#primer ordenem el fitxer amb els EST

sort +3n -5 -o hg16_dna_79118-215671.spliced.gff hg16_dna_79118-215671.spliced.gff

#Eliminem aquells EST que no comencen amb un exo diferent i ho redireccionem a un altre fitxer

gawk '{exon[$4" "$5]=$9}END{for (i in exon) print exon[i];}'  hg16_dna_79118-215671.spliced.gff  | sort | uniq  > hg16_dna_79118-215671.splicedfiltrat.gff

#Filtrem els Est i els repuntuem segons quantes vegades es repeteixen, com més es repeteixin més score tindran i més ens ho soportaran

gawk '{
        if ($4" "$5 in sco) {
          sco[$4" "$5]+=1;
        } else {
          sco[$4" "$5]=1;
        };
        exon[$4" "$5" "NR]=$0; printf "#%s", NR;
      }
   END{ printf "\n";
        for (i in exon) {
            split(exon[i],m," ");
            print m[1],m[2],m[3],m[4],m[5],sco[m[4]" "m[5]],m[7],m[8],m[9];
        };
      }'  hg16_dna_79118-215671.spliced.gff | sort +8 -9 +3n -5 > hg16_dna_79118-215671.spliced_rescored.gff 

#Finalment retallem de tots els EST el que siguin diferent

grep -f hg16_dna_79118-215671.splicedfiltrat.gff hg16_dna_79118-215671.spliced_rescored.gff > hg16_dna_.79118-215671.spliced_rescored_modificat.gff