 0;
my $chr11= 0;
my $chr12 = 0;
my $chr13 = 0;
my $chr14 = 0;
my $chr15 = 0;
my $chr16 = 0;
my $chr17 = 0;
my $chr18 = 0;
my $chr19 = 0;
my $chr20 = 0;
my $chr21 = 0;
my $chr22 = 0;
my $chrX = 0;
my $chrY = 0;
my $SNPtotal = 0;


while (<SNP>) {                  # mentre el fitxer tingui linies per llegir

    if ($_ =~ m/\A\d+\s+(\w+)\s+(\d+)/) {          #si encaixa la línia amb la següent expressió regular

    $chro = $1;                   #cromosoma on es troba el SNP
    $inicisnp = $2;               #inici SNP        


                              
          if ($chro eq 'chr1') {
 
	      $chr1 = $chr1 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr2') {
 
	     $chr2 = $chr2 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr3') {
 
	      $chr3 = $chr3 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr4') {
 
	     $chr4 = $chr4 + 1;

          }
          
          if ($chro eq 'chr5') {
 
	      $chr5 = $chr5 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr6') {
 
	     $chr6 = $chr6 + 1;

          }
 
          if ($chro eq 'chr7') {
 
	      $chr7 = $chr7 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr8') {
 
	     $chr8 = $chr8 + 1;

          }
  
          if ($chro eq 'chr9') {
 
	      $chr9 = $chr9 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr10') {
 
	     $chr10 = $chr10 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr11') {
 
	      $chr11 = $chr11 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr12') {
 
	     $chr12 = $chr12 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr13') {
 
	      $chr13 = $chr13 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr14') {
 
	     $chr14 = $chr14 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr15') {
 
	      $chr15 = $chr15 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr16') {
 
	     $chr16 = $chr16 + 1;

          }
 
         if ($chro eq 'chr17') {
 
	      $chr17 = $chr17 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr18') {
 
	     $chr18 = $chr18 + 1;

          }

         if ($chro eq 'chr19') {
 
	      $chr19 = $chr19 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr20') {
 
	     $chr20 = $chr20 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr21') {
 
	      $chr21 = $chr21 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chr22') {
 
	     $chr22 = $chr22 + 1;

          }

          if ($chro eq 'chrX') {
 
	      $chrX = $chrX + 1;

          }

          if ($chro eq 'chrY') {
 
	     $chrY = $chrY + 1;

          }

     }
    $SNPtotal = $chr1 + $chr2 + $chr3 + $chr4 + $chr5 + $chr6 + $chr7 + $chr8 + $chr9 + $chr10 + $chr11 + $chr12 + $chr13 + $chr14 + $chr15 + $chr16 + $chr17 + $chr18 + $chr19 + $chr20 + $chr21 + $chr22 + $chrX + $chrY;
}
    print "Tenim $chr1 SNPs en el cromosoma 1\n";
    print "Tenim $chr2 SNPs en el cromosoma 2\n";
    print "Tenim $chr3 SNPs en el cromosoma 3\n";
    print "Tenim $chr4 SNPs en el cromosoma 4\n";
    print "Tenim $chr5 SNPs en el cromosoma 5\n";
    print "Tenim $chr6 SNPs en el cromosoma 6\n";
    print "Tenim $chr7 SNPs en el cromosoma 7\n";
    print "Tenim $chr8 SNPs en el cromosoma 8\n";
    print "Tenim $chr9 SNPs en el cromosoma 9\n";
    print "Tenim $chr10 SNPs en el cromosoma 10\n";
    print "Tenim $chr11 SNPs en el cromosoma 11\n";
    print "Tenim $chr12 SNPs en el cromosoma 12\n";
    print "Tenim $chr13 SNPs en el cromosoma 13\n";
    print "Tenim $chr14 SNPs en el cromosoma 14\n";
    print "Tenim $chr15 SNPs en el cromosoma 15\n";
    print "Tenim $chr16 SNPs en el cromosoma 16\n";
    print "Tenim $chr17 SNPs en el cromosoma 17\n";
    print "Tenim $chr18 SNPs en el cromosoma 18\n";
    print "Tenim $chr19 SNPs en el cromosoma 19\n";
    print "Tenim $chr20 SNPs en el cromosoma 20\n";
    print "Tenim $chr21 SNPs en el cromosoma 21\n";
    print "Tenim $chr22 SNPs en el cromosoma 22\n";
    print "Tenim $chrX SNPs en el cromosoma X\n";
    print "Tenim $chrY SNPs en el cromosoma Y\n";
    print "Tenim $SNPtotal SNPs\n";



