En els darrers anys s’han estat obtenint les seqüències completes dels genomes de diversos organismes. El genoma humà , per exemple, té aproximadament una extensió de tres mil milions (3x10exp9) bp (parells de nucleòtids). Les quantitats ingents d’informació de què disposem faran necessari, en aquests anys venidors, un gran esforç en la interpretació i dilucidació d’allò que amaga aquesta informació “en brut”. Cal fer, en definitiva, el camí que condueix des de la informació cap al veritable coneixement.

La PREDICCIÓ DE GENS en seqüències d’ADN és una fita fonamental per tal d’entendre el genoma anotat de qualsevol organisme. Tan sols un 2% del genoma humà és codificant per a proteïna, i és per tant en aquest petit percentatge on hi hem de cercar els gens des dels quals es desenvolupa un determinat organisme.

Existeixen programes que són capaços de predir els exons continguts en una seqüència d’ADN genòmic donada ( GeneID ). Aquests programes però, fan una predicció degenerada dels exons, és a dir, prediuen molts més exons dels que realment existeixen. La raó a aquest fet és molt senzilla: els models que utilitzen aquests programes treballen únicament amb la seqüència d’ ADN reduïnt la informació genètica als símbols A, T, G, C. Es tracta d’un model teòric vàlid per aproximar-nos a la complexitat de la informació genètica, però segurament estem deixant de banda alguns aspectes rellevants com la conformació tridimensional o els factors en trans associats al dsDNA els quals complicarien en extrem qualsevol intent de modelització.

El programa CERCAGEN que hem desenvolupat és complementari als programes de predicció d'exons que hem esmentat anteriorment. A partir d’una col•lecció d’exons predits, CERCAGEN calcularà, tenint en compte la puntuació associada a cada exó , quin es el gen (el subconjunt d’exons) que més probablement emanarà d’entre tots els exons predits.

SERVIDOR DE CERCAGEN

descarrega't el programa sencer

Per a informació detallada sobre el funcionament i elaboració del programa fes clic AQUÍ