#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my $identificador;
my @seq_v;
my $seq1;
my @seq1_v;
my $posicioninicial;
my $posicionfinal;
my $numero;
my @aa = ("D","E","A","R","N","C","F","Q","G","H","I","L","K","M","P","S","T","W","Y","V");

if (scalar(@ARGV) < 1) {
 print "especifica fitxer sequencia\n";
 exit(1);
}

my $fitxer_seq = $ARGV[0];

if (!open(SEQUENCIA,"<$fitxer_seq")) {
    print "impossible obrir fitxer $fitxer_seq\n";
    exit(1);
    }


open (RESULTADOS,">>resultados.txt");
my $seq = "";
open (SEQUENCIA,"<$fitxer_seq");
my $line = <SEQUENCIA>;
$identificador = $line;
my $w = 1;
while (<SEQUENCIA>) {
   chomp ($_); 
   if (m/>/ ) {
        
	$seq =Trobarepeats();
        $identificador=$_;
        $seq="";
        $w = $w +1;
       }
   else {
       $seq = $seq.$_;
   }
}





print RESULTADOS " el numero de gens analitzats es $w\n";

sub Trobarepeats {

$seq="\U$seq";


@seq1_v = split(//, $seq);


      my $longitudseq= length ($seq);
my $j = 0;
while ($j<scalar(@aa)) {
my $i=0;
while ($i<scalar(@seq1_v-4)) {
  if ($seq1_v[$i] eq $aa[$j] &&  $seq1_v[$i+1] eq $aa[$j] && $seq1_v[$i+2] eq $aa[$j] && $seq1_v[$i+3] eq$aa[$j]  && $seq1_v[$i+4] eq $aa[$j]) {
      $posicioninicial = $i; 
      $posicionfinal = scalar(@seq1_v);
      while ($i<$posicionfinal) {
	 if ($seq1_v[$i] eq $aa[$j] ) {
           $i = $i + 1;
          }else {
       
	      $posicionfinal = $i;
	      $numero = $posicionfinal - $posicioninicial;
      print RESULTADOS "$identificador "; 
      print RESULTADOS "$aa[$j] ";
      print RESULTADOS "$numero ";       
      print RESULTADOS "$posicioninicial ";
      print RESULTADOS "$longitudseq ";
      if ((($posicioninicial/$longitudseq)*100) <= 25) {
	  print RESULTADOS "1\n";
      }
      if ((($posicioninicial/$longitudseq)*100) >= 75) {
	  print RESULTADOS "4\n";
      }
      if (((($posicioninicial/$longitudseq)*100) <= 75) && ((($posicioninicial/$longitudseq)*100) >= 25)) {
	  print RESULTADOS "2 y 3\n";
      } 	      
	  }
 } 
	     

   $i = $posicionfinal + 1;      
  }  
else {
   
   $i = $i + 1;
  }
 }      
$j= $j + 1;
}
}