Findorf 2003 versión 1.0 es un programa creado con el objetivo de buscar orfs en secuencias genómicas y traducirlos a proteína. Ha sido programado en Febrero del 2003 usando Perl por Ramírez-Soriano A y Molina-Tomàs MC.
Es muy fácil. Sólo debes clicar el link de download y guardar el programa en el disco. El programa está comprimido con zip, de modo que lo necesitarás para descomprimir el programa y usarlo (para descargar gratis Winzip para Windows clica aquí).
Findorf 2003 versión 1.0 está pensado para ser ejecutado desde Linux. Una vez descargado deben dársele permisos de ejecución usando la comanda chmod u+x seguido por el nombre del archivo (Findorf.pl). Luego sólo debes escribir ./Findorf.pl. No necesita ningún argumento, ya que el programa te pedirá todos los parámetros que necesita.
Desafortunadament sí. Findorf 2003 versión 1.0 sólo acepta secuencias en formato fasta. Si su secuencia no está en este formato, puede usar Transfasta 2003 versión 1.0 para convertirlo.
Una secuencia en formato fasta empieza con una sola línea de descripción seguida por líneas que contienen la secuencia. La línea de descripción se distingue de la secuencia por el símbolo mayor que (">") al inicio. Se recomienda que las líneas de texto tengan una longitud menor de 80 caracteres. Un ejemplo de secuencia en formato fasta es:
>gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E proteína del tegumento
ELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNTTVTTGLLLNGSYSENRT
QIWQKHRTSNDSALILLNKHYNLTVTCKRPGNKTVLPVTIMAGLVFHSQKYNLRLRQAWC
HFPSNWKGAWKEVKEEIVNLPKERYRGTNDPKRIFFQRQWGDPETANLWFNCHGEFFYCK
MDWFLNYLNNLTVDADHNECKNTSGTKSGNKRAPGPCVQRTYVACHIRSVIIWLETISKK
TYAPPREGHLECTSTVTGMTVELNYIPKNRTNVTLSPQIESIWAAELDRYKLVEITPIGF
APTEVRRYTGGHERQKRVPFVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVQSQHLLAGILQQQKNL
LAAVEAQQQMLKLTIWGVK
Las secuencias deben estar representadas en los códigos estándard IUB/IUPAC tanto para nucleótidos como para aminoácidos, con la excepción que se aceptan las letras minúsculas. Los códigos de ácidos nucleicos aceptados por Findorf 2003 versión 1.0 son:
| A --> Adenosina |
| C --> Citidina |
| G --> Guanina |
| T --> Timidina |
Y los códigos aminoacídicos aceptados son:
| A alanina | P prolina | |||
| B aspartato o asparragina | Q glutamina | |||
| C cisteína | R arginina | |||
| D aspartato | S serina | |||
| E glutamato | T treonina | |||
| F fenilalanina | U selenocisteína | |||
| G glicina | V valina | |||
| H histidina | W triptófano | |||
| I isoleucina | Y tirosina | |||
| K lisina | Z glutamato o glutamina | |||
| L leucina | X cualquier | |||
| M metionina | * traducción stop | |||
| N asparragina |
Puedes elegir tanto el nombre del archivo de salida como su formato: el programa te pedirá esta información cuando empieze a ejecutarse. Aún así, es recomendable usar una extensión del tipo .txt, ya que te permite visualizar los resultados usando cualquier editor de texto.
Findorf 2003 versión 1.0 es un programa completo para encontrar orfs que te permiten escoger las características de los orfs encontrados, mostrando tan solo aquellos que se ajusten a sus necesidades. Dichas opciones son:
Los orfs se muestran traducidos y en formato fasta.
Naturalmente. Puedes elegir la longitud de las líneas sin restricción alguna. Aún así, recuerda que la longitud máxima recomendada son 80 caracteres.
La línea de descripción incluye la línea de descripción de la secuencia original más las posiciones de inicio y final de cada orf. Si el orf ha sido encontrado en la cadena complementaria, la palabra "complem" precederá las posiciones.
Findorf 2003 versión 1.0 ha sido creado usando GNU Emacs 21.2.1 (para Linux) como editor de texto. Si lo abres con un editor diferente u otra versión de emacs pueden generarse errores cuando encuentra acentos u otras letras o símbolos no usados en inglés (por ejemplo ç).
El catalán es nuestra lengua, de modo que el programa original está escrito en catalán. De momento, la única parte traducida son las preguntas. Versiones posteriores incluirán también la traducción del script.