En aquest treball ens proposem l'anàlisi d'una regió de la seqüència del genoma humà. Es tracta de la regió ENm008, que és una regió de 0.5 Mb localitzada en el braç curt del cromosoma 16.
Aquesta regió s'estudia dins el marc del projecte internacional ENCODE, acrònim d'ENCiclopedia Of DNA Elements. ENCODE es va iniciar l'any 2003 amb l'objectiu d'identificar en el DNA les parts que eren funcionals, tot desenvolupant eines informàtiques capaces de fer aproximacions predictives experimentals. Aquest projecte abarca 44 regions del genoma humà que corresponen a l'1% del total. (Més informació)
Hem obtingut la seqüència a través de l'enllaç a l'ENCODE. Per començar hem caracteritzat la regió nucleotídica, determinant-ne la localització exacta en el genoma mitjançant BLAT, com també el contingut en G i C.
Ha estat necessari emmascarar la seqüència amb el programa RepeatMasker, per després analitzar-la sense interferències dels elements repetitius. Emprant els programes inform`tics GENSCAN, GENEID i FGENESH hem obtingut prediccions dels gens que es poden trobar en la seqüència. Un cop realitzades les prediccions de gens, hem procurat validar-les amb un Megablast contra la base de dades d'ESTs humans. Això ha permès d'esbrinar quina és la millor predicció i quins gens s'estan expressant i són candidats per codificar proteïnes funcionals. Aquestes proteïnes les hem validat més tard fent un Blastp contra proteïnes de tots els organismes disponibles. Ja per acabar, n'hem estudiat les més interessants, i ens hem plantejat la possibilitat que algunes s'agrupin en clusters.
Introducció a l'alfa globina
L'Hemoglobina (Hb) és una proteïna present als glòbuls vermells de la sang dels mamífers que té la funció de transportar oxigen des dels pulmons als teixits de l'organisme. Té una estructura quaternària, i està formada per quatre subunitats anomenades globines, unides de manera no covalent. N'existeixen tres tipus: Hb A, amb dues cadenes proteiques alfa i dues beta; Hb A2, amb dues cadenes alfa i dues delta, i Hb F amb dues cadenes alfa i dues gamma.
Existeixen anormalitats de l'Hemoglobina, que fan que en disminueixi la quantitat, provocant anèmies que poden ser molt greus. L'alfa talassèmia n'és un exemple: degut a un trastorn genètic es genera un dèficit de producció de cadenes alfa de la globina.
La formació de cada cadena d'alfa globina (dos en total) està controlada por dos gens alfa; és a dir existeixen quatre gens alfa que controlen aquestes dues cadenes; dos materns i dos paterns. S'han descrit diferents tipus d'alfa talassèmies segons quins són els gens alterats en el cromosoma del parell 16. Aquestes poden no tenir cap manifestació clínica, o provocar des d'anèmies lleus a greus, o molt greus en que es produeix la mort en període prenatal.
Per tot plegat també pot resultar interessant estudiar la regió ENm008, en què trobem el gen de l'alfa globina.