Per tal de dur a terme la determinació de les regions promotores, s'ha partit de la seqüència emmascarada amb la qual s'han realitzat les prediccions de gens. Donat que les regions promotores es troben upstream al inici de traducció ha calgut ,doncs, tallar unes 500 pb upstream a partir del primer exó predit pels diferents programes.
Per poder tallar la seqüència, en primer lloc s'han determinat les coordenades d'inici dels exons a partir dels resultats obtinguts en la predicció de gens dels programes (Genid,Genscan...). Cal tenir present que els gens es troben tant en forward com en reverse.
Per tal de poder tallar la regió d'interès s'ha utilitzat la següent comanda:
fastachunk repeatmasked/repeat.seq.masked 369383 500 | fold -60 | more fastachunk repeatmasked/repeat.seq.masked 275710 500 | fold -60 | more fastachunk repeatmasked/repeat.seq.masked 67214 500 | fold -60 | more fastachunk repeatmasked/repeat.seq.masked 148721 500 | fold -60 | more fastachunk repeatmasked/repeat.seq.masked 233874 500 | fold -60 | more fastachunk repeatmasked/repeat.seq.masked 437302 500 | fold -60 | more
Les coordenades agafades per a cada subseqüència, després de fer la cerca de ESTs i proteïnes homòlogues, són les següents:
| Subseqüència | Frame | Gen | Coordenada inicial |
| A | reverse | Grail 1.1 | 66714 |
| B | forward | Genscan 3 | 149221 |
| B | reverse | Fgenesh 2 | 233374 |
| C | forward | Grail 3.1 | 276210 |
| D | forward | Grail 5.1/5.2 | 369838 |
| E | reverse | Fgenesh | 436802 |