#!/usr/bin/perl -w

#use strict;


#declaració de variables

my $seqprob;     #se li associa el nom del fitxer amb seqüència problema 
my $out;         #se li associa el nom del fitxer de sortida
my $char;        #caàcters per línia
my $seq;         #guarda la seqüència sencera (sense salts de línia) que hi ha al fitxer associat a $seqprob
my @seqv;        #conté la seqüència de $seq en forma de vector
my @fasta;       #conté la seqüència en format fasta
my $i=0;         #comptador de posicions del vector @fasta
my $ref;         #se li associen les referències que identifiquen la seqüència
my $j=1;         #comptador per partir la seqüència fasta cada 80 nucleòtids


#presentació

print "\n\t#########################################################\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#                    TRANSFASTA 2003                    #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#                       versió 1.0                      #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#            Ramírez-Soriano A - Molina-Tomàs MC        #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#                                                       #\n";
print "\t#########################################################\n\n";


#introduir el nom del fitxer de la seqüència problema

print "introduzca el nombre del archivo que contiene la sequencia a transformar:\n";
$seqprob = <STDIN>;
chomp ($seqprob);


#introduir el nom del fitxer de sortida

print "introduzca el nombre del archivo de salida:\n";
$out = <STDIN>;
chomp ($out);


#referència del format fasta

print "introduzca la referencia y/u otras informaciones que desee que aparezcan en la descripcion de la sequencia:\n";
$ref = <STDIN>;
chomp ($ref);


#caràcters per línia

print "quantos caracteres desea que aparezcan por línea?\n";
$char = <STDIN>;
chomp ($char);


#obrir el fitxer i copiar la seqüència a la variable $seq línia per línia

open(FITXER,"<$seqprob") || die "no es pot obrir fitxer d'entrada\n";    #obrir el fitxer amb la seqüència problema

$seq = "";             #s'associa la variable a paraula buida
while(<FITXER>)        #copiar la seqüència a la variable $seq línia per línia
{
    chomp($_);         #treure el salt de línia al final de la paraula buida
    $seq = $seq . $_;  #concatenar una línia al contingut de la variable seqüència
}

close(FITXER);         #tancar el fitxer


$seq = "\U$seq";       #passar totes les bases a majuscules 


@seqv = split (//,$seq);          #converteix la seqüència $seq en un vector


#converteix la seqüència problema, ja guardada al vector @seqv, a format fasta, és a dir eliminant els números de posició i els espais

foreach $seqv (@seqv)             #per cada posició del vector @seqv
{
    if ($seqv =~ /[a-z]/)         #si el caràcter en aquesta posició és una lletra de la a a la z
    {
	$fasta [$i] = $seqv;      #guarda la posició al vector @fasta en posició $i
	$i++;                     #avança una posició en el vector
    }
}


#grava la seqüència en format fasta al fitxer de sortida

open(OUT, ">$out") || die "no es pot obrir el fitxer de sortida\n";    #obrir el fitxer de sortida



print OUT ">gi|$ref\n";

foreach $fasta (@fasta)            #per cada posició del vector @fasta
{
    print OUT "$fasta";            #imprimeix la posició a l'arxius de sortida
    if ($j % $char == 0)
    {
	print OUT "\n";
    }
    $j++;
}
print OUT "\n";

close (OUT);