#!/usr/bin/perl -w

use strict;


######################################################
###### PROGRAMA PER COMPTAR SNPs #####################
######################################################

if (scalar(@ARGV) != 1) {

    print STDERR "USAGE: suma_SNP.pl fitxer.txt \n";

    exit(1);
};

my ($fitxer) = @ARGV; 




#####################################################
############  FUNCIO COMPTAR SNPs    ################
#####################################################

&comptar_SNP($fitxer);

sub comptar_SNP() {                                 # cridem la funcio

    my $file = $_ [0];
    
    open (FITXERSNP, "< $file");                    # obrim el fitxer
    
    my $SNP = "";
    


    
    while (<FITXERSNP>) {                           # llegim cada linia del fitxer 
	
	$SNP = $SNP.$_;
    }

    
    my @v= split(/\n/,$SNP);                        # construïm un vector, separant cada posició on hi havia enter

    my $suma = 0;                                   # la variable $suma va acumulant els diferents valors del vector (els valors es sumen)
   
    my $i = 0;                                      # la variable $i recòrrer les posicions del vector una a una
  
    my $propgenoma = 0;                             
    
    my $propgenic = 0;
    
    my $num_SNPgenoma = 1073363;                    # nombre total de SNPs descrits en el genoma (snpNih.txt)
    
    my $num_SNPgenics = 459675;                     # nombre total de SNPs en regions gèniques (resultat del programa ultim.pl)
    
    

    
    while ($i < scalar(@v)) {
	
	$suma = $suma + $v[$i];                     # fem la suma de tots els elements del vector
	
	$i = $i + 1;
    }
    
    

    
    $propgenoma = $suma/$num_SNPgenoma;            # calculem la proporcio de SNPs en exons, introns, splicing, utrs,.. respecte tot el genoma

    $propgenic = $suma/$num_SNPgenics;             # calculem la proporcio de SNPs en exons, introns, splicing,utrs,... respecte les regions geniques
    
     

                                                     # imprimim els resultats

    print "NUM SNP ABSOLUT: $suma\n";                # valor absolut de SNPs en cada part (exons, introns, splicing, utrs,...)

    print "NUM SNP RELATIUgenoma: $propgenoma\n";    

    print "NUM SNP RELATIUgenic: $propgenic\n";
   

} # tanquem funcio comptar_snp