Conclusions

Després d'analitzar els resultats dels diferents programes, s'arriba a les següents conclusions:

• L'anotació d'un gen utilitzant eines informàtiques ha de ser analitzada per molts programes abans de treure'n informació fiable, i en qualsevol cas, sempre s'ha de ser crític amb els resultats.

  
  

• A l'hora d'anotar un gen és interessant disposar de diferents programes que permetin comparar i analitzar aspectes diferents del gen: proteïnes ortòlegs, mRNA... Si s'integra la informació sempre serà un resultat més ric i fiable.

  
  

• És molt important tenir clar els processos biològics que s'estan estudiant per poder visualitzar d'una forma realista el que s'està buscant. Per exemple, quan es parla de tenir el gen en reverse, és important saber què significa això a l'hora d'interpretar els resultats.

  
  

• L'estudi de gens codificants per selenoproteïnes requereix la utilització de programes que puguin treballar amb un codó UGA in-frame.

  
  

• El codó UGA només es troba de forma correctament traduïda amb els resultats del Genewise. El Geneid i l'Spidey no el reconeixen.

  
  

• Els exons que codifiquen pel gen 15kDa de T.nigroviridis no es poden predir correctament del tot, ja que els exons del principi no s'han pogut confirmar suficientment. El que sí que es pot dir, és que començaria cap a les posicions 207057 tal i com prediuen el Geneid i l'Spidey. El Genewise no ho ha fet, perquè considera l'ortòg humà. Per tant, entre humà i T.nigroviridis hi hauria correspondència quasi absoluta de la part central i final del gen, però no en la part inicial.

  
  

• Encara que no es pugui predir correctament, sembla clar que la seva localització es troba entre els nucleòtids 207084-203923. El número d'exons oscil.laria entre 3 i 5 en funció de les diferents prediccions. Si s'hagués de definir, però l'aliniament més versemblant, seria el proposat pel Genewise que més avall es mostra.

  
  

• No s'ha pogut comprovar la longitud total de la proteïna, però estaria al voltant d'uns 150 aminoàcids.

  
  

• Perquè es pugui considerar un gen codificant d'una selenoproteïna, s'ha de trobar en el seu 3'-UTR un element SECIS.

  
  

• Perquè una determinada seqüència es consideri vàlida per formar un element SECIS, s'ha de trobar a una determinada distància del codó UGA i ha de tenir una energia lliure de Gibbs determinada.

  
  

• Tal i com demostra el fet de no trobar un aliniament bo entre l'mRNA que conté l'element SECIS i el fragment genòmic inicial, es pot afirmar que aquesta seqüència no està ben anotada. Caldria revisar com s'ha seqüenciat les regions de l'UTR perquè segurament s'han introduït errors o no s'ha finalitzat corretcament.

  
  

• Per últim, cal ser molt estricte a l'hora de treballar amb aquests programes i molt rigurós a l'hora d'interpretar els resultats. Ser crític és molt important per assegurar una bona anotació. Amb tot, la predicció de gens és només una predicció. No es sabrà amb certesa que s'està encertant l'estratègia cel.lular.

  
  

• L'anotació proposada pel gen 15 kDa és la següent:

  
  SCAF14367	15kDa	cds	207084  207037	0.00	-	0	.	 
  SCAF14367	15kDa	cds	205823  205632  0.00	-	0	.
  SCAF14367	15kDa	cds	204451  204388  0.00	-	0	.
  SCAF14367	15kDa	cds	204181  204132  0.00	-	2	.
  SCAF14367	15kDa	cds	204054  203926  0.00	-	0	.
  
  
  

  

  
  

• Científics experts en l'anotació de les selenoproteïnes apunten com a millor mètode per a portar-ho a terme la utilització del SECISearch i la modificació del Geneid per reconèixer el codó UGA.